See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2023-05-30 23:29:41 -0400 (Tue, 30 May 2023).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocGenerics (52441)
2BiocVersion (50595)
3S4Vectors (50074)
4GenomeInfoDb (49270)
5IRanges (47662)
6Biobase (45146)
7zlibbioc (44398)
8XVector (43131)
9BiocParallel (41951)
10Biostrings (40913)
11DelayedArray (37382)
12GenomicRanges (36642)
13AnnotationDbi (34106)
14MatrixGenerics (34090)
15SummarizedExperiment (33886)
16limma (33516)
17KEGGREST (32354)
18annotate (21810)
19BiocFileCache (20927)
20GenomicAlignments (20343)
21Rhtslib (19901)
22edgeR (19742)
23Rsamtools (19741)
24biomaRt (19416)
25Rhdf5lib (18198)
26genefilter (17915)
27rtracklayer (17848)
28DESeq2 (17681)
29graph (17283)
30rhdf5 (16388)
31geneplotter (16238)
32ggtree (16151)
33GenomicFeatures (16027)
34rhdf5filters (15698)
35treeio (15508)
36BiocIO (15145)
37qvalue (14090)
38enrichplot (13800)
39preprocessCore (13555)
40fgsea (13258)
41clusterProfiler (13058)
42DOSE (13007)
43DelayedMatrixStats (13001)
44GOSemSim (12192)
45SingleCellExperiment (12177)
46sparseMatrixStats (11989)
47beachmat (11534)
48ComplexHeatmap (11233)
49BSgenome (10419)
50HDF5Array (10200)
51multtest (9949)
52ScaledMatrix (9819)
53BiocSingular (9787)
54ProtGenerics (9440)
55impute (9301)
56Rgraphviz (9070)
57RBGL (8999)
58GEOquery (8556)
59AnnotationHub (8343)
60ensembldb (8132)
61interactiveDisplayBase (7927)
62AnnotationFilter (7860)
63affyio (7638)
64scuttle (7553)
65affy (7488)
66BiocNeighbors (7449)
67GSEABase (7290)
68VariantAnnotation (7161)
69BiocStyle (6100)
70sva (6054)
71ShortRead (5470)
72ExperimentHub (5263)
73scater (5151)
74KEGGgraph (4855)
75biovizBase (4613)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (56)
a4Base (80)
a4Classif (54)
a4Core (90)
a4Preproc (102)
a4Reporting (72)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (9)
abaenrichment (1)
ABarray (49)
abc (1)
abc.data (1)
abe (1)
abind (1)
abseqR (45)
ABSOLUTE (1)
ABSSeq (78)
acde (68)
ACE (63)
acepack (1)
aCGH (119)
ACME (63)
adabag (1)
ADaCGH2 (43)
ADAM (46)
ADAMgui (42)
adaptest (2)
adductomicsR (41)
ade4 (1)
adegenet (1)
ADGofTest (1)
ADImpute (56)
admiral (1)
admiral.test (1)
admiraldev (1)
admisc (4)
admixtools (1)
adSplit (47)
AER (1)
afex (1)
affio (0)
AffiXcan (38)
affxparser (1398)
affy (7488)
affycomp (57)
AffyCompatible (55)
affyContam (47)
affycoretools (337)
affydata (1)
AffyExpress (5)
affyILM (41)
affyio (7638)
affylmGUI (52)
affyPara (6)
affypdnn (5)
affyPLM (1359)
affyQCReport (14)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (45)
AffyTiling (2)
AGDEX (41)
aggregateBioVar (47)
aggregation (1)
Agi4x44PreProcess (4)
agilp (103)
AgiMicroRna (133)
agimicrorna (0)
agricolae (3)
AHMassBank (2)
AIMS (327)
airpart (37)
airway (1)
akima (1)
alabaster (2)
alabaster.base (3)
alabaster.bumpy (3)
alabaster.mae (2)
alabaster.matrix (3)
alabaster.ranges (3)
alabaster.sce (2)
alabaster.schemas (3)
alabaster.se (2)
alabaster.spatial (2)
alabaster.string (2)
alabaster.vcf (3)
ALDEx2 (774)
aldvmm (1)
alevinQC (71)
AlgDesign (1)
ALL (5)
AllelicImbalance (55)
AlphaBeta (39)
alphashape3d (1)
alpine (73)
ALPS (4)
AlpsNMR (59)
alsace (9)
altcdfenvs (49)
AMARETTO (47)
Amelia (1)
amgen.okta.client (1)
AMOUNTAIN (67)
amplican (56)
ampliQueso (2)
AnalysisPageServer (2)
anamiR (3)
Anaquin (44)
ANCOMBC (795)
AneuFinder (65)
AneuFinderData (1)
ANF (44)
animalcules (86)
animation (1)
annaffy (204)
AnnBuilder (3)
annmap (38)
annotate (21810)
AnnotationDbi (34106)
annotationdbi (1)
AnnotationFilter (7860)
AnnotationForge (2376)
AnnotationFuncs (7)
AnnotationHub (8343)
AnnotationHubData (204)
annotationTools (70)
annotatr (416)
anota (51)
anota2seq (47)
antiProfiles (56)
AnVIL (522)
AnVILBilling (49)
AnVILPublish (38)
AnVILWorkflow (2)
aod (1)
APAlyzer (53)
apcluster (1)
apComplex (44)
apcomplex (0)
ape (3)
apeglm (2974)
apexcharter (1)
APL (45)
aplot (4)
applera (2)
appreci8R (40)
aqp (1)
argparse (4)
arm (1)
aroma.affymetrix (3)
aroma.apd (3)
aroma.core (3)
aroma.light (1723)
ArrayExpress (458)
ArrayExpressHTS (31)
arrayhelpers (1)
arrayMagic (2)
arrayMvout (39)
arraymvout (0)
arrayop (1)
arrayQCplot (2)
arrayQuality (95)
arrayQualityMetrics (485)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (10)
ArrayTV (4)
ARRmNormalization (49)
arrow (5)
arsenal (1)
artMS (58)
arules (7)
ASAFE (50)
ASCAT (1)
ascii (1)
asciicast (1)
ASEB (56)
ASExtras4 (1)
ASGSCA (56)
ash (2)
asht (1)
ASICS (56)
AsioHeaders (1)
askpass (1)
asmn (1)
asnipe (1)
ASpediaFI (34)
ASpli (67)
asremlPlus (1)
assert (1)
assertive.properties (1)
assertr (1)
assertthat (1)
AssessORF (41)
ASSET (77)
ASSIGN (61)
ASURAT (47)
ATACCoGAPS (15)
ATACseqQC (290)
ATACseqTFEA (22)
ATE (1)
atena (46)
AtlasRDF (1)
atSNP (46)
attract (43)
AUC (1)
AUCell (1698)
audio (1)
autonomics (42)
Autotuner (3)
av (1)
AWFisher (44)
aws.s3 (2)
aws.signature (2)
awst (38)
Azimuth (1)

B

BaalChIP (43)
babelgene (1)
babelmixr2 (1)
BAC (53)
backports (27)
bacon (81)
bacr (1)
BADER (63)
badger (1)
BadRegionFinder (41)
BAGS (39)
baguette (1)
ballgown (554)
bambu (212)
bamsignals (930)
BANDITS (50)
bandle (37)
banocc (49)
barcodetrackR (37)
BART (1)
bartMachine (1)
bartMachineJARs (1)
base (1)
base64 (1)
base64enc (1)
base64url (1)
basecallQC (46)
BaseSpaceR (57)
Basic4Cseq (44)
BASiCS (106)
BASiCStan (21)
BasicSTARRseq (42)
basilisk (1464)
basilisk.utils (1419)
batchelor (2994)
BatchJobs (1)
BatchQC (99)
batchtools (1)
BayesFactor (1)
BayesianTools (1)
BayesKnockdown (33)
bayesm (1)
bayesmeta (1)
BayesPeak (10)
bayespeak (0)
BayesPen (1)
bayesplot (4)
BayesSpace (153)
bayestestR (1)
bayNorm (67)
baySeq (493)
bayseq (1)
BB (1)
BBCAnalyzer (37)
BBmisc (1)
bbmle (1)
bbr (1)
BCEE (1)
bcellViper (1)
BCRANK (51)
bcSeq (42)
BDgraph (1)
BDMMAcorrect (45)
bdsmatrix (1)
beachmat (11534)
beadarray (603)
beadarraySNP (48)
BeadDataPackR (623)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (1)
beanplot (1)
BEARscc (34)
BEAT (39)
BEclear (60)
bedr (1)
beer (34)
beeswarm (1)
bench (1)
benchdamic (37)
BentoBox (0)
betr (3)
BeviMed (1)
bezier (1)
BG2 (3)
bgafun (4)
BgeeCall (42)
BgeeDB (74)
BGmix (50)
bgx (45)
BH (29)
BHC (103)
BiasedUrn (4)
bibtex (1)
BicARE (86)
BiFET (40)
biganalytics (1)
bigassertr (1)
bigD (1)
BiGGR (41)
biglm (1)
BigMatrix (0)
bigmelon (47)
bigmemory (1)
bigmemory.sri (1)
bigmemoryExtras (6)
bigparallelr (1)
bigPint (66)
bigreadr (1)
bigrquery (4)
bigsnpr (1)
bigsparser (1)
bigstatsr (1)
bigutils (1)
bigutilsr (1)
billboarder (1)
bim (2)
BindingSiteFinder (37)
bindr (1)
bindrcpp (1)
binom (1)
binr (1)
bio3d (1)
bioassayR (52)
Biobase (45146)
biobase (1)
biobroom (160)
biobtreeR (52)
bioc::GenomeInfoDbData (1)
bioCancer (46)
BiocBaseUtils (1378)
BiocCaseStudies (4)
BiocCheck (1472)
biocDatasets (1)
BiocDockerManager (50)
BiocFHIR (17)
BiocFileCache (20927)
BiocGenerics (52441)
BioCGenerics (0)
biocGraph (76)
BiocHail (1)
BiocHubsShiny (3)
BiocInstaller (757)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (1)
BiocInstallerf (1)
BiocIO (15145)
biocLite (0)
BiocManager (13)
BiocNeighbors (7449)
BiocOncoTK (50)
Bioconductor (1)
bioconductor-geomxtools (1)
BioCor (51)
BiocParallel (41951)
BiocPkgTools (99)
BiocSet (166)
BiocSingular (9787)
BiocSklearn (54)
BiocStyle (6100)
biocthis (156)
BiocVersion (50595)
biocViews (3832)
BiocWorkflowTools (146)
biodb (93)
biodbChebi (38)
biodbExpasy (30)
biodbHmdb (36)
biodbKegg (50)
biodbLipidmaps (31)
biodbMirbase (31)
biodbNcbi (34)
biodbNci (29)
biodbUniprot (37)
bioDist (184)
biom (1)
biomaRt (19416)
biomart (1)
biomartr (1)
BioMedR (1)
biomformat (4480)
BioMM (36)
BioMVCClass (40)
biomvRCNS (35)
BioNAR (17)
BioNERO (87)
BioNet (219)
bionet (0)
BioNetStat (52)
BioPlex (21)
BioQC (96)
BioSeqClass (7)
biosigner (62)
biostatUtil (1)
Biostrings (40913)
biostrings (0)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (2)
BioTIP (40)
biotmle (40)
BioVersion (1)
biovizBase (4613)
BiRewire (88)
birta (6)
birte (1)
biscuiteer (46)
BiSeq (57)
bit (7)
bit64 (2)
bitops (1)
BitSeq (46)
bizdays (1)
blacksheepr (42)
BlakerCI (1)
blastula (1)
blavaan (1)
blima (38)
BLMA (40)
blme (3)
blob (23)
blockcluster (1)
blogdown (1)
BloodGen3Module (47)
bluster (3434)
BMA (1)
BMix (1)
bmp (1)
bnbc (38)
bnem (34)
bnlearn (1)
BOBaFIT (31)
BOIN (1)
bold (1)
bookdown (8)
boot (7)
bootstrap (1)
borealis (31)
Boruta (1)
box (0)
bpcp (1)
BPRMeth (44)
BRAIN (89)
brainflowprobes (37)
brainImageR (1)
BrainSABER (32)
BrainStars (3)
branchpointer (54)
brave (1)
breakpointR (41)
brendaDb (42)
brew (25)
BRGenomics (129)
brglm (1)
brglm2 (1)
bricks (0)
brickster (0)
bridge (33)
BridgeDbR (66)
bridgedist (1)
bridgesampling (1)
brio (1)
brms (1)
Brobdingnag (1)
broman (1)
broom (23)
broom.helpers (1)
broom.mixed (1)
BrowserViz (112)
BrowserVizDemo (1)
bs4Dash (1)
BSgenome (10419)
BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3 (3)
BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5 (1)
BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38 (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 (4)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 (4)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10 (3)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9 (1)
BSgenomeForge (2)
bslib (11)
bsplus (1)
bsseq (1177)
bst (1)
btergm (0)
BubbleTree (40)
BufferedMatrix (62)
BufferedMatrixMethods (42)
bugsigdbr (74)
BUMHMM (32)
bumphunter (2234)
BumpyMatrix (294)
BUS (40)
BUScorrect (36)
BUSpaRse (192)
BUSseq (34)
butcher (1)
BuxcoR (0)
bvls (1)
BWStest (1)

