See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2023-09-28 16:02:23 -0400 (Thu, 28 Sep 2023).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocVersion (50905)
2BiocGenerics (50773)
3S4Vectors (48699)
4GenomeInfoDb (48693)
5IRanges (47025)
6Biobase (44256)
7zlibbioc (43364)
8BiocParallel (42741)
9XVector (42293)
10Biostrings (40562)
11DelayedArray (40046)
12GenomicRanges (36279)
13AnnotationDbi (35249)
14MatrixGenerics (34875)
15SummarizedExperiment (34072)
16limma (32593)
17KEGGREST (31678)
18BiocFileCache (21941)
19GenomicAlignments (20605)
20biomaRt (20584)
21annotate (20575)
22Rhtslib (20200)
23Rsamtools (20044)
24edgeR (19752)
25DESeq2 (18790)
26Rhdf5lib (18432)
27rtracklayer (18016)
28ggtree (17279)
29rhdf5 (17220)
30graph (17138)
31treeio (17045)
32rhdf5filters (16800)
33GenomicFeatures (16736)
34BiocIO (16006)
35genefilter (15510)
36enrichplot (14963)
37qvalue (14736)
38DelayedMatrixStats (14226)
39fgsea (14126)
40geneplotter (14028)
41clusterProfiler (13978)
42DOSE (13972)
43preprocessCore (13850)
44GOSemSim (13434)
45sparseMatrixStats (13214)
46SingleCellExperiment (13189)
47beachmat (12679)
48ComplexHeatmap (11740)
49BSgenome (11086)
50ScaledMatrix (10687)
51multtest (10557)
52BiocSingular (10405)
53HDF5Array (10244)
54ProtGenerics (9988)
55impute (9651)
56Rgraphviz (9100)
57RBGL (9010)
58S4Arrays (8928)
59AnnotationHub (8708)
60scuttle (8462)
61AnnotationFilter (8454)
62interactiveDisplayBase (8447)
63GEOquery (8261)
64ensembldb (8253)
65BiocNeighbors (8137)
66VariantAnnotation (7750)
67affy (7719)
68affyio (7668)
69GSEABase (7591)
70sva (6275)
71ExperimentHub (5945)
72BiocStyle (5881)
73ShortRead (5611)
74scater (5609)
75KEGGgraph (5011)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (56)
a4Base (85)
a4Classif (57)
a4Core (95)
a4Preproc (109)
a4Reporting (75)
a4reporting (0)
ABAData (0)
ABAEnrichment (6)
abaenrichment (0)
ABarray (51)
abc (1)
abc.data (1)
abe (1)
abind (1)
abseqR (48)
ABSOLUTE (1)
ABSSeq (80)
acde (69)
ACE (73)
acepack (1)
aCGH (120)
ACME (67)
adabag (1)
ADaCGH2 (48)
ADAM (49)
ADAMgui (50)
adaptest (2)
adductomicsR (48)
ade4 (1)
adegenet (1)
adephylo (1)
ADGofTest (1)
ADImpute (62)
admiral (1)
admiral.test (1)
admiraldev (1)
admisc (20)
admixtools (1)
ADMM (0)
adSplit (45)
adverSCarial (3)
AER (1)
afex (1)
affio (0)
AffiXcan (45)
affxparser (1422)
affy (7719)
affycomp (64)
AffyCompatible (41)
affyContam (45)
affycoretools (345)
affydata (1)
AffyExpress (3)
affyILM (43)
affyio (7668)
affylmGUI (51)
affyPara (4)
affypdnn (3)
affyPLM (1426)
affyQCReport (9)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (45)
AffyTiling (2)
AGDEX (48)
aggregateBioVar (52)
aggregation (1)
