mrc2Dto3D

2D画像を3D画像にする


オプション一覧
オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイル設定 NULL
-I 選択 入力ファイル設定 NULL
-o 必須 出力ファイル設定 NULL
-O 選択 出力ファイル設定 NULL
-single 選択 傾斜軸を一つに設定 1
-InterpolationMode 選択 展開モード 1
-Double 選択 傾斜軸を2つに設定  
-DoubleCounter 選択 -Doubleを宣言した上で使用
2つの傾斜軸を選択し、設定する
NULL
-CounterThreshold 選択 -Doubleを宣言した上で使用
波形の谷の閾値
1e-6
-CounterThresholdMode 選択 -Doubleを宣言した上で使用
波形の谷の閾値のモード
0
-WeightMode 選択 -Doubleを宣言した上で使用
重心のモード
0
-thicknessWeight 選択 -Doubleを宣言した上で使用
重心の深さ
 
-Sub 選択 -Doubleを宣言した上で使用
下位サンプリング
1
-PlusXrot 選択 rasmolのためにx軸を180°回転  
-SIRT 選択 同時反復再構成法  
-max 選択 -SIRTを宣言した上で使用
同時反復再構成法の最大値設定
30
-rms 選択 -SIRTを宣言した上で使用
同時反復再構成法の平方2乗平均を設定
1.0
-CTF 選択 -SIRTを宣言した上で使用
CTFInfoファイルを設定
NULL
-m 選択 モード 0
-h 選択 ヘルプを表示  


-mの詳細
モード 説明
0 単純な逆投影
1 フィルター逆投影


-singleの詳細
モード 説明
0 傾斜軸をx軸と平行にする
1 傾斜軸をy軸と平行にする


-WeightModeの詳細
モード 説明
1 実空間:円(同じ密度)
2 実空間:円(加重密度)
3 実空間:正方形(加重密度)
4 フーリエ空間:平面(同じ密度)-CounterThreshold 0.5とする
5 フーリエ空間:線形包配 -CounterThreshold 0.5とする
6 フーリエ空間:cos包配 -CounterThreshold 0.5とする

-InterpolationModeの詳細
モード 説明
0 最短距離法
1 線形補間法
2 3次補間法
3 多項式法


オプション-Iのファイルフォーマット
filename0 RotationOrder0 rot1 rot2 rot3
filename1 RotationOrder1 rot1 rot2 rot3
        ・
        ・
        ・


RotationOrderの詳細
一桁目: どの軸から回転を始めるか設定
二桁目: 回転軸の順番を設定1
O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する
E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する
三桁目: 回転軸の順番の設定2
Y…順番を維持する
N…順番を逆順にする
四桁目: 回転方法を設定
Y…物体そのものをまわす
D…座標を移動させる

******実行例******



------オプション-iで使用したファイルの詳細・出力結果------
使用した入力ファイル
xy平面 zx平面
121p.no2.out-In1-input1.png(8192 byte) 121p.no2.out-In1-input2.png(13508 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

0
0.175
0.00302838
0.0129759
8.75794e-06

出力結果
opution-i.png(9487 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

0
0.0872652
0.00352428
0.00653417
9.13179e-06



------オプション-Iで使用したファイルの詳細------
使用した入力ファイルの中身
inputfile.png(2441 byte)
      ・
      ・
      ・

例:a000-2.orgmrcの画像
a000-2.png(1725 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

0
37.8872
0.833407
4.20486
0.0420486

例:a004-2.orgmrcの画像
a004-2.png(1722 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

0
38.0379
0.833354
4.19112
0.0419112

※a000-2.orgmrcとa004-2.orgmrcは同じ物体で、傾斜角度が違う画像である


------オプション -single------
今回の傾斜軸は入力ファイルの詳細から、y軸となる
xy平面 yz平面 zx平面
single.png(8080 byte) single-yx.png(10329 byte) single-zx.png(10625 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

0
33.7425
0.92622
2.73412
0.00273412



------オプション -Double------
オプション-WeightMode,-CounterThreshholdを併用
-CounterThreshholdを2に設定
WeightMode:1
double-CT2W1m1.png(8503 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

-24.3363
115.7
-1.58352e-10
6.11368
0.00611368

WeightMode:2
double-CT2W2m1.png(8591 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

-23.6896
117.242
-8.14329e-09
6.12488
0.00612488

WeightMode:3
double-CT2W3m1.png(8582 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

-23.6896
117.242
-8.14329e-09
6.12488
0.00612488

WeightMode:4
double-CT2W4m1.png(8417 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

-40.5762
174.198
0.821701
8.99569
0.00899569

WeightMode:5
double-CT2W5m1.png(8780 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

-41.7929
185.856
0.821701
8.94568
0.00894568

WeightMode:6
double-CT2W6m1.png(9027 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

-43.5065
190.759
0.821701
9.38459
0.00938459


※-CounterThreshholdがデフォルトのままだと、この画像の場合うまく計算処理されず、以下のような画像が処理される場合がある
121p-input-DW5m1.png(8037 byte)

オプション -CounterThresholdModeを併用
オプション-WeightMode=1,-CounterThreshhold=2で実行
モード:0
double-CT2W1m1CTM0.png(8435 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

-24.3363
115.7
-1.58352e-10
6.11368
0.00611368

モード:1
double-CT2W1m1CTM1.png(11481 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

-20.1632
113.527
-8.04145e-10
5.91589
0.00591589



------オプション -InterpolationMode------
オプション-WeightMode=1,-CounterThreshhold=2で実行
InterpolationMode:0
double-CT2W1m1IM0.png(8687 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

-24.6593
117.022
-4.08489e-09
6.13305
0.00613305

InterpolationMode:1
Double-CT2W1m1IM1.png(8520 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

-24.3363
115.7
-1.58352e-10
6.11368
0.00611368

InterpolationMode:2
Double-CT2W1m1IM2.png(8371 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

-26.0299
118.253
2.86921e-09
6.1544
0.0061544

InterpolationMode:3
Double-CT2W1m1IM3.png(8435 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

-40640.8
209412
3.35228e-06
10763.2
10.7632



------オプション -SIRT------
オプション -max,-rmsをデフォルト値で、オプション-WeightMode=1,-CounterThreshhold=2で実行
double-m1SIRT.png(9171 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

-725.47
2563.64
6.83624e-07
130.514
0.130514

オプション -max=5,-rms=1で実行
Double-m1SIRTm5r1.png(10511 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

-234.062
575.77
-7.42642e-08
35.0409
0.0350409



------オプション -m------
モード:0
double.png(8098 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

0
30.514
0.916102
2.14263
0.00214263

モード:1
double-m1.png(7840 byte)

最小
最大
平均値
標準偏差
標準誤差

-54.8893
125.857
7.73532e-09
6.50251
0.00650251