C

C50 (1)
cache (1)
cachem (8)
CAEN (31)
CAFE (38)
CAGEfightR (65)
cageminer (33)
CAGEr (92)
Cairo (1)
CALIB (4)
calib (0)
calibrate (1)
callr (28)
callthat (0)
calm (49)
CAMERA (417)
campsismod (1)
CAMTHC (2)
canceR (44)
cancerclass (54)
CancerInSilico (36)
CancerMutationAnalysis (4)
CancerSubtypes (186)
CAnD (19)
caOmicsV (16)
car (21)
carData (1)
cardelino (25)
Cardinal (108)
caret (19)
CARNIVAL (115)
casper (41)
castor (1)
CATALYST (371)
Category (1805)
category (1)
categoryCompare (41)
caTools (1)
CausalR (57)
cba (0)
cbaf (38)
CBEA (31)
cBioPortalData (335)
CBNplot (3)
cbpManager (39)
CBPS (1)
ccaPP (1)
ccdata (4)
ccfindR (71)
ccImpute (16)
ccmap (62)
CCPROMISE (34)
ccrepe (95)
ccube (1)
CDr (1)
celaref (60)
celda (322)
CellaRepertorium (44)
CellBarcode (34)
cellbaseR (53)
CellBench (98)
celldex (1)
cellGrowth (3)
cellHTS (4)
cellHTS2 (104)
CelliD (103)
cellity (41)
CellMapper (39)
cellmigRation (46)
CellMixS (56)
CellNOptR (79)
cellnoptr (0)
cellranger (1)
cellscape (49)
CellScore (34)
CellTrails (41)
cellTree (35)
cellxgenedp (148)
cem (1)
CEMiTool (129)
censcyt (30)
Cepo (62)
ceRNAnetsim (43)
CeTF (56)
CexoR (34)
CFAssay (57)
cfDNAPro (37)
cfTools (1)
cgdsr (1)
CGEN (63)
CGHbase (332)
CGHcall (302)
cghFLasso (1)
cghMCR (48)
CGHnormaliter (49)
CGHregions (52)
ChAMP (578)
ChAMPdata (1)
changepoint (1)
CHARGE (2)
charm (4)
checkmate (2)
ChemmineOB (206)
ChemmineR (640)
chemminer (0)
chemometrics (1)
CHETAH (61)
ChIC (36)
Chicago (83)
chihaya (3)
chimera (3)
chimeraviz (65)
ChIPanalyser (37)
ChIPComp (42)
chipenrich (77)
ChIPexoQual (39)
ChIPpeakAnno (835)
ChIPQC (334)
ChIPseeker (1677)
chipseq (494)
ChIPseqR (74)
ChIPSeqSpike (5)
ChIPsim (72)
ChIPXpress (35)
chk (0)
chopsticks (83)
CHORD (1)
chroGPS (2)
chromDraw (36)
ChromHeatMap (49)
chromote (0)
ChromoViz (3)
chromPlot (68)
ChromSCape (44)
chromstaR (68)
chromswitch (38)
chromVAR (899)
chron (1)
CHRONOS (46)
cicero (184)
CIMICE (34)
CINdex (44)
cindex (0)
circlesize (1)
circlize (1)
circRNAprofiler (53)
CircSeqAlignTk (14)
circular (1)
cisPath (53)
CiteFuse (73)
Ckmeans.1d.dp (1)
class (21)
ClassifyR (61)
classInt (4)
cleanUpdTSeq (41)
cleaver (156)
clevRvis (3)
cli (29)
clinfun (1)
clinPK (1)
ClinViz (0)
clippda (37)
clipper (71)
clipr (16)
cliProfiler (37)
cliqueMS (61)
clock (1)
Clomial (46)
Clonality (45)
clonotypeR (25)
clst (46)
clstutils (44)
clue (5)
CluMSID (52)
clustComp (51)
cluster (21)
clusterCrit (1)
clusterExperiment (286)
clusterGeneration (1)
ClusterJudge (51)
clustermq (1)
clusterprofielr (1)
clusterProfiler (13058)
clusterprofiler (1)
clusterRepro (1)
clusterSeq (35)
ClusterSignificance (47)
clusterStab (75)
clusthaplo (1)
clustifyr (123)
clustree (1)
clValid (1)
CMA (108)
cmapR (261)
cmdstanr (1)
cmprsk (1)
cn.farms (39)
cn.mops (171)
CNAnorm (44)
cnanorm (0)
CNAqc (1)
CNEr (1585)
CNORdt (41)
CNORfeeder (44)
CNORfuzzy (41)
cNORM (1)
CNORode (60)
CNPBayes (2)
CNTools (83)
cntools (1)
CNVfilteR (44)
CNVgears (51)
cnvGSA (38)
CNViz (36)
CNVMetrics (30)
CNVPanelizer (44)
CNVRanger (63)
CNVrd2 (36)
CNVtools (3)
cnvtools (0)
cobalt (1)
cobindR (2)
cobs (1)
CoCiteStats (36)
COCOA (41)
coda (1)
codelink (47)
codetools (5)
CODEX (66)
coexnet (20)
CoGAPS (124)
cogena (74)
cogeqc (41)
Cogito (34)
coGPS (53)
COHCAP (56)
coin (1)
cola (116)
collapse (1)
collections (1)
CollessLike (1)
coloc (4)
colorfulVennPlot (1)
colorRamps (3)
colorspace (12)
colourpicker (1)
colourvalues (1)
comapr (30)
combi (34)
coMET (60)
coMethDMR (35)
ComICS (1)
commentr (1)
CommonJavaJars (1)
commonmark (36)
compartmap (39)
COMPASS (56)
compcodeR (64)
compEpiTools (49)
CompGO (5)
compiler (1)
ComplexHeatmap (11233)
complexheatmap (1)
compositions (1)
CompoundDb (185)
CompQuadForm (1)
ComPrAn (47)
conclus (27)
concordexR (3)
condcomp (1)
condiments (53)
conditionz (1)
CONFESS (36)
config (1)
conflicted (4)
connectwidgets (1)
conquer (1)
consensus (47)
ConsensusClusterPlus (2658)
consensusDE (37)
consensusOV (46)
consensusSeekeR (76)
consICA (17)
consort (1)
CONSTANd (50)
contfrac (1)
contiBAIT (37)
conumee (116)
convert (108)
copa (40)
COPDSexualDimorphism (1)
copula (1)
copynumber (365)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (84)
CopywriteR (54)
coRdon (110)
CoRegFlux (2)
CoRegNet (59)
CoreGx (175)
Cormotif (37)
CorMut (5)
coRNAi (3)
coro (1)
corpcor (1)
corral (54)
correlation (1)
CORREP (56)
corrplot (1)
corrr (1)
coseq (82)
CoSIA (2)
cosmiq (36)
cosmo (3)
cosmoGUI (3)
cosmosR (51)
COSNet (53)
COTAN (37)
CountClust (9)
countsimQC (71)
covEB (35)
CoverageView (55)
covr (22)
covRNA (36)
CovSel (1)
cowplot (1)
cpp11 (7)
cpvSNP (39)
cqn (209)
crayon (23)
creatr (1)
credentials (1)
CRImage (55)
crisprBase (58)
crisprBowtie (69)
crisprBwa (33)
crisprDesign (43)
crisprScore (70)
CRISPRseek (97)
crisprseekplus (36)
CrispRVariants (72)
crisprVerse (31)
crisprViz (32)
crlmm (100)
CrossICC (2)
crossmeta (61)
crosstalk (24)
crrri (1)
crrry (1)
crul (1)
CSAR (77)
csaw (317)
csawBook (4)
csdR (38)
csSAM (1)
CSSP (55)
CSSQ (34)
csv (1)
ctc (271)
CTdata (2)
CTDquerier (37)
ctgGEM (16)
ctmle (1)
cTRAP (42)
ctree (1)
ctsGE (41)
CTSV (24)
cubature (1)
cubelyr (1)
Cubist (1)
cummeRbund (220)
cummerbund (1)
curatedMetagenomicData (1)
curl (27)
customCMPdb (37)
customProDB (59)
cvAUC (1)
CVE (2)
CVST (1)
CVXR (1)
cxAnalysis (1)
cyanoFilter (32)
cycle (35)
cyclocomp (1)
cydar (69)
CytoDx (38)
cytofast (3)
cytofkit (15)
CyTOFpower (27)
cytofQC (2)
CytoGLMM (45)
cytoKernel (36)
cytolib (2190)
cytomapper (166)
cytoMEM (36)
CytoML (820)
CytoPipeline (3)
CytoTree (50)
cytoviewer (3)

D

D0.db (1)
d3Network (1)
d3r (1)
dada2 (2110)
dae (1)
dagLogo (49)
daMA (56)
DAMEfinder (38)
DaMiRseq (57)
DAPAR (100)
DART (57)
DASC (1)
DASiR (1)
dasper (40)
data.table (25)
data.tree (1)
datamods (1)
datapipeline (1)
datasets (1)
datawizard (1)
DAVIDQuery (2)
dbarts (1)
DBChIP (7)
DBI (6)
DBItest (1)
dbplyr (18)
dbscan (1)
dcanr (74)
DCATS (0)
dce (38)
dcGSA (36)
DChIPRep (2)
ddalpha (1)
ddCt (80)
ddgraph (2)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (35)
deal (1)
dearseq (89)
debCAM (47)
debrowser (113)
debugme (1)
DECIPHER (1959)
deco (34)
DEComplexDisease (34)
decompTumor2Sig (67)
DeconRNASeq (169)
decontam (972)
deconvR (42)
decoupleR (424)
DEDS (5)
DeepBlueR (42)
DeepPINCS (34)
deepSNV (88)
DEFormats (201)
DegNorm (42)
DEGraph (40)
degraph (1)
DEGreport (445)
DEGseq (172)
degseq (0)
DelayedArray (37382)
DelayedDataFrame (43)
DelayedMatrixStats (13001)
DelayedRandomArray (42)
DelayedTensor (34)
deldir (1)
DELocal (2)
deltaCaptureC (31)
deltaGseg (45)
DeMAND (50)
DeMixT (60)
demuxmix (58)
demuxSNP (0)
dendextend (18)
dendsort (1)
densEstBayes (0)
densityClust (1)
densvis (313)
DEoptim (1)
DEoptimR (1)
DEP (423)
DepecheR (441)
DepInfeR (31)
DEqMS (181)
derfinder (448)
derfinderHelper (446)
derfinderPlot (77)
Deriv (1)
desc (25)
DEScan2 (37)
DescTools (1)
DESeq (402)
deseq (1)
DESeq2 (17681)
deseq2 (1)
DEsingle (263)
deSolve (17)
DESpace (2)
destiny (641)
DEsubs (40)
devtools (25)
DEWSeq (43)
DEXICA (0)
DExMA (42)
DEXSeq (1184)
dexus (3)
dfidx (1)
DFP (35)
DHARMa (1)
diagram (1)
DiagrammeR (1)
DIAlignR (41)
dials (4)
DiceDesign (1)
DiceKriging (1)
diceR (1)
dichromat (1)
DiffBind (1019)
diffcoexp (60)
diffcyt (215)
diffdf (1)
DifferentialRegulation (36)
diffGeneAnalysis (47)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (84)
DiffLogo (65)
diffloop (75)
diffobj (1)
diffuStats (55)
diffUTR (35)
digest (37)
diggit (42)
dimRed (1)
Dino (37)
dir.expiry (1381)
directlabels (1)
Director (45)
DirichletMultinomial (2367)
discordant (71)
DiscoRhythm (54)
DiscriMiner (1)
disk.frame (1)
distill (1)
distillery (1)
distinct (103)
distr (1)
distrEx (1)
distributional (4)
DistributionUtils (1)
dittodb (1)
dittoSeq (666)
divergence (32)
diveRsity (1)
dks (42)
dlstats (1)
dm (1)
DMCFB (33)
DMCHMM (35)
DMRcaller (62)
DMRcate (773)
DMRcatedata (1)
DMRforPairs (36)
DMRScan (32)
dmrseq (123)
DMwR (1)
DNABarcodeCompatibility (34)
DNABarcodes (138)
DNAcopy (4284)
dnacopy (1)
DNAfusion (19)
DNaseR (1)
DNAshapeR (64)
dndscv (1)
do (1)
DO.db (3)
doBy (1)
dockerfiler (1)
docopt (2)
doFuture (0)
domainsignatures (2)
doMC (1)
DominoEffect (33)
doParallel (13)
doppelgangR (44)
DOQTL (3)
doRNG (1)
dorothea (1)
Doscheda (33)
DOSE (13007)
DoseFinding (1)
doseR (35)
doSNOW (1)
dotCall64 (1)
doubletrouble (7)
downlit (1)
downloader (1)
dparser (1)
DPClust (1)
dpclust3p (1)
dpeak (37)
dplyr (51)
dqrng (4)
dr (1)
drake (1)
drawProteins (142)
drc (1)
dream (1)
DRIMSeq (353)
DriverNet (54)
DropletUtils (2122)
DRR (1)
drugTargetInteractions (45)
DrugVsDisease (38)
dSimer (1)
DSS (995)
dStruct (29)
DT (29)
DTA (54)
dtangle (1)
dtplyr (17)
DTRreg (1)
dtw (1)
dtwclust (1)
dualKS (3)
duckdb (1)
dummies (1)
Dune (32)
DupChecker (2)
dupRadar (85)
dyebias (39)
dygraphs (1)
dynamicTreeCut (1)
DynDoc (1043)
dyndoc (0)