AGHmatrix (1)
Agi4x44PreProcess (3)
agilp (99)
AgiMicroRna (130)
agimicrorna (0)
agricolae (4)
AHMassBank (13)
AIMS (346)
AIPW (0)
airpart (40)
airway (1)
akima (1)
alabaster (18)
alabaster.base (18)
alabaster.bumpy (16)
alabaster.files (2)
alabaster.mae (19)
alabaster.matrix (17)
alabaster.ranges (15)
alabaster.sce (15)
alabaster.schemas (17)
alabaster.se (16)
alabaster.spatial (16)
alabaster.string (16)
alabaster.vcf (15)
ald (1)
ALDEx2 (912)
aldvmm (1)
alembic (1)
alevinQC (77)
AlgDesign (1)
alkahest.generic (1)
ALL (8)
AllelicImbalance (64)
almanac (1)
AlphaBeta (43)
alphashape3d (1)
alpine (71)
ALPS (3)
AlpsNMR (59)
alsace (6)
altcdfenvs (47)
amap (1)
AMARETTO (58)
Amelia (1)
amgen.okta.client (0)
AMOUNTAIN (69)
amplican (60)
ampliQueso (1)
AnalysisPageServer (2)
anamiR (2)
Anaquin (50)
ANCOMBC (951)
AneuFinder (74)
AneuFinderData (1)
ANF (46)
animalcules (103)
animation (1)
annaffy (209)
AnnBuilder (1)
anndata (1)
annmap (46)
annotate (20575)
annotation (1)
AnnotationDbi (35249)
annotationdbi (1)
AnnotationFilter (8454)
AnnotationForge (2470)
AnnotationFuncs (5)
AnnotationHub (8708)
AnnotationHubData (223)
annotationTools (73)
annotatr (400)
anota (51)
anota2seq (54)
anRichment (1)
antiProfiles (59)
AnVIL (570)
AnVILBilling (54)
AnVILPublish (41)
AnVILWorkflow (13)
anytime (2)
aod (1)
APAlyzer (55)
apcluster (1)
apComplex (45)
apcomplex (0)
ape (6)
apeglm (3065)
apexcharter (1)
APL (52)
aplot (8)
applera (1)
appreci8R (51)
aqp (1)
archive (0)
ArchR (1)
argparse (6)
argus.DS.Credentials (1)
argusDS.backtesting.engine (1)
argusDS.data (0)
argusDS.data.preparation (1)
argusDS.data.preparation2 (1)
argusDS.DB.manager.utilities (1)
argusDS.driver.importance (1)
argusDS.FCUtilities (0)
argusDS.gamlss.forecast (1)
argusDS.gamlss.modelling (1)
argusDS.gamlss.testing (1)
argusDS.gamlss.utils (1)
argusDS.model.tools (0)
argusDS.shiny.utils (1)
argusDS.spread.trading.utils (1)
argusDS.Studio.APC (0)
argusDS.Studio.MyStudio (1)
argusDS.Studio.permissions (0)
argusDS.Studio.utils (1)
argusDS.trading.performance (1)
arm (1)
aroma.affymetrix (5)
aroma.apd (6)
aroma.core (6)
aroma.light (1722)
ArrayExpress (397)
arrayexpress (0)
ArrayExpressHTS (22)
arrayhelpers (1)
arrayMagic (1)
arrayMvout (40)
arraymvout (0)
arrayop (1)
arrayQCplot (1)
arrayQuality (105)
arrayQualityMetrics (523)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (8)
ArrayTV (4)
ARRmNormalization (51)
arrow (8)
arsenal (1)
artMS (60)
arules (19)
ArvadosR (1)
ASAFE (54)
ASCAT (1)
ascii (1)
asciicast (1)
ASEB (58)
ASExtras4 (1)
ASGSCA (60)
ash (4)
ashr (1)
asht (1)
ASICS (60)
AsioHeaders (1)
askpass (1)
asmn (1)
asnipe (1)
ASpediaFI (24)
ASpli (74)
asremlPlus (1)
