### R code from vignette source 'DMRcate.Rnw'

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### code chunk number 1: bioconductor (eval = FALSE)
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## source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
## biocLite("DMRcate")


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### code chunk number 2: libr
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library(DMRcate)


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### code chunk number 3: loaddata
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data(dmrcatedata)
myMs <- logit2(myBetas)


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### code chunk number 4: filter
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nrow(illuminaSNPs)
nrow(myMs)
myMs.noSNPs <- rmSNPandCH(myMs, dist=2, mafcut=0.05)
nrow(myMs.noSNPs)


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### code chunk number 5: annotate
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patient <- factor(sub("-.*", "", colnames(myMs)))
type <- factor(sub(".*-", "", colnames(myMs)))
design <- model.matrix(~patient + type) 
myannotation <- cpg.annotate(myMs.noSNPs, analysis.type="differential",
    design=design, coef=39)


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### code chunk number 6: dmrcate
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dmrcoutput <- dmrcate(myannotation, lambda=1000, C=2)


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### code chunk number 7: plotting
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head(dmrcoutput$results)
DMR.plot(dmrcoutput=dmrcoutput, dmr=2, betas=myBetas, 
         phen.col=c(rep("orange", 38), rep("blue", 38)), 
         pch=16, toscale=TRUE, plotmedians=TRUE)


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### code chunk number 8: sessionInfo
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sessionInfo()