E

e1071 (5)
earth (1)
easier (70)
EasyABC (1)
EasyCellType (21)
easypar (1)
EasyqpcR (5)
easyreporting (46)
easyRNASeq (55)
easyrnaseq (0)
EBarrays (121)
EBcoexpress (51)
EBImage (2245)
ebimage (0)
EBSEA (34)
EBSeq (340)
EBSeqHMM (52)
echarts4r (1)
ecodist (0)
ecolitk (38)
ECOSolveR (1)
EDASeq (1552)
edd (3)
EDDA (3)
edge (92)
edgeR (19742)
edger (1)
EDIRquery (2)
eds (74)
eegc (36)
EGAD (50)
egg (3)
EGSEA (148)
eha (1)
eiR (35)
eisa (5)
eisaR (79)
elasticsearchr (0)
ELBOW (4)
ellipse (16)
ellipsis (3)
elliptic (1)
ELMER (213)
emayili (1)
embed (1)
emdbook (1)
EMDomics (52)
emmeans (19)
EMMREML (1)
EmpiricalBrownsMethod (75)
emulator (1)
enc (1)
ENCODExplorer (4)
engitomixmk2 (1)
english (1)
EnhancedVolcano (3376)
enhancedvolcano (1)
enhancerHomologSearch (41)
EnMCB (27)
ENmix (150)
EnrichedHeatmap (419)
EnrichmentBrowser (289)
enrichplot (13800)
enrichTF (57)
EnsDb.Hsapiens.v75 (2)
EnsDb.Hsapiens.v79 (1)
EnsDb.Hsapiens.v86 (3)
ensembldb (8132)
ensemblVEP (110)
ENVISIONQuery (2)
Epi (1)
epialleleR (37)
EpiCluster (0)
EpiCompare (44)
epidecodeR (30)
EpiDISH (269)
epigenomix (37)
epigraHMM (39)
epihet (31)
EpiMix (18)
epimutacions (35)
epiNEM (55)
epiR (1)
epistack (34)
epistasisGA (18)
epitools (1)
EpiTxDb (41)
epivizr (51)
epivizrChart (38)
epivizrData (57)
epivizrServer (80)
epivizrStandalone (45)
erccdashboard (51)
ergm (1)
ergm.count (1)
erma (61)
ERSSA (33)
esATAC (72)
escape (197)
escheR (3)
esetVis (53)
esquisse (1)
estimability (3)
eudysbiome (33)
evaluate (28)
evaluomeR (35)
evd (1)
EventPointer (47)
EWCE (99)
Exact (1)
exactRankTests (1)
ExCluster (34)
ExiMiR (41)
exomeCopy (204)
exomecopy (0)
ExomeDepth (1)
exomePeak (10)
exomePeak2 (92)
exonfindR (0)
exonmap (4)
ExperimentHub (5263)
ExperimentHubData (165)
ExperimentSubset (39)
explorase (4)
ExploreModelMatrix (98)
expm (1)
ExpressionAtlas (92)
ExpressionView (3)
exprExternal (1)
expsmooth (1)
expss (1)
externalVector (2)
extraChIPs (37)
extraDistr (3)
extrafont (1)
extrafontdb (1)
extraTrees (1)
extRemes (1)

F

fabia (120)
facets (1)
facopy (1)
factDesign (40)
FactoMineR (16)
factR (21)
fail (1)
FamAgg (58)
famat (33)
fansi (28)
farms (57)
farver (3)
fastcluster (1)
fastDummies (1)
fastGHQuad (1)
fastICA (1)
fastLiquidAssociation (38)
fastmap (7)
fastmatch (1)
FastqCleaner (74)
fastreeR (53)
fastseg (642)
fasttime (1)
fauxpas (0)
fBasics (1)
fbat (2)
FCBF (66)
fCCAC (37)
fCI (50)
fcoex (54)
fcScan (36)
FD (1)
fda (4)
FDb.InfiniumMethylation.hg19 (3)
fdrame (52)
fdrtool (1)
fds (2)
FEAST (76)
feather (1)
FeatSeekR (2)
feature (0)
fedup (33)
FELLA (107)
FEM (33)
ff (23)
ffbase (1)
FField (1)
ffpe (52)
fftw (1)
fftwtools (1)
fgga (37)
FGNet (70)
fgsea (13258)
fields (1)
filehash (1)
filelock (2)
filesstrings (1)
FilterFFPE (33)
finalfit (1)
FindIT2 (39)
FindMyFriends (5)
findpython (2)
FISHalyseR (36)
fishHook (1)
fishMod (1)
fishpond (345)
fit.models (1)
fitdistrplus (1)
FitHiC (62)
fixest (1)
flagme (37)
FLAMES (43)
flashClust (1)
flexclust (1)
flexdashboard (1)
flexmix (1)
flexsurv (1)
flextable (5)
flipflop (2)
flock (1)
flowAI (437)
flowBeads (36)
flowBin (39)
flowcatchR (37)
flowCHIC (35)
flowCL (33)
flowClean (192)
flowClust (960)
flowCore (2131)
flowcore (1)
flowCut (66)
flowCyBar (47)
flowDensity (170)
flowFit (4)
flowFlowJo (2)
flowFP (69)
flowGate (2)
flowGraph (44)
flowMap (51)
flowMatch (36)
flowMeans (93)
flowMerge (53)
flowPeaks (115)
flowPhyto (1)
flowPloidy (39)
flowPlots (41)
flowQ (3)
flowq (0)
flowQB (1)
FlowRepositoryR (7)
FlowSOM (864)
FlowSorted.Blood.EPIC (4)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (4)
flowSpecs (44)
flowSpy (2)
flowStats (878)
flowTime (38)
flowTrans (51)
flowType (3)
flowUtils (95)
flowViz (1155)
flowVS (75)
flowWorkspace (1268)
flowworkspace (1)
flowWorkspaceData (1)
fma (1)
fmcsR (180)
FME (1)
fmrs (66)
fmsb (1)
FNN (2)
fobitools (37)
focalCall (2)
foghorn (1)
FoldGO (38)
fontawesome (15)
forcats (6)
foreach (4)
forecast (1)
foreign (3)
forestplot (1)
fork (1)
formatR (7)
formatters (1)
Formula (1)
formula.tools (1)
forrester.metadata (1)
fossil (1)
FourCSeq (5)
fpc (1)
fpp (1)
fracdiff (1)
FRASER (100)
frenchFISH (41)
fresh (2)
FRGEpistasis (47)
frma (84)
frmaTools (41)
fs (37)
FScanR (44)
fstcore (1)
FunChIP (34)
FunciSNP (4)
funtooNorm (34)
furrr (5)
FuseSOM (20)
future (21)
future.apply (4)
future.batchtools (0)
future.callr (1)
fuzzyjoin (1)

G

g3viz (1)
GA (1)
GA4GHclient (42)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (33)
gada (1)
gaga (48)
gage (906)
gaggle (35)
gaia (63)
gam (1)
gamlss (1)
gamlss.data (1)
gamlss.dist (1)
gamlss.tr (1)
gamm4 (1)
gap (1)
gap.datasets (1)
gapfill (1)
GAPGOM (16)
GAprediction (51)
garfield (54)
gargle (13)
GARS (36)
gaston (1)
GateFinder (39)
gaucho (1)
gbm (1)
gbRd (1)
GBScleanR (37)
gcapc (42)
gcatest (44)
gclus (1)
gCMAP (4)
gCMAPWeb (2)
gCrisprTools (42)
gcrma (1366)
GCS (1)
GCSConnection (8)
GCSFilesystem (19)
GCSscore (41)
gdata (1)
GDCRNATools (251)
gdistance (1)
GDSArray (69)
gdsfmt (1786)
gdtools (4)
gee (1)
geecc (2)
geepack (1)
geigen (1)
geiger (1)
GEM (51)
gemini (49)
gemma.R (25)
gemtc (1)
GenABEL (3)
GenABEL.data (3)
genArise (48)
genbankr (167)
GENE.E (3)
gene2pathway (2)
GeneAccord (29)
GeneAnswers (22)
geneAttribution (36)
GeneBreak (45)
geneClassifiers (34)
GeneExpressionSignature (44)
genefilter (17915)
genefu (320)
GeneGA (44)
GeneGeneInteR (36)
GeneGroupAnalysis (1)
geneLenDataBase (4)
GeneMeta (56)
GeneNet (1)
GeneNetworkBuilder (49)
GeneOverlap (259)
geneplast (55)
geneplotter (16238)
GeneR (3)
geneRecommender (38)
GeneRegionScan (39)
GeneRfold (2)
generics (5)
geneRxCluster (38)
GeneSelectMMD (45)
GeneSelector (4)
GENESIS (278)
genesis (1)
GeneSpring (3)
GeneStructureTools (55)
geNetClassifier (82)
genetics (0)
GeneticsBase (2)
GeneticsDesign (5)
GeneticsPed (94)
GeneTonic (102)
GeneTraffic (3)
GeneTS (3)
geneXtendeR (37)
GENIE3 (876)
genoCN (51)
GenoGAM (3)
genomation (536)
GenomAutomorphism (21)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (10)
GenomeInfoDb (49270)
genomeinfodb (0)
GenomeInfoDB (1)
GenomeInfoDbData (10)
genomeIntervals (110)
genomeintervals (0)
GenomelnfoDb (1)
genomes (58)
GenomicAlignments (20343)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (1066)
GenomicDistributions (73)
GenomicFeatures (16027)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (884)
genomicInstability (34)
GenomicInteractionNodes (34)
GenomicInteractions (209)
GenomicOZone (33)
GenomicRanges (36642)
GenomicScores (416)
GenomicSuperSignature (43)
GenomicTuples (37)
Genominator (3)
genoset (16)
genotypeeval (35)
GenoView (1)
genphen (18)
GenProSeq (29)
GenRank (2)
GenSA (1)
GenVisR (402)
GeoDiff (60)
GEOexplorer (55)
GEOfastq (52)
GEOmap (0)
GEOmetadb (170)
geometadb (0)
geometries (1)
geometry (1)
GeomxTools (216)
GEOquery (8556)
geoquery (0)
geoR (1)
GEOsearch (1)
geosphere (4)
GEOsubmission (36)
GeoTcgaData (3)
gep2pep (38)
gert (5)
gespeR (56)
getDEE2 (48)
GetoptLong (1)
getSVCNVperGene0.94 (1)
gettz (1)
geva (45)
GEWIST (47)
gff3Plotter (2)
gfonts (1)
ggalluvial (1)
GGally (1)
gganimate (1)
GGBase (11)
ggbeeswarm (1)
ggbio (1894)
ggbreak (1)
ggcorrplot (1)
ggcyto (1056)
ggdag (1)
ggdendro (3)
ggdist (1)
ggeasy (1)
ggeffects (1)
ggExtra (1)
ggfittext (0)
ggforce (1)
ggforestplot (1)
ggformula (1)
ggfortify (1)
ggfun (5)
gggenes (0)
gghalves (1)
gghighlight (1)
ggiraph (1)
ggm (1)
ggmanh (47)
ggmap (15)
ggmsa (323)
ggnewscale (3)
GGPA (42)
ggpattern (1)
ggplot (1)
ggplot2 (25)
ggplotify (1)
ggPMX (1)
ggpointdensity (2)
ggpubr (4)
ggRandomForests (1)
ggraph (1)
ggrastr (1)
ggrepel (5)
ggridges (5)
ggsci (17)
ggseqlogo (2)
ggsignif (1)
ggspavis (65)
ggstance (1)
ggstatsplot (1)
ggsurvfir (1)
ggsurvfit (1)
ggtext (1)
ggthemes (3)
GGtools (10)
ggtree (16151)
ggtreeDendro (23)
ggtreeExtra (723)
ggVennDiagram (1)
ggvis (1)
gh (24)
ghql (1)
GIGSEA (49)
GillespieSSA (1)
girafe (76)
GISPA (39)
git2r (21)
gitcreds (4)
GLAD (226)
GladiaTOX (36)
glasso (1)
gld (1)
Glimma (1135)
gllvm (1)
glmGamPoi (1705)
glmmADMB (1)
glmmML (1)
glmmTMB (1)
glmnet (4)
glmnetUtils (1)
glmSparseNet (76)
GlobalAncova (613)
GlobalOptions (1)
globals (6)
globalSeq (52)
globaltest (1342)
glpgStyle (1)
glpgTesteR (1)
glpkAPI (1)
glue (6)
gmapR (68)
gMCP (1)
GmicR (43)
gmm (1)
gmodels (1)
gmoviz (36)
gmp (5)
GMRP (34)
GNET2 (37)
gnm (1)
GO.db (8)
goCluster (1)
GOexpress (79)
goftest (1)
GOfuncR (190)
GOFunction (4)
golem (1)
gomms (1)
googledrive (14)
GoogleGenomics (1)
googlesheets4 (17)
GOplot (1)
GOpro (42)
goProfiles (69)
goprofiles (0)
GOSemSim (12192)
gosemsim (0)
goseq (1150)
GOSim (110)
goSorensen (19)
goSTAG (42)
GOstats (1658)
gostats (1)
GOsummaries (54)
GOTHiC (45)
goTools (50)
gotools (0)
gower (4)
GPA (46)
GPArotation (15)
gpart (32)
GPfit (1)
gplots (1)
gpls (99)
gprege (20)
gpuMagic (39)
gQTLBase (6)
gQTLstats (6)
gramm4R (2)
GRaNIE (47)
granulator (112)
graper (51)
graph (17283)
GraphAlignment (56)
GraphAT (37)
graphat (1)
graphics (1)
graphite (2244)
graphlayouts (1)
GraphPAC (38)
graphql (1)
grDevices (1)
GRENITS (52)
GreyListChIP (770)
grf (1)
grid (1)
gridExtra (1)
gridGraphics (1)
gridpattern (1)
gridtext (1)
GRmetrics (68)
groHMM (50)
grpreg (1)
grr (1)
GRridge (40)
GSA (1)
gsalib (1)
GSALightning (56)
GSAR (103)
GSCA (40)
gscounts (1)
gscreend (42)
gsDesign (1)
GSEABase (7290)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (53)
GSEAlm (60)
GSEAmining (57)
gsean (41)
GSgalgoR (45)
gsl (1)
gsmoothr (3)
gsrc (1)
GSReg (37)
GSRI (41)
gss (1)
GSVA (4537)
gsw (1)
gt (1)
gtable (27)
gto (1)
gtools (6)
gtrellis (105)
gtsummary (1)
gtx (1)
GUIDEseq (50)
Guitar (101)
gUtils (1)
GUTS (1)
Gviz (3050)
GWAS.BAYES (47)
gwascat (396)
GWASExactHW (3)
gwasrapidd (1)
GWASTools (564)
gwasurvivr (68)
GWENA (89)
gWidgets2tcltk (1)