assert (1)
assertive.properties (0)
assertr (1)
assertthat (1)
AssessORF (44)
ASSET (84)
ASSIGN (65)
AssotesteR (1)
ASURAT (52)
ATACCoGAPS (30)
ATACseqQC (313)
ATACseqTFEA (36)
ATE (1)
atena (57)
AtlasRDF (1)
atSNP (50)
attachment (1)
attempt (0)
attract (45)
AUC (1)
AUCell (1793)
audio (1)
autonomics (50)
Autotuner (3)
av (1)
AWFisher (47)
aws (1)
aws.s3 (4)
aws.signature (4)
awst (48)
Azimuth (1)
AzureAuth (0)
AzureGraph (0)
AzureRMR (0)

B

BaalChIP (50)
babelgene (1)
babelmixr2 (1)
babelwhale (1)
BAC (44)
backports (49)
bacon (86)
bacr (1)
BADER (69)
badger (1)
BadRegionFinder (42)
BAGS (42)
baguette (1)
BalancedSampling (1)
ballgown (558)
bambu (228)
bamsignals (998)
BANDITS (62)
bandle (44)
banocc (54)
barcodetrackR (43)
BART (1)
bartMachine (1)
bartMachineJARs (1)
base (1)
base64 (1)
base64enc (1)
base64url (1)
basecallQC (50)
BaseSpaceR (59)
Basic4Cseq (45)
BASiCS (114)
BASiCStan (34)
BasicSTARRseq (49)
basilisk (2800)
basilisk.utils (2636)
batchelor (3203)
BatchJobs (1)
BatchQC (100)
batchtools (1)
BayesFactor (1)
BayesianTools (1)
BayesKnockdown (37)
bayesm (1)
bayesmeta (1)
BayesPeak (6)
bayespeak (0)
BayesPen (1)
bayesplot (6)
BayesSpace (170)
bayestestR (1)
bayNorm (71)
baySeq (427)
bayseq (1)
BB (1)
BBCAnalyzer (39)
BBmisc (1)
bbmle (1)
bbr (1)
bbr.bayes (0)
BCEE (1)
bcellViper (1)
BCRANK (52)
bcSeq (44)
BDgraph (1)
BDMMAcorrect (47)
bdsmatrix (1)
beachmat (12679)
beachmat.hdf5 (0)
beadarray (658)
beadarraySNP (49)
BeadDataPackR (671)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (1)
beanplot (1)
BEARscc (38)
BEAT (39)
BEclear (62)
bedr (1)
beer (45)
beeswarm (1)
bench (1)
benchdamic (47)
BentoBox (0)
bestNormalize (0)
betareg (1)
betr (3)
BeviMed (1)
bezier (1)
BG2 (16)
bgafun (2)
BgeeCall (43)
BgeeDB (76)
BGLR (1)
BGmix (51)
bgx (45)
BH (58)
BHC (99)
BiasedUrn (7)
bibtex (1)
BicARE (86)
biclust (1)
BiFET (43)
biganalytics (1)
bigassertr (1)
bigD (1)
bigdist (1)
BiGGR (44)
biglm (1)
BigMatrix (0)
bigmelon (45)
bigmemory (1)
bigmemory.sri (1)
bigmemoryExtras (4)
bigparallelr (1)
bigPint (64)
bigreadr (1)
bigrquery (8)
bigsnpr (1)
bigsparser (1)
bigstatsr (1)
bigutils (1)
bigutilsr (1)
billboarder (1)
bim (1)
BiMax (1)
BindingSiteFinder (45)
bindr (1)
bindrcpp (1)
binom (1)
binr (1)
bio3d (1)
bioassayR (51)
biobank (1)
Biobase (44256)
biobase (1)
biobroom (166)
biobtreeR (55)
bioc::GenomeInfoDbData (1)
bioCancer (53)
BiocBaseUtils (2644)
BiocCaseStudies (3)
BiocCheck (1441)
biocDatasets (1)
BiocDockerManager (51)
BiocFHIR (31)
BiocFileCache (21941)
BiocGenerics (50773)
BioCGenerics (0)
biocGraph (87)
BiocHail (12)
BiocHubsShiny (28)
BiocInstaller (649)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (1)
