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### chunk number 1: R.hide
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library(ontoCAT)
efo <- getEFOParser()
biotop <- getOntologyParser("http://purl.org/biotop/biotop.owl#Disposition")


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### chunk number 2: R.hide
###################################################
getAllTerms(biotop)
getAllTermIds(efo)


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### chunk number 3: R.hide
###################################################
term <- getTermById(efo,"EFO_0000322")
term_biotop <- getTermById(biotop,"DeadBody")
getTermNameById(efo,"EFO_0000311")
getTermNameById(biotop,"EmbryonicStructure")


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### chunk number 4: R.hide
###################################################
getAllTermParents(efo,"EFO_0000322")
getAllTermChildren(efo,"EFO_0000322")
getAllTermParents(biotop,"DeadBody")
getAllTermChildren(biotop,"DeadBody")


###################################################
### chunk number 5: R.hide
###################################################
getTermParents(efo,"EFO_0000322")
getTermChildren(efo,"EFO_0000322")
getTermParents(biotop,"DeadBody")
getTermChildren(biotop,"DeadBody")


###################################################
### chunk number 6: R.hide
###################################################
getTermAndAllChildrenIds(efo,"EFO_0000322")
getTermAndAllChildrenIds(biotop,"DeadBody")


###################################################
### chunk number 7: R.hide
###################################################
getTreeDownTo(efo,"EFO_0000322")


###################################################
### chunk number 8: R.hide
###################################################
getDefinitions(efo,"EFO_0000322")
getSynonyms(efo,"EFO_0000322")


###################################################
### chunk number 9: R.hide
###################################################
getOntologyAccession(efo)
getOntologyDescription(efo)


###################################################
### chunk number 10: R.hide
###################################################
hasTerm(efo,"CL000023")
hasTerm(efo,"EFO_0000322")


###################################################
### chunk number 11: R.hide
###################################################
searchTerm(efo,"thymus")
searchTermPrefix(efo,"thym")


###################################################
### chunk number 12: R.hide
###################################################
isRoot(efo,"EFO_0000322")
getRoots(efo)
getRootIds(efo)


###################################################
### chunk number 13: R.hide
###################################################
getEFOBranchRootIds(efo)
isEFOBranchRoot(efo,"EFO_0000322")


###################################################
### chunk number 14: R.hide
###################################################
term <- getTermById(efo,"EFO_0000322")
getLabel(term)
getAccession(term)
term