H

h2o (1)
h5vc (57)
HandTill2001 (1)
hapFabia (36)
hardhat (16)
Harman (137)
harmony (0)
Harshlight (39)
harshlight (0)
haven (6)
hca (52)
HCABrowser (2)
HCAExplorer (2)
HCAMatrixBrowser (2)
HCsnip (1)
HDF5Array (10200)
hdf5r (1)
HDInterval (4)
hdm (1)
HDO.db (0)
hdrcde (2)
HDTD (51)
heatmap.plus (1)
heatmap3 (1)
heatmaply (4)
heatmaps (225)
Heatplus (326)
heemod (1)
HelloRanges (81)
HELP (37)
helperMut (1)
HEM (39)
here (1)
hermes (55)
Herper (87)
hexbin (6)
HGC (53)
hgu133a.db (1)
hgu133plus2.db (4)
hgug4112a.db (1)
hiAnnotator (59)
HIBAG (94)
HiCBricks (51)
hicbricks (0)
HiCcompare (154)
HiCDCPlus (61)
HiCDOC (21)
HiCExperiment (11)
HiContacts (29)
HiCool (5)
hicrep (9)
hierfstat (1)
hierGWAS (52)
hierinf (42)
highlight (1)
highr (25)
HilbertCurve (63)
HilbertVis (144)
HilbertVisGUI (21)
HiLDA (37)
hipathia (52)
HIPPO (35)
hiReadsProcessor (44)
HIREewas (48)
HiTC (115)
hmdbQuery (61)
Hmisc (2)
HMMcopy (261)
hms (34)
Homo.sapiens (3)
Hoover (0)
hopach (190)
HPAanalyze (96)
hpar (220)
HPAStainR (44)
HPiP (48)
hsm (1)
htmlTable (1)
htmltools (55)
htmlwidgets (54)
HTqPCR (137)
HTSanalyzeR (5)
HTSeqGenie (25)
htSeqTools (4)
htseqtools (0)
HTSFilter (157)
httpcode (1)
httpgd (1)
httptest (1)
httpuv (13)
httr (36)
httr2 (1)
HubPub (74)
huge (1)
HumanTranscriptomeCompendium (38)
hummingbird (32)
hunspell (1)
huxtable (1)
hwriter (1)
HWxtest (1)
HybridMTest (66)
hypeR (99)
hyperdraw (50)
hypergeo (1)
hypergraph (70)
hyperSpec (1)

I

iASeq (47)
iasva (36)
iBBiG (90)
ibh (50)
iBMQ (26)
ica (1)
iCARE (90)
Icens (265)
icetea (35)
iCheck (31)
iChip (34)
ichorCNA (0)
iClusterPlus (296)
iCNV (37)
iCOBRA (125)
ideal (78)
ideogram (0)
IdeoViz (55)
idiogram (42)
IdMappingAnalysis (2)
IdMappingRetrieval (2)
IDPmisc (1)
idpr (45)
idr (1)
idr2d (44)
ids (1)
ieugwasr (1)
IFAA (5)
iFlow (2)
iGC (49)
IgGeneUsage (34)
igraph (6)
igvR (86)
IHW (563)
Illumina450ProbeVariants.db (1)
IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19 (4)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (3)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (3)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19 (3)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (3)
illuminaio (2487)
ILoReg (39)
imageHTS (39)
imager (1)
imagerExtra (1)
IMAS (38)
imcRtools (100)
Imetagene (2)
iml (1)
IMMAN (45)
ImmuneSpaceR (51)
immunoClust (40)
immunotation (44)
IMPCdata (46)
ImpulseDE (3)
ImpulseDE2 (11)
impute (9301)
INDEED (45)
ineq (1)
infer (4)
infercnv (916)
infinityFlow (40)
influenceR (1)
Informeasure (46)
ini (1)
InkblotAnalytics (5)
INLA (1)
inline (1)
InPAS (37)
INPower (50)
insight (1)
inSilicoDb (5)
inSilicoMerging (7)
insilicomerging (0)
INSPEcT (45)
INTACT (2)
InTAD (35)
intansv (44)
interacCircos (60)
InteractionSet (1261)
InteractiveComplexHeatmap (224)
interactiveDisplay (70)
interactiveDisplayBase (7927)
InterCellar (63)
IntEREst (42)
InterMineR (47)
interp (1)
interpretR (1)
intervals (1)
IntOMICS (4)
IntramiRExploreR (41)
inum (1)
inveRsion (17)
inversion (0)
IONiseR (51)
iontree (2)
iPAC (43)
ipaddress (1)
iPath (33)
ipdDb (35)
ipmisc (1)
IPO (121)
IPPD (5)
ipred (17)
irace (1)
IRanges (47662)
iranges (1)
IRdisplay (1)
IRISFGM (37)
IrisSpatialFeatures (1)
IRkernel (1)
irlba (4)
irr (1)
ISAnalytics (44)
iSEE (267)
iSEEhex (45)
iSEEhub (16)
iSEEu (76)
iSeq (49)
ISLET (16)
iSNetwork (2)
Iso (1)
isoband (12)
isobar (71)
ISOcodes (1)
IsoCorrectoR (58)
IsoCorrectoRGUI (34)
IsoformSwitchAnalyzeR (220)
IsoGeneGUI (16)
ISoLDE (49)
isomiRs (45)
iSPlot (2)
isva (3)
ISwR (1)
ITALICS (39)
iterativeBMA (43)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (48)
iterativebmasurv (1)
iterators (4)
iterClust (40)
iteremoval (13)
itertools (1)
IVAS (49)
ivpack (1)
ivygapSE (35)
IWTomics (33)

J

JADE (1)
janeaustenr (1)
janitor (1)
JASPAR2018 (1)
JASPAR2020 (2)
JavaGD (1)
JBTools (1)
jiebaR (1)
jiebaRD (1)
JM (1)
jmosaics (1)
joda (3)
joineRML (1)
jomo (1)
jpeg (1)
jquerylib (1)
jsonlite (33)
jsTreeR (1)
jtools (1)
juicyjuice (1)
JuliaCall (1)
JunctionSeq (10)

K

kableExtra (1)
karyoploteR (745)
KaryoploteR (0)
katdetectr (27)
KBoost (47)
KCsmart (37)
kebabs (101)
kedd (1)
KEGG.db (2)
KEGGgraph (4855)
kegggraph (1)
KEGGlincs (43)
keggorth (2)
keggorthology (69)
KEGGprofile (14)
KEGGREST (32354)
KEGGSOAP (4)
keras (1)
kernlab (1)
KernSmooth (1)
keyring (1)
kimod (2)
KinSwingR (40)
kissDE (36)
kknn (1)
klaR (1)
km.ci (1)
kmknn (0)
KMsurv (1)
knitr (28)
knockoff (1)
KnowSeq (43)
KODAMA (1)
kohonen (1)
kpmt (1)
ks (1)
kSamples (1)

L

labdsv (1)
labeling (1)
labelled (1)
LACE (35)
Lahman (1)
lambda.r (1)
lambdr (1)
languageserver (1)
LaplacesDemon (1)
lapmix (36)
later (22)
latex2exp (1)
lattice (5)
latticeExtra (2)
lava (4)
lavaan (19)
lazy (1)
lazyeval (14)
LBE (272)
lbfgs (1)
lbfgsb3c (1)
lda (1)
ldblock (44)
LEA (436)
leafcutter (1)
leaflet (1)
leaps (1)
LearnBayes (1)
learnr (1)
LedPred (44)
lefser (225)
leiden (4)
leidenAlg (1)
leidenbase (4)
lemon (1)
les (53)
levi (42)
lfa (337)
lfe (1)
lgr (1)
lhs (4)
liana (1)
libcoin (1)
LiblineaR (4)
lifecycle (6)
lightgbm (1)
limma (33516)
limmaGUI (48)
LINC (2)
LineagePulse (37)
lineagespot (31)
LinkHD (29)
Linnorm (138)
linprog (1)
LinTInd (33)
lintr (4)
lionessR (44)
lipidr (103)
LiquidAssociation (40)
liquidSVM (1)
lisaClust (77)
listenv (4)
lixoftConnectors (1)
lixoftConnectors.1 (1)
lixoftConnectors.2 (1)
lle (1)
lm.beta (1)
lmdme (42)
lme4 (22)
lmerTest (1)
LMGene (6)
lmom (1)
lmomco (1)
Lmoments (1)
lmtest (1)
LOBSTAHS (47)
lobstr (1)
locfdr (1)
locfit (7)
loci2path (31)
log4r (1)
logcondens (1)
logicFS (77)
logistf (1)
logitT (38)
logitt (1)
Logolas (3)
logolas (1)
logspline (1)
lol (2)
LOLA (146)
longitudinal (1)
longmemo (1)
loo (1)
LoomExperiment (363)
lotri (1)
LowMACA (29)
LPE (58)
LPEadj (35)
lpNet (45)
lpSolve (1)
lpSolveAPI (1)
lpsymphony (1099)
lqa (1)
LRBaseDbi (43)
LRcell (35)
lsa (3)
LSAF (1)
lsei (1)
lubridate (5)
lumi (1040)
LVSmiRNA (3)
LymphoSeq (55)