BiocInstallerf (0)
BiocIO (16006)
biocLite (0)
BiocManager (76)
BiocNeighbors (8137)
BiocOncoTK (57)
Bioconductor (1)
bioconductor-geomxtools (1)
BioCor (63)
BiocParallel (42741)
BiocPkgTools (130)
BiocSet (178)
BiocSingular (10405)
BiocSklearn (50)
BiocStyle (5881)
biocthis (182)
BiocVersion (50905)
Biocversion (1)
biocViews (3919)
BiocWorkflowTools (157)
biodb (106)
biodbChebi (44)
biodbExpasy (35)
biodbHmdb (43)
biodbKegg (58)
biodbLipidmaps (37)
biodbMirbase (35)
biodbNcbi (40)
biodbNci (33)
biodbUniprot (42)
bioDist (188)
BioGenerics (0)
biom (1)
biomaRt (20584)
biomart (0)
biomartr (1)
BioMedR (1)
biomformat (4738)
BioMM (42)
BioMVCClass (41)
biomvRCNS (26)
BioNAR (36)
BioNERO (109)
BioNet (197)
bionet (0)
BioNetStat (58)
BioPlex (9)
BioQC (102)
BioSeqClass (6)
biosigner (67)
biostatR (1)
biostatUtil (1)
Biostrings (40562)
biostrings (0)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (2)
BioTIP (44)
biotmle (51)
BioVersion (1)
biovizBase (4903)
BiRewire (101)
birta (6)
birte (1)
biscuiteer (46)
BiSeq (64)
bit (25)
bit64 (4)
bitops (2)
BitSeq (34)
bizdays (1)
blacksheepr (43)
BlakerCI (1)
blastula (1)
blavaan (1)
blima (41)
BLMA (47)
blme (5)
blob (66)
blockcluster (1)
blogdown (1)
BloodGen3Module (59)
bluster (3728)
BMA (1)
BMix (1)
bmp (1)
bnbc (41)
bnem (37)
bnlearn (1)
BOBaFIT (38)
BOIN (1)
bold (1)
bookdown (19)
boot (15)
bootstrap (1)
borealis (33)
Boruta (1)
botor (1)
box (2)
bpcp (1)
BPRMeth (49)
BRAIN (90)
brainflowprobes (39)
brainImageR (1)
BrainSABER (21)
BrainStars (2)
branchpointer (59)
brave (1)
breakpointR (51)
brendaDb (45)
brew (44)
BRGenomics (139)
brglm (1)
brglm2 (1)
bricks (1)
brickster (1)
bridge (22)
BridgeDbR (71)
bridgedist (1)
bridgesampling (1)
brio (2)
brms (1)
Brobdingnag (1)
broman (1)
broom (69)
broom.helpers (2)
broom.mixed (1)
BrowserViz (119)
BrowserVizDemo (1)
bs4Dash (1)
BSgenome (11086)
BSGenome (1)
BSgenome.Cfamiliaris.UCSC.canFam3 (4)
BSgenome.Ggallus.ENSEMBL.galGal6 (1)
BSgenome.Hsapiens.1000genomes.hs37d5 (1)
BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38 (1)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 (5)
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 (7)
BSgenome.Mmulatta.NCBI.mmul10.tmp (1)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10 (5)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm39 (1)
BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9 (1)
BSgenome.Omela.CUSTOM.oenMel1.1 (1)
BSgenomeForge (16)
bslib (67)
bsplus (1)
bsseq (1217)
bst (1)
btergm (1)
BubbleTree (44)
BufferedMatrix (62)
BufferedMatrixMethods (43)
bugsigdbr (100)
BUMHMM (37)
bumphunter (2303)
BumpyMatrix (316)
BUS (42)
BUScorrect (39)
BUSpaRse (182)