M

M3C (1105)
M3D (4)
M3Drop (388)
m6Aboost (30)
maanova (52)
Maaslin2 (476)
Macarron (29)
macat (38)
maCorrPlot (49)
MACPET (16)
MACSQuantifyR (41)
MACSr (64)
maDB (5)
madb (0)
made4 (218)
MADSEQ (34)
maftools (2419)
MAGAR (39)
MAGeCKFlute (285)
magic (1)
magick (1)
magpie (3)
magrene (17)
magrittr (11)
MAI (38)
maic (1)
maigesPack (43)
mailR (1)
MAIT (54)
makecdfenv (99)
makePlatformDesign (2)
maketools (0)
MALDIquant (2)
manipulateWidget (1)
MANOR (39)
manta (4)
MantelCorr (46)
mantelcorr (0)
maotai (1)
mapbayr (1)
mapdata (1)
mAPKL (35)
mapproj (1)
maPredictDSC (37)
maps (1)
mapscape (44)
maptools (5)
maptree (1)
mariner (2)
Markdown (1)
markdown (25)
marr (32)
marray (1662)
martini (40)
maser (90)
maSigPro (232)
maskBAD (37)
MASS (36)
MassArray (53)
massarray (0)
massiR (38)
MassSpecWavelet (1416)
MAST (1628)
mastR (2)
matchBox (44)
Matching (1)
MatchIt (1)
matchprobes (3)
mathjaxr (3)
Matrix (29)
Matrix.utils (1)
matrixcalc (1)
MatrixGenerics (34090)
MatrixModels (5)
MatrixQCvis (47)
MatrixRider (33)
matrixStats (7)
matter (110)
MaxContrastProjection (2)
MBA (0)
MBAmethyl (44)
MBASED (39)
MBCB (38)
MBECS (32)
mbkmeans (351)
mbOmic (31)
mboost (1)
mBPCR (35)
MBQN (38)
mbQTL (3)
MBttest (43)
mc2d (1)
mcaGUI (3)
MCbiclust (36)
mclogit (1)
mclust (1)
mcmc (1)
MCMCglmm (1)
MCMCpack (1)
MCPcounter (1)
MCRestimate (3)
mCSEA (62)
mda (1)
mdgsa (7)
mdp (50)
mdqc (55)
MDTS (35)
MEAL (59)
MeasurementError.cor (47)
MEAT (36)
MEB (31)
medflex (1)
mediation (1)
MEDIPS (97)
MEDME (39)
megadepth (92)
MEIGOR (53)
Melissa (34)
memes (147)
memisc (1)
memoise (7)
MergeMaid (9)
mergemaid (0)
Mergeomics (58)
MeSHDbi (180)
meshes (108)
meshr (78)
MeSHSim (1)
MesKit (59)
messina (47)
meta (1)
metaArray (5)
metaarray (0)
Metab (40)
metabaser (0)
metabCombiner (37)
metabinR (27)
metaBMA (1)
MetaboAnnotation (171)
MetaboCoreUtils (251)
metabolomicsWorkbenchR (49)
metabomxtr (38)
MetaboSignal (84)
metaCCA (81)
MetaCyto (45)
metadat (1)
metafor (1)
metagene (52)
metagene2 (51)
metagenomeFeatures (3)
metagenomeSeq (1030)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (49)
metaMA (4)
metaMS (89)
MetaNeighbor (60)
metap (4)
MetaPhOR (17)
metaplus (1)
metapod (3330)
metapone (45)
metaR (0)
metaSeq (50)
metaseqR (9)
metaseqR2 (52)
MetaSKAT (1)
metavizr (25)
MetaVolcanoR (65)
metaX (3)
MetCirc (37)
MethCP (17)
methimpute (48)
methInheritSim (40)
methods (1)
MethPed (33)
MethReg (51)
methrix (59)
MethTargetedNGS (34)
methVisual (4)
methyAnalysis (11)
MethylAid (46)
methylCC (52)
methylclock (95)
methylGSA (102)
methylInheritance (45)
methylKit (522)
MethylMix (103)
methylMnM (36)
methylPipe (51)
methylscaper (29)
MethylSeekR (121)
methylSig (53)
methylumi (1286)
methyvim (2)
MetID (40)
MetNet (42)
mets (1)
mfa (70)
Mfuzz (862)
mfuzz (1)
mg14 (1)
mgcv (28)
MGFM (37)
MGFR (39)
mgsa (97)
mi (1)
mia (761)
miaSim (46)
miaViz (147)
mice (4)
MiChip (32)
microbenchmark (1)
microbiome (1504)
microbiomeDASim (36)
microbiomeExplorer (50)
microbiomeMarker (238)
MicrobiomeProfiler (65)
MicrobiotaProcess (309)
microRNA (111)
microSTASIS (6)
midasHLA (41)
MIGSA (33)
MIIVsem (1)
miloR (158)
mimager (37)
mime (20)
MIMOSA (41)
mina (41)
MineICA (48)
minerva (1)
minet (532)
minfi (1922)
MinimumDistance (35)
miniUI (1)
minpack.lm (1)
minqa (5)
MiPP (38)
miQC (83)
MIRA (51)
MiRaGE (36)
miRBaseConverter (140)
miRcomp (33)
mirIntegrator (36)
miRLAB (40)
miRmine (33)
miRNAmeConverter (45)
miRNApath (56)
miRNAtap (103)
miRSM (34)
miRsponge (1)
miRspongeR (48)
Mirsynergy (2)
mirTarRnaSeq (52)
misc3d (1)
miscTools (0)
missMethyl (895)
missRows (33)
mistyR (65)
mitch (59)
mitml (1)
mitoClone2 (32)
mitoODE (2)
mitools (1)
mixOmics (2591)
mixsqp (5)
mixtools (1)
mlbench (1)
mlegp (1)
MLInterfaces (246)
mlm4omics (1)
mlmm.gwas (1)
mlogit (1)
MLP (62)
mlr (1)
mlr3 (1)
mlr3measures (1)
mlr3misc (1)
MLSeq (105)
mltools (1)
MMAPPR2 (22)
MMDiff (1)
MMDiff2 (38)
mmgmos (2)
mmnet (1)
MmPalateMiRNA (2)
mmrm (1)
MMUPHin (80)
mnem (63)
mnormt (4)
MNP (1)
moanin (49)
MobilityTransformR (30)
mobster (1)
mockery (1)
mockr (1)
MODA (43)
ModCon (39)
modeldata (4)
modelenv (1)
ModelMetrics (1)
modelr (17)
modeltools (1)
Modstrings (86)
MOFA (8)
MOFA2 (294)
MOGAMUN (37)
mogsa (109)
MoleculeExperiment (2)
MOMA (46)
monaLisa (71)
monocle (2488)
MoonlightR (42)
MoPS (2)
morpheus (1)
mosaicCore (1)
mosaics (93)
mosbi (38)
MOSim (35)
Motif2Site (31)
motifbreakR (81)
motifcounter (39)
MotifDb (481)
motifmatchr (955)
motifRG (5)
motifStack (556)
MotIV (37)
mouse4302.db (1)
MouseFM (31)
mpath (1)
MPFE (44)
mpra (39)
MPRAnalyze (41)
MQmetrics (42)
mQTL.NMR (1)
mrgda (1)
mrggsave (1)
mrgmisc (1)
mrgsolve (1)
mrgvalidate (1)
mrgvalprep (1)
msa (1170)
MSA2dist (51)
MsBackendMassbank (59)
MsBackendMgf (237)
MsBackendMsp (53)
MsBackendRawFileReader (35)
MsBackendSql (5)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (2485)
MsDataHub (2)
MSEADbi (1)
MsExperiment (33)
MsFeatures (1108)
msgbsR (35)
MSGFgui (5)
MSGFplus (16)
msigdbr (1)
msImpute (49)
mslp (22)
msm (1)
msmsEDA (155)
msmsTests (148)
MSnbase (2732)
msnbase (0)
MSnID (135)
MSPrep (41)
msPurity (59)
msQC (0)
msqrob2 (81)
MsQuality (6)
MSstats (377)
MSstatsConvert (318)
MSstatsLiP (34)
MSstatsLOBD (41)
MSstatsPTM (86)
MSstatsQC (39)
MSstatsQCgui (35)
MSstatsSampleSize (36)
MSstatsShiny (30)
MSstatsTMT (190)
MSstatsTMTPTM (2)
MSstatsTMTs (0)
mstate (1)
mtbls2 (0)
MTseeker (1)
MuData (32)
muhaz (1)
Mulcom (69)
mulcom (0)
multcomp (1)
multcompView (14)
MultiAssayExperiment (2957)
MultiBaC (43)
multiClust (54)
multicrispr (37)
MultiDataSet (727)
multidplyr (1)
multiGSEA (74)
multiHiCcompare (75)
MultiMed (50)
multiMiR (202)
MultimodalExperiment (1)
multinichenetr (1)
multinma (1)
multiOmicsViz (46)
multipanelfigure (1)
multiscan (34)
multiSight (29)
multtest (9949)
MuMIn (1)
mumosa (47)
MungeSumstats (258)
munsell (1)
muscat (204)
muscle (182)
musicatk (44)
MutationalPatterns (342)
MutationTimeR (1)
mutoss (3)
mutSigExtractor (1)
mvabund (1)
MVCClass (55)
mvGST (1)
mvnfast (1)
mvtnorm (1)
MWASTools (83)
mygene (337)
myvariant (55)
mzID (2412)
mzR (2605)

N

n1qn1 (1)
N2R (1)
nabor (1)
NADA (3)
NADfinder (34)
naniar (1)
NanoMethViz (56)
NanoStringDiff (80)
NanoStringNCTools (230)
NanoStringQCPro (68)
nanostringr (1)
nanotatoR (40)
nanotime (1)
NanoTube (49)
narray (1)
NarrowPeaks (3)
nasapower (1)
natserv (1)
naturalsort (1)
NBAMSeq (32)
NBSplice (33)
ncbit (1)
ncdf4 (1)
ncdf4.1 (1)
ncdfFlow (1273)
ncGTW (32)
NCIgraph (40)
ncRNAtools (38)
ndexr (58)
ndjson (1)
neaGUI (1)
nearBynding (33)
Nebulosa (715)
NeighborNet (30)
nem (10)
NEMO (1)
nempi (32)
NetActivity (18)
netbenchmark (2)
netbiov (66)
netboost (30)
netboxr (28)
NetCRG (0)
netDx (34)
nethet (42)
netOmics (38)
NetPathMiner (61)
netprioR (45)
netReg (2)
netresponse (50)
NetSAM (37)
netSmooth (39)
network (1)
networkBMA (27)
networkDynamic (1)
netZooR (39)
NeuCA (32)
NeuralNetTools (1)
neuRosim (1)
NewWave (40)
NGScopy (1)
ngsReports (66)
nhanesA (1)
nleqslv (1)
nlme (35)
nlmixr2 (1)
nlmixr2data (1)
nlmixr2est (1)
nlmixr2extra (1)
nlmixr2lib (1)
nlmixr2plot (1)
nloptr (19)
NLP (1)
NMcalc (1)
NMdata (1)
NMF (3)
NMproject (1)
nnet (19)
NNLM (1)
nnls (1)
nnNorm (37)
nnSVG (53)
NoiseFiltersR (1)
NOISeq (509)
NonCompart (1)
nondetects (64)
nonmemica (1)
nonnest2 (1)
nor1mix (1)
NoRCE (41)
norm (0)
normalize450K (32)
NormalyzerDE (99)
NormqPCR (188)
normr (120)
np (1)
NPARC (39)
npde (1)
npGSEA (40)
npsurv (1)
NTW (44)
nucleoSim (37)
nucleR (51)
nucler (0)
nuCpos (48)
nudge (4)
nullranges (47)
numbat (0)
numDeriv (1)
NuPoP (56)
NxtIRFcore (38)

O

occugene (43)
OceanView (1)
OCplus (76)
octad (18)
odbc (1)
oddsratio (1)
ODER (26)
odseq (52)
officedown (1)
officer (5)
OGRE (30)
OGSA (2)
oligo (1422)
oligoClasses (1460)
OLIN (41)
OLINgui (37)
omada (14)
OmaDB (78)
omicade4 (93)
OmicCircos (160)
omiccircos (0)
omicplotR (37)
omicRexposome (36)
omicsbase (1)
OmicsLonDA (35)
OmicsMarkeR (3)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (35)
omicsPrint (37)
omicsViewer (34)
Omixer (44)
OmnipathR (336)
ompBAM (56)
Onassis (3)
onbrand (1)
OncoBayes2 (1)
oncomix (32)
oncoscanR (19)
OncoScore (39)
OncoSimulR (47)
oneChannelGUI (4)
onechannelgui (0)
oneSENSE (29)
onlineFDR (48)
ontoCAT (3)
ontologyIndex (6)
ontoProc (99)
ontoTools (3)
oompaBase (1)
oompaData (1)
openCyto (926)
openPrimeR (81)
openPrimeRui (45)
openssl (53)
OpenStats (48)
openxlsx (5)
OperaMate (1)
operator.tools (1)
oposSOM (54)
oppar (35)
oppti (30)
optextras (1)
optimalFlow (31)
optimx (1)
optmatch (1)
optparse (21)
OPWeight (34)
OrderedList (78)
ordinal (1)
ORFhunteR (36)
ORFik (148)
org.At.tair.db (1)
org.Bt.eg.db (1)
org.Ce.eg.db (1)
org.Cf.eg.db (1)
org.Dm.eg.db (1)
org.Dr.eg.db (1)
org.Gg.eg.db (1)
org.Hs.eg.db (6)
org.Hs.eg.db.html (1)
org.Mm.eg.db (5)
org.Rn.eg.db (4)
org.Sc.sgd.db (1)
org.Ss.eg.db (1)
Organism.dplyr (337)
OrganismDbi (2791)
orientlib (1)
orthogene (180)
Orthology.eg.db (1)
OSAT (54)
OSCA (6)
OSCA.advanced (12)
OSCA.basic (15)
OSCA.intro (93)
OSCA.multisample (10)
OSCA.workflows (24)
Oscope (48)
osmdata (5)
osqp (1)
OTUbase (35)
OutlierD (5)
OUTRIDER (153)
OutSplice (1)
overlapping (1)
OVESEG (31)

P

PAA (45)
packFinder (37)
packrat (7)
padma (33)
PADOG (163)
padr (1)
pagedown (1)
pageRank (34)
PAIRADISE (65)
paircompviz (39)
pairedGSEA (2)
pairkat (29)
pairseqsim (1)
pairwiseComparisons (1)
pak (1)
paletteer (1)
Palimpsest (1)
palmerpenguins (1)
pamr (5)
PAN (0)
pan (1)
pandaR (93)
pander (1)
panelcn.mops (58)
PAnnBuilder (3)
PanomiR (32)
panp (39)
PANR (36)
PanViz (32)
PanVizGenerator (5)
PAPi (4)
paradox (1)
parallel (1)
parallelly (21)
parameters (1)
ParamHelpers (1)
pareg (29)
parglms (34)
parody (56)
parsedate (1)
parsnip (4)
partCNV (0)
partitions (1)
party (1)
partykit (1)
PAST (36)
pastecs (1)
patchwork (5)
Path2PPI (53)
pathifier (147)
PathNet (53)
PathoStat (40)
pathprint (2)
pathRender (39)
pathVar (42)
pathview (4164)
pathwayPCA (94)
PathwaySplice (2)
PatientGeneSets (1)
paws (3)
paws.analytics (3)
paws.application.integration (4)
paws.common (5)
paws.compute (4)
paws.cost.management (3)
paws.customer.engagement (3)
paws.database (3)
paws.developer.tools (3)
paws.end.user.computing (3)
paws.machine.learning (3)
paws.management (3)
paws.networking (3)
paws.security.identity (3)
paws.storage (3)
paxtoolsr (102)
pbapply (4)
Pbase (2)
pbcmc (1)
pbdZMQ (1)
PBIR (1)
pbivnorm (1)
pbkrest (1)
pbkrtest (23)
pbmcapply (1)
pcaExplorer (355)
pcaGoPromoter (5)
pcaMethods (4415)
PCAN (42)
pcaPP (4)
PCAtools (973)
pcot2 (8)
PCpheno (4)
pctGCdata (1)
pcxn (42)
pd.atdschip.tiling (1)
pd.hg.u133.plus.2 (1)
pd.mouse430.2 (1)
PDATK (33)
pdftools (1)
pdInfoBuilder (88)
pdmclass (3)
pdp (1)
PeacoQC (99)
peakPantheR (44)
peakPick (1)
pec (0)
PECA (46)
peco (30)
pegas (1)
penalized (1)
pengls (29)
peperr (1)
PepsNMR (72)
pepStat (36)
pepXMLTab (53)
PERFect (48)
performance (1)
PerformanceAnalytics (1)
periodicDNA (38)
perm (3)
permimp (1)
permute (1)
perturbatr (2)
PFAM.db (5)
pfamAnalyzeR (3)
PFIM (1)
PFP (31)
PGA (4)
pga (0)
pgca (44)
PGSEA (26)
pgUtils (3)
phangorn (1)
phantasus (64)
PharmacoGx (152)
pheatmap (1)
phemd (16)
phenoDist (2)
PhenoGeneRanker (41)
phenomis (20)
phenopath (78)
phenoTest (62)
PhenStat (38)
PheWAS (1)
philentropy (1)
philr (176)
PhIPData (43)
phosphonormalizer (39)
PhosR (75)
phyclust (1)
phylobase (1)
PhyloProfile (47)
phyloseq (4438)
phytools (1)
Pi (67)
piano (325)
pickgene (46)
PICS (71)
Pigengene (62)
pillar (49)
pim (1)
PING (36)
pingr (1)
pins (5)
pint (4)
pio (1)
pipeComp (39)
pipeFrame (112)
pkgbuild (25)
pkgcache (1)
pkgconfig (2)
pkgdepends (1)
pkgDepTools (43)
pkgdown (4)
pkgKitten (1)
pkgload (25)
pkgmaker (1)
PKI (1)
PKNCA (1)
planet (112)
planttfhunter (5)
plateCore (2)
plethy (36)
plgem (56)
plier (113)
plm (1)
PloGO2 (50)
plogr (1)
plot3D (1)
plot3Drgl (1)
plotgardener (151)
plotGrouper (50)
plotly (6)
plotmo (1)
plotrix (1)
PLPE (36)
plrs (2)
pls (1)
plumber (1)
plw (3)
plyr (8)
plyranges (891)
PMCMRplus (1)
pmforest (1)
pmm (44)
pmp (87)
pmplots (1)
pmtables (1)
pmxTools (1)
png (5)
PoDCall (41)
podkat (43)
pogos (32)
pointblank (1)
PoissonSeq (1)
polspline (1)
polyclip (4)
polyester (108)
Polyfit (3)
polynom (1)
PolynomF (1)
polysat (1)
POMA (53)
pool (1)
poolfstat (1)
poorman (0)
poppr (1)
POST (2)
posterior (5)
PoTRA (22)
PowerExplorer (2)
poweRlaw (3)
powerTCR (300)
POWSC (34)
ppcseq (32)
PPInfer (59)
ppiStats (17)
pqsfinder (59)
pracma (4)
prada (20)
praise (1)
pram (32)
prebs (34)
PreciseSums (1)
preciseTAD (32)
PrecisionTrialDrawer (14)
precommit (1)
PREDA (67)
predictionet (4)
preprocessCore (13555)
preprocesscore (1)
PreprocessCore (1)
PresenceAbsence (1)
preseqR (1)
presto (1)
prettydoc (1)
prettyunits (6)
primirTSS (33)
PrInCE (38)
prismatic (1)
Prize (2)
proActiv (45)
proBAMr (36)
proBatch (84)
pROC (1)
PROcess (78)
processCore (1)
processx (45)
procoil (34)
ProCoNA (1)
proDA (145)
prodlim (16)
proffer (1)
proFIA (34)
profile (1)
profileModel (1)
profileplyr (155)
profileScoreDist (30)
profvis (0)
progeny (315)
progress (1)
progressr (5)
PROJ (1)
proj (1)
proj4 (1)
projectR (52)
projpred (1)
pRoloc (202)
pRolocdata (4)
pRolocGUI (63)
PROMISE (35)
promises (22)
PROPER (70)
PROPS (34)
Prostar (67)
prostar (0)
prot2D (2)
proteasy (21)
proteinProfiles (43)
ProteoDisco (35)
ProteomicsAnnotationHubData (3)
ProteoMM (55)
proteoQC (2)
protGear (32)
ProtGenerics (9440)
proto (1)
protolite (1)
protr (2)
proxy (1)
PRROC (3)
pryr (4)
ps (58)
PSCBS (3)
pscl (1)
PSEA (36)
psichomics (63)
PSICQUIC (25)
PSMatch (77)
PsNR (1)
pspline (1)
psych (16)
psygenet2r (40)
ptairMS (36)
Publish (1)
PubScore (14)
pulsar (1)
pulsedSilac (14)
puma (80)
PureCN (127)
purr (0)
purrr (29)
pvac (35)
pvca (210)
Pviz (45)
PWMEnrich (78)
pwOmics (40)
pwr (1)
pwrEWAS (45)
pxr (0)

Q

qap (3)
qckitfastq (51)
qcmetrics (45)
qcNvs (1)
QDNAseq (285)
QFeatures (432)
qgam (1)
qgraph (1)
qlcMatrix (2)
qmtools (34)
qpcR (1)
qpcrNorm (40)
qpdf (1)
qpgraph (108)
qPLEXanalyzer (45)
qqconf (1)
qqplotr (1)
qrnn (1)
qrqc (85)
qs (1)
qsea (54)
qsmooth (50)
QSutils (39)
qsvaR (31)
qtbase (0)
qtl (1)
qtl2 (1)
Qtlizer (33)
qtpaint (0)
quadprog (1)
QUALIFIER (2)
qualifier (1)
quantiseqr (215)
quantmod (1)
quantreg (15)
quantro (199)
quantsmooth (606)
quarto (1)
QuartPAC (42)
QuasR (295)
QuaternaryProd (63)
QUBIC (105)
questionr (1)
qusage (329)
qvalue (14090)
qvcalc (1)

R

R.cache (1)
R.devices (3)
R.filesets (3)
R.huge (3)
R.matlab (1)
R.methodsS3 (1)
R.oo (1)
R.rsp (1)
R.utils (6)
r2d3 (1)
R3CPET (36)
r3Cseq (77)
R453Plus1Toolbox (42)
R4RNA (509)
R6 (23)
RadioGx (33)
ragg (4)
RaggedExperiment (810)
rain (67)
rainbow (3)
rama (47)
RamiGO (5)
ramigo (0)
ramr (39)
ramwas (60)
randomcoloR (2)
RandomFields (1)
RandomFieldsUtils (1)
randomForest (1)
randomForestSRC (1)
RandomWalkRestartMH (81)
randPack (40)
randRotation (44)
randtoolbox (1)
ranger (1)
RankProd (230)
RANN (1)
RApiDatetime (1)
rapidjsonr (1)
RApiSerialize (1)
rappdirs (2)
RAREsim (40)
RareVariantVis (37)
Rariant (2)
rARPACK (3)
Rarr (14)
raster (16)
ratelimitr (1)
RAthena (4)
rawrr (156)
RbcBook1 (80)
Rbec (36)
RBesT (1)
RBGL (8999)
rbgl (1)
rbibutils (1)
RBioFormats (5)
RBioinf (47)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (142)
RBM (41)
Rbowtie (408)
Rbowtie2 (261)
rbsurv (48)
Rbwa (68)
Rcade (45)
rcartocolor (0)
RCAS (53)
RCASPAR (43)
rcdk (4)
RCdk (1)
rcdklibs (4)
rcellminer (62)
rCGH (61)
Rcgmin (1)
Rchemcpp (2)
Rchoice (1)
RchyOptimyx (3)
RCircos (1)
RcisTarget (861)
rclipboard (1)
RCM (37)
rcmdcheck (21)
Rcollectl (1)
RColorBrewer (4)
RConferoMapping (0)
Rcpi (104)
Rcpp (18)
RcppAnnoy (8)
RcppArmadillo (25)
RcppCCTZ (1)
RcppDE (1)
RcppDist (1)
RcppEigen (5)
RcppGSL (1)
RcppHNSW (4)
RcppML (0)
RcppNumerical (1)
RcppParallel (6)
RcppProgress (1)
RcppRoll (1)
RcppSpdlog (1)
RcppTOML (4)
RcppZiggurat (3)
Rcsdp (1)
RCSL (47)
RCurl (8)
RCurl.back (1)
Rcwl (39)
RcwlPipelines (34)
RCX (61)
RCy3 (643)
RCyjs (41)
RCytoscape (5)
Rd2roxygen (1)
rda (1)
RDAVIDWebService (40)
Rdbi (3)
RdbiPgSQL (2)
rDGIdb (68)
Rdisop (440)
Rdpack (1)
RDRToolbox (91)
Rdsdp (1)
reactable (1)
reactlog (1)
reactome.db (1)
ReactomeContentService4R (73)
ReactomeGraph4R (32)
ReactomeGSA (187)
ReactomePA (1812)
readat (4)
readbitmap (1)
readODS (1)
ReadqPCR (203)
readr (24)
readxl (5)
reb (4)
REBET (34)
rebook (137)
receptLoss (30)
recipes (9)
reconsi (30)
recosystem (0)
recount (363)
recount3 (274)
recountmethylation (38)
recoup (37)
reda (1)
RedeR (209)
RedisParam (18)
REDseq (70)
RefManageR (1)
RefNet (2)
RefPlus (61)
RegEnrich (51)
regioneR (1790)
regioneReloaded (17)
regionReport (89)
registry (1)
regsplice (30)
regutools (37)
reldist (2)
rematch (1)
rematch2 (1)
remotes (21)
REMP (49)
rentrez (1)
renv (32)
Repitools (329)
ReportingTools (699)
reposTools (1)
repr (1)
reprex (5)
repurrrsive (1)
RepViz (35)
ReQON (35)
resample (1)
reshape (1)
reshape2 (2)
ResidualMatrix (2818)
RESOLVE (18)
Resourcerer (3)
restfulr (2)
restfulSE (41)
reticulate (6)
retrofit (1)
ReUseData (2)
revealgenomics (1)
review (1)
rex (22)
rexposome (62)
rfaRm (35)
Rfast (4)
Rfastp (101)
rfcdmin (1)
rflowcyt (3)
RFOC (0)
rfPred (35)
rGADEM (341)
RGalaxy (5)
RGCCA (1)
rGenomeTracks (27)
rgeos (4)
rgexf (1)
Rgin (28)
rgl (1)
Rglpk (1)
RGMQL (22)
RgnTX (17)
rgoslin (52)
RGraph2js (34)
Rgraphviz (9070)
rgraphviz (1)
rGREAT (475)
RGSEA (59)
rgsepd (35)
rhdf5 (16388)
rhdf5client (45)
rhdf5filters (15698)
Rhdf5lib (18198)
rhino (0)
Rhisat2 (166)
RhpcBLASctl (1)
Rhtslib (19901)
rhub (1)
rHVDM (3)
RiboCrypt (32)
RiboDiPA (39)
RiboProfiling (51)
ribor (35)
riboSeq (0)
riboSeqR (44)
ribosomeProfilingQC (51)
RIdeogram (1)
rifi (24)
rifiComparative (2)
RImmPort (45)
Ringo (344)
RInside (1)
Rintact (2)
rintrojs (0)
rio (1)
RIPAT (29)
RIPSeeker (18)
Risa (42)
riskRegression (1)
RITAN (42)
ritis (1)
RItools (1)
RIVER (31)
rj (1)
rj.gd (1)
rjags (1)
rJava (1)
RJMCMCNucleosomes (35)
rjson (5)
RJSONIO (4)
rlang (26)
RLassoCox (53)
rle (1)
rlecuyer (1)
rlemon (1)
RLMM (49)
RLSeq (35)
rly (1)
RMAGEML (1)
Rmagpie (38)
RMAPPER (3)
RMariaDB (1)
rmarkdown (32)
RMassBank (67)
rMAT (5)
rmelting (59)
rmeta (1)
rmio (1)
RmiR (4)
rmir (0)
Rmisc (1)
Rmmquant (35)
Rmpfr (3)
Rmpi (1)
rms (1)
rmspc (38)
RMTstat (1)
rmutil (1)
RMySQL (1)
RNAAgeCalc (57)
RNAdecay (42)
rnaEditr (32)
RNAinteract (37)
RNAither (3)
rnaither (0)
RNAmodR (56)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (39)
RNAmodR.ML (32)
RNAmodR.RiboMethSeq (36)
RNAprobR (2)
RNAsense (30)
rnaseqcomp (57)
RnaSeqGeneEdgeRQL (1)
rnaSeqMap (4)
RNASeqPower (121)
RNASeqR (24)
RnaSeqSampleSize (80)
rnaturalearth (1)
RnBeads (174)
RnBeads.hg19 (1)
RnBeads.hg38 (1)
RnBeads.mm10 (1)
rncl (1)
RNeXML (1)
rngtools (1)
rngWELL (1)
Rnits (20)
roar (43)
robust (1)
robustbase (1)
ROC (1045)
ROCpAI (30)
ROCR (1)
RODBC (1)
ROI (1)
RolDE (31)
Roleswitch (3)
Rolexa (2)
rols (265)
roma (0)
ROntoTools (83)
Rook (1)
rootSolve (1)
ropls (729)
roptim (1)
ROSeq (31)
rotl (1)
ROTS (150)
roxygen2 (25)
RPA (36)
rpact (1)
rpart (19)
RPMG (0)
RPostgres (4)
RPostgreSQL (1)
rprimer (43)
rprojroot (22)
RProtoBufLib (2061)
RpsiXML (23)
RPushbullet (1)
rpx (251)
Rqc (208)
rqt (33)
rqubic (54)
rrapply (1)
rrBLUP (1)
rrcov (4)
rRDP (40)
Rredland (2)
rredlist (1)
RRHO (88)
rrvgo (275)
rsample (4)
Rsamtools (19741)
rsamtools (0)
rsbml (75)
rsconnect (16)
rScudo (33)
RSEIS (1)
rsemmed (41)
RSeqAn (66)
Rserve (1)
rSFFreader (1)
RSiena (1)
Rsmlx (1)
Rsmlx.1 (1)
Rsmlx.2 (1)
RSNNS (1)
RSNPper (3)
Rsolnp (3)
RSpectra (4)
RSQLite (25)
Rssa (1)
RsSimulx (1)
RsSimulx.1 (1)
rstan (4)
rstanarm (1)
rstantools (2)
rstatix (4)
rstpm2 (1)
rstudio (0)
rstudioapi (26)
Rsubread (2202)
rsvd (4)
rsvg (1)
RSVSim (41)
rSWeeP (43)
rtables (1)
rTANDEM (6)
RTCA (36)
RTCGA (499)
RTCGAToolbox (535)
rticles (1)
rtkore (1)
RTN (99)
RTNduals (43)
RTNsurvival (47)
RTools4TB (1)
RTopper (34)
Rtpca (31)
rtracklayer (17848)
Rtreemix (41)
rTRM (46)
rTRMui (32)
Rtsne (1)
Rttf2pt1 (1)
runibic (54)
RUnit (1)
runonce (1)
Runuran (1)
Ruuid (3)
ruv (1)
RUVcorr (42)
RUVnormalize (45)
RUVSeq (849)
RUVseq (1)
rvcheck (1)
RVenn (1)
rversions (24)
rvest (5)
rvg (1)
Rvmmin (1)
RVS (33)
Rwave (1)
RWebServices (1)
RWiener (1)
rWikiPathways (302)
rxode2 (1)
rxode2et (1)
rxode2ll (1)
rxode2parse (1)
rxode2random (1)
rzmq (1)

S

s2 (5)
S4Arrays (15)
S4Vectors (50074)
saemix (1)
safe (390)
safetyexploreR (1)
safetyMarginCalculation (1)
SAGElyzer (2)
sagenhaft (34)
SAGx (12)
SAIGEgds (48)
samExploreR (2)
sampleClassifier (35)
sampling (1)
samr (3)
SamSPECTRAL (96)
sandwich (1)
sangeranalyseR (132)
sangerseqR (395)
SANTA (49)
sapFinder (2)
saps (1)
sarks (30)
sas7bdat (0)
sass (12)
satuRn (89)
savR (60)
SBGNview (70)
SBGNview.data (1)
sbgr (1)
SBMLR (57)
SC3 (385)
sc3 (1)
Scale4C (31)
ScaledMatrix (9819)
scales (8)
scAlign (36)
scam (1)
SCAN.UPC (69)
scanMiR (37)
scanMiRApp (32)
scAnnotatR (59)
SCANVIS (48)
SCArray (34)
SCArray.sat (2)
SCATE (34)
scater (5151)
scatterHatch (38)
scattermore (3)
scatterpie (1)
scatterplot3d (16)
scBFA (34)
SCBN (59)
scBubbletree (18)
scCB2 (39)
scClassifR (3)
scClassify (57)
sccomp (33)
sccore (1)
sccs (0)
scDataviz (54)
scDblFinder (841)
scDC (1)
scDD (131)
scDDboost (20)
scde (297)
scds (486)
SCFA (33)
scFeatureFilter (44)
scFeatures (3)
scfind (2)
scGPS (38)
schex (120)
scHOT (47)
scico (1)
scidb (1)
scifer (16)
ScISI (5)
scistreer (0)
scLinear (0)
scMAGeCK (44)
scmap (409)
scMerge (292)
scMET (19)
scmeth (47)
SCnorm (84)
scone (88)
Sconify (30)
SCOPE (40)
scoreInvHap (33)
scp (67)
scPCA (61)
scPipe (66)
scran (3834)
scReClassify (31)
scRecover (39)
screenCounter (1)
ScreenR (20)
scRepertoire (247)
scrime (3)
scRNAseq (1)
scRNASeq.spatial (1)
scRNAseqApp (3)
scruff (44)
scry (101)
scrypt (1)
scs (1)
scShapes (30)
scsR (2)
scTensor (45)
scTGIF (37)
scTHI (32)
sctransform (7)
scTreeViz (32)
scuttle (7553)
scviR (2)
SDAMS (36)
SDMTools (1)
sechm (86)
seewave (1)
segmented (1)
segmenter (31)
segmentSeq (65)
selectKSigs (30)
selectr (1)
SELEX (37)
sem (1)
SemDist (34)
semisup (43)
SemSim (2)
semsim (0)
sendmailR (1)
sensitivity (1)
sensobol (1)
SEPA (1)
SEPIRA (29)
seq.hotSPOT (1)
seq2pathway (38)
seqArchR (40)
seqArchRplus (4)
SeqArray (753)
seqbias (46)
seqCAT (35)
seqCNA (54)
seqcombo (46)
SeqGate (30)
SeqGSEA (54)
seqinr (1)
seqLogo (2111)
seqminer (4)
Seqnames (0)
seqPattern (539)
seqplots (10)
seqsetvis (46)
SeqSQC (39)
seqTools (94)
SeqVarTools (418)
seriation (6)
servr (1)
sesame (418)
sessioninfo (21)
SEtools (77)
sets (1)
Seurat (8)
seurat (1)
SeuratObject (7)
sevenbridges (52)
sevenC (35)
sf (16)
sfsmisc (1)
SGCP (3)
SGSeq (249)
shadowtext (1)
shape (1)
shapefiles (1)
shapes (1)
shapr (1)
SharedObject (54)
ShatterSeek (1)
shiny (12)
shiny.react (1)
shiny.router (1)
shinyBS (4)
shinybusy (1)
shinycssloaders (1)
shinydashboard (2)
shinydashboardPlus (3)
shinyepico (44)
shinyFeedback (1)
shinyfeedback (1)
shinyFiles (4)
shinyglide (1)
shinyhelper (2)
ShinyItemAnalysis (0)
shinyjqui (1)
shinyjs (1)
shinymanager (1)
shinyMethyl (72)
shinyMobile (1)
shinypanel (3)
shinySelect (1)
shinystan (1)
shinyTANDEM (3)
shinytest (1)
shinytest2 (0)
shinythemes (1)
shinyWidgets (6)
ShortRead (5470)
shortread (0)
showtext (0)
SIAMCAT (103)
SICtools (28)
sidap (0)
sigaR (5)
SigCheck (35)
sigFeature (144)
Sigfried (0)
SigFuge (34)
siggenes (2498)
sights (42)
Signac (3)
signal (1)
signature.tools.lib (1)
signature.tools.lib.back (1)
signature.tools.lib.v2.1 (1)
signature.tools.lib.v2.1.2 (1)
signatureSearch (74)
signeR (60)
signet (2)
signifinder (18)
SignifReg (1)
sigPathway (108)
sigpathway (1)
SigsPack (32)
sigsquared (33)
SIM (38)
SIMAT (32)
SimBindProfiles (35)
SimBu (20)
SIMD (30)
SimFFPE (31)
similaRpeak (52)
SIMLR (202)
simpar (1)
simpleaffy (136)
simpleSeg (25)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (314)
SimSeq (1)
simulatorAPMS (3)
simulatorZ (2)
sincell (52)
single (28)
SingleCellExperiment (12177)
SingleCelLExperiment (1)
SingleCellSignalR (130)
singleCellTK (159)
SingleMoleculeFootprinting (35)
SingleR (2808)
singleR (1)
SingleRBook (4)
singscore (868)
SiPSiC (2)
SISPA (38)
sitadela (31)
sitePath (35)
sitmo (4)
sizepower (55)
SJava (2)
sjPlot (1)
sjstats (1)
SKAT (3)
skewr (32)
skimr (1)
slackr (1)
slalom (38)
slam (1)
SLGI (6)
slickR (1)
slider (4)
slingshot (1080)
slinky (5)
SLqPCR (54)
sm (1)
SMAD (42)
SMAP (48)
smartdata (1)
smfishHmrf (0)
SMITE (40)
smldesign (1)
smoother (1)
smoothHR (1)
SMVar (4)
sn (4)
sna (1)
SNAData (1)
SNAGEE (49)
snakecase (1)
snapCGH (51)
snapcount (47)
snifter (94)
snm (135)
snow (3)
SnowballC (1)
snowfall (1)
snpAssoc (0)
SNPchip (15)
SNPediaR (40)
SNPhood (34)
SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38 (1)
snpMatrix (4)
snpmatrix (1)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1285)
snpStats (1718)
SOAR (1)
soGGi (243)
soilDB (1)
sojourner (28)
solrium (1)
som (1)
SomaDataIO (1)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (133)
sommer (1)
SOMNiBUS (43)
sortable (1)
soundecology (1)
sourcetools (9)
sp (5)
SpacePAC (37)
spacetime (1)
SPACox (1)
spade (4)
spam (1)
spaMM (1)
Spaniel (64)
sparklyr (4)
SPARQL (1)
sparrow (79)
SparseArray (3)
sparseDOSSA (47)
SparseM (1)
sparseMatrixStats (11989)
sparsenetgls (42)
SparseSignatures (43)
sparsesvd (6)
spaSim (18)
spatial (1)
SpatialCPie (60)
spatialDE (57)
SpatialDecon (120)
SpatialExperiment (769)
SpatialFeatureExperiment (48)
spatialHeatmap (42)
SpatialOmicsOverlay (2)
spatialreg (1)
spatstat (1)
spatstat.core (4)
spatstat.data (4)
spatstat.explore (1)
spatstat.geom (4)
spatstat.linnet (1)
spatstat.random (4)
spatstat.sparse (4)
spatstat.utils (4)
spatzie (30)
spData (1)
speckle (6)
specL (53)
SpeCond (64)
Spectra (433)
SpectralTAD (55)
speedglm (1)
SPEI (1)
spelling (1)
SPEM (48)
spgs (1)
SPIA (432)
SPIAT (30)
spicyR (85)
SpidermiR (51)
spikeLI (44)
spiky (37)
spkTools (33)
splancs (1)
splatter (344)
splicegear (4)
spliceR (7)
spliceSites (3)
SpliceWiz (27)
SplicingFactory (31)
SplicingGraphs (68)
splines (1)
splines2 (1)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (50)
SPLINTER (30)
splots (124)
spls (1)
SPONGE (66)
SpotClean (35)
SPOTlight (122)
spotSegmentation (4)
spqn (33)
SPsimSeq (65)
SQLDataFrame (36)
SQUADD (42)
SQUAREM (1)
sRACIPE (39)
SRAdb (326)
sRAP (4)
SRGnet (2)
srnadiff (34)
sROC (1)
sscore (40)
sscu (33)
sSeq (127)
ssh.utils (1)
ssize (75)
sSNAPPY (39)
SSPA (85)
ssPATHS (30)
ssrch (49)
ssviz (38)
stabledist (1)
stabs (1)
stageR (162)
stam (2)
STAN (37)
standR (44)
StanHeaders (1)
staRank (33)
StarBioTrek (35)
Starr (3)
startupmsg (1)
STATegRa (42)
Statial (15)
statmod (1)
statnet (1)
statnet.common (1)
stats (1)
stats4 (1)
statsExpressions (1)
statTarget (89)
STdeconvolve (58)
stepNorm (36)
stepwiseCM (2)
sticky (1)
stinepack (1)
stJoincount (17)
stopwords (1)
storr (1)
strandCheckR (37)
Streamer (41)
strex (1)
string (0)
STRINGdb (811)
stringdist (4)
stringfish (1)
stringi (12)
stringr (14)
STROMA4 (31)
strucchange (1)
struct (83)
Structstrings (71)
structToolbox (62)
StructuralVariantAnnotation (129)
styler (3)
SubCellBarCode (38)
subplex (1)
subselect (1)
subSeq (51)
SUITOR (18)
SummarizedBenchmark (36)
SummarizedExperiment (33886)
Summix (41)
sunburstR (0)
superheat (1)
SuperLearner (1)
superpc (1)
supersigs (35)
SuppDists (1)
supraHex (338)
surfaltr (30)
survcomp (781)
survey (1)
survival (26)
survivalROC (1)
survminer (1)
survMisc (1)
survtype (44)
Sushi (148)
susieR (5)
sva (6054)
svaNUMT (26)
SVAPLSseq (2)
svaRetro (27)
svd (1)
svglite (4)
SVM2CRM (1)
SVMDO (1)
svUnit (1)
SWATH2stats (42)
SwathXtend (55)
swfdr (47)
Swiffer (0)
SwimR (3)
switchBox (89)
switchde (38)
sybil (1)
sybilGUROBI (1)
sybilSBML (1)
synapsis (30)
synapter (40)
synergyfinder (166)
SynExtend (44)
synlet (39)
SynMut (33)
syntenet (41)
sys (27)
systemfit (1)
systemfonts (1)
systemPipeR (1074)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (57)
systemPipeTools (32)

T

table1 (1)
tables (1)
TADCompare (51)
TailRank (1)
tanggle (43)
TAPseq (44)
tarchetypes (1)
target (34)
TargetDecoy (36)
targets (2)
TargetScore (52)
TargetSearch (57)
targetsearch (0)
TarSeqQC (32)
taxize (1)
TBSignatureProfiler (42)
TCC (234)
TCGAbiolinks (2874)
TCGAbiolinksGUI (91)
TCGAbiolinksGUI.data (1)
TCGAutils (659)
tcltk (1)
tclust (1)
TCseq (110)
TDARACNE (28)
tdaracne (0)
TDbasedUFE (6)
TDbasedUFEadv (3)
TeachingDemos (1)
TEKRABber (30)
templater (1)
tensor (1)
tensorA (1)
tensorflow (4)
TENxIO (19)
TENxPBMCData (1)
tenXplore (30)
TEQC (47)
tergm (1)
ternarynet (32)
terra (16)
terraTCGAdata (30)
testthat (47)
TFARM (28)
tfautograph (1)
TFBSTools (1592)
tfbstools (1)
TFEA.ChIP (50)
TFHAZ (30)
TFisher (1)
TFMPvalue (3)
tfrmt (1)
tfruns (4)
TFutils (35)
tgp (1)
TH.data (1)
threejs (1)
tibble (47)
tictoc (1)
tidybayes (1)
tidybulk (124)
tidygraph (1)
tidyjson (1)
tidymodels (1)
tidyposterior (1)
tidyr (14)
tidyselect (8)
tidySingleCellExperiment (108)
tidySummarizedExperiment (133)
tidytext (1)
tidytree (5)
tidyverse (4)
tidyvpc (1)
tiff (1)
tiger (0)
tigre (36)
tikzDevice (1)
TileDBArray (35)
tilingArray (66)
timechange (1)
timecourse (50)
timeDate (5)
timeOmics (50)
timereg (1)
TimerQuant (0)
timescape (71)
timeSeries (1)
TimeSeriesExperiment (24)
TimiRGeN (40)
TIN (36)
TINC (1)
tinytest (1)
tinytex (19)
TissueEnrich (77)
TitanCNA (58)
tkrgl (1)
tkrplot (1)
tkWidgets (1019)
tkwidgets (1)
tLOH (32)
tm (1)
TMB (1)
TMixClust (49)
tmle (1)
tmvnsim (1)
tmvtnorm (1)
TNBC.CMS (41)
TnT (35)
TOAST (176)
tofsims (4)
tokenizers (1)
tomoda (28)
tomoseqr (28)
tools (1)
TOP (1)
ToPASeq (3)
topconfects (143)
topdownr (43)
topGO (2700)
topicmodels (1)
torch (1)
ToxicoGx (31)
Tplyr (1)
TPP (63)
TPP2D (38)
tracee (1)
tracktables (115)
trackViewer (283)
tradeSeq (341)
TrajectoryGeometry (38)
TrajectoryUtils (1201)
TraMineR (1)
transcriptogramer (43)
transcriptR (43)
transformGamPoi (36)
transformr (1)
transite (38)
tRanslatome (37)
transomics2cytoscape (30)
TransView (36)
TraRe (25)
traseR (36)
Travel (21)
traviz (30)
tree (1)
TreeAndLeaf (91)
treeio (15508)
treekoR (30)
treemap (0)
TreeSummarizedExperiment (791)
TREG (30)
TReNA (1)
trena (36)
Trendy (40)
TRESS (35)
tricycle (88)
triebeard (1)
triform (3)
trigger (35)
trimcluster (1)
trio (72)
tripack (1)
triplex (38)
tripr (44)
tRNA (63)
tRNAdbImport (41)
tRNAscanImport (47)
TRONCO (54)
truncdist (1)
truncnorm (3)
trust (1)
TSCAN (364)
tscR (46)
tseries (1)
tseriesChaos (1)
tsna (1)
tsne (1)
TSP (5)
tspair (19)
TSRchitect (4)
TSSi (2)
ttdo (1)
ttgsea (50)
TTMap (29)
tune (4)
tuneR (1)
TurboNorm (35)
TVTB (32)
tweeDEseq (81)
tweedie (1)
tweenr (2)
twilight (86)
twoddpcr (37)
TwoSampleMR (1)
txcutr (30)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene (3)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene (1)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene (1)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene (3)
tximeta (1013)
tximport (3032)
tximportData (1)
TxRegInfra (2)
txtq (1)
TypeInfo (47)
tzdb (1)

U

uatools (1)
UCell (573)
ucminf (1)
Ularcirc (34)
umap (4)
UMI4Cats (36)
unbalanced (1)
uncoverappLib (29)
UNDO (39)
unifiedWMWqPCR (35)
UniProt.ws (291)
uniqueAtomMat (1)
Uniquorn (35)
units (5)
universalmotif (383)
updateObject (30)
urca (1)
urltools (1)
uroot (1)
usethis (20)
uSORT (35)
UTAR (0)
utf8 (25)
utils (1)
uuid (1)
uwot (8)

V

V8 (1)
VAExprs (33)
VanillaICE (52)
vaplot (1)
vapour (1)
VarCon (34)
variancePartition (510)
VariantAnnotation (7161)
VariantExperiment (37)
VariantFiltering (43)
VariantTools (95)
vars (0)
vasp (1)
VaSP (33)
vaultr (1)
vbmp (58)
vcd (1)
VCFArray (33)
vcfR (0)
vcr (1)
vctrs (37)
vdiffr (1)
VDJdive (18)
Vega (3)
VegaMC (34)
vegan (1)
vegawidget (1)
velociraptor (88)
veloviz (48)
venn (4)
VennDetail (171)
VennDiagram (1)
VERSO (40)
VGAM (2)
vhydeg (1)
VIBER (1)
vidger (83)
vioplot (1)
viper (591)
viridis (3)
viridisLite (7)
viridislite (1)
virtualArray (3)
visdat (1)
ViSEAGO (108)
visNetwork (1)
vissE (54)
Voyager (29)
vpc (1)
VplotR (39)
vroom (5)
vsclust (17)
vsn (4505)
vtpnet (32)
vulcan (33)

W

waddR (42)
waiter (3)
waldo (1)
warp (1)
wateRmelon (691)
wavClusteR (40)
waveslim (1)
waveTiling (2)
weaver (54)
webbioc (39)
webfakes (1)
webmockr (1)
webshot (6)
WeightIt (1)
weights (1)
WeightSVM (1)
weitrix (32)
WGCNA (2)
WGSmapp (1)
whereami (1)
whisker (28)
widgetInvoke (2)
widgetTools (1040)
widgettools (1)
wiggleplotr (108)
WikidataQueryServiceR (1)
WikidataR (1)
WikipediR (1)
wikitaxa (1)
withr (16)
wk (19)
workflows (4)
workflowsets (1)
worrms (1)
wpm (41)
wppi (35)
Wrench (1031)
writexl (1)
WriteXLS (1)
WRS2 (1)

X

xaringan (1)
xaringanExtra (1)
xaringanthemer (1)
XBSeq (3)
XCIR (2)
xcms (1283)
xcore (30)
XDE (39)
xdg-utils (1)
Xeva (36)
xfun (55)
xgboost (3)
xgxr (1)
XINA (38)
XLConnect (1)
xlsx (1)
xlsxjars (1)
xmapbridge (45)
xmapcore (1)
XML (8)
xml2 (21)
xmlparsedata (1)
XNAString (38)
xopen (1)
xpose (1)
xps (6)
xslt (1)
xtable (1)
xts (1)
XVector (43131)
xvector (0)
XVectorb (1)

Y

y2hStat (1)
yaImpute (1)
yaml (32)
yamss (37)
YAPSA (66)
yaqcaffy (5)
yardstick (4)
yarn (92)
ymlthis (1)
yulab.utils (5)

Z

zCompositions (3)
zeallot (1)
zellkonverter (616)
zenith (21)
zFPKM (91)
zinbwave (606)
zip (23)
Ziploc (0)
zlibbioc (44398)
zoo (5)
ZygosityPredictor (2)