BUSseq (39)
butcher (1)
BuxcoR (0)
bvls (1)
BWStest (1)

C

C50 (1)
ca (2)
cache (1)
cachem (81)
CaDrA (3)
CAEN (33)
CAFE (42)
CAGEfightR (87)
cageminer (35)
CAGEr (102)
Cairo (2)
CALIB (3)
calib (0)
calibrate (1)
callr (48)
callthat (1)
calm (51)
CAM (1)
CAMERA (419)
campsismod (1)
CAMTHC (2)
canceR (49)
cancerclass (59)
CancerInSilico (30)
CancerMutationAnalysis (3)
CancerSubtypes (183)
CAnD (10)
caOmicsV (7)
car (47)
carData (1)
cardelino (41)
Cardinal (122)
CardinalIO (0)
caret (44)
CARNIVAL (132)
casper (41)
castor (1)
CATALYST (373)
Category (1769)
category (1)
categoryCompare (42)
caTools (1)
CATT (1)
CausalR (62)
cba (1)
cbaf (42)
CBEA (38)
cBioPortalData (383)
CBNplot (25)
cbpManager (43)
CBPS (1)
ccaPP (1)
ccdata (7)
ccdrAlgorithm (1)
ccfindR (74)
ccImpute (31)
ccmap (66)
CCPROMISE (40)
ccrepe (89)
ccube (1)
CDI (2)
cdip.datastore (1)
CDr (1)
celaref (62)
celda (394)
CellaRepertorium (52)
CellBarcode (40)
cellbaseR (55)
CellBench (114)
celldex (1)
cellGrowth (3)
cellHTS (2)
cellHTS2 (114)
CelliD (140)
cellity (49)
CellMapper (41)
cellmigRation (52)
CellMixS (67)
CellNOptR (84)
cellnoptr (0)
cellranger (1)
cellscape (52)
CellScore (37)
CellTrails (44)
cellTree (25)
cellxgenedp (161)
cem (1)
CEMiTool (126)
censcyt (41)
Cepo (80)
ceRNAnetsim (46)
CeTF (61)
CexoR (38)
CFAssay (57)
cfdnakit (3)
cfDNAPro (43)
cfTools (13)
cgdsr (1)
CGEN (66)
CGHbase (351)
CGHcall (322)
cghFLasso (1)
cghMCR (49)
CGHnormaliter (51)
CGHregions (55)
ChAMP (568)
ChAMPdata (1)
changepoint (1)
CHARGE (2)
charm (4)
checkmate (10)
ChemmineOB (270)
ChemmineR (809)
chemminer (0)
chemometrics (1)
CHETAH (79)
ChIC (33)
Chicago (87)
chihaya (20)
chimera (3)
chimeraviz (76)
ChIPanalyser (40)
ChIPComp (46)
chipenrich (94)
ChIPexoQual (40)
ChIPpeakAnno (836)
ChIPQC (345)
ChIPseeker (1766)
chipseq (525)
ChIPseqR (71)
ChIPSeqSpike (4)
ChIPsim (72)
ChIPXpress (51)
chk (1)
chopsticks (86)
CHORD (1)
chroGPS (2)
chromDraw (40)
ChromHeatMap (56)
chromote (1)
ChromoViz (1)
chromPlot (69)
ChromSCape (52)
chromstaR (76)
chromswitch (38)
chromVAR (995)
chron (1)
CHRONOS (47)
cibersort (1)
cicero (200)
CIMICE (38)
CINdex (53)
cindex (0)
circlesize (1)
circlize (1)
circRNAprofiler (54)
CircSeqAlignTk (26)
circular (1)
cisPath (55)
CiteFuse (83)
Ckmeans.1d.dp (1)
class (52)
ClassifyR (90)
classInt (7)
cleanUpdTSeq (46)
cleaver (157)
clevRvis (18)
cli (91)
clinfun (1)
ClinicalQc (1)
clinPK (1)
ClinViz (1)
clippda (40)
clipper (79)
clipr (29)
cliProfiler (42)
cliqueMS (70)
clisymbols (1)
clock (17)
Clomial (50)
Clonality (43)
clonotypeR (14)
clst (49)
clstutils (49)
clue (8)
CluMSID (53)
clustComp (55)
cluster (49)
clusterCrit (1)
clusterExperiment (299)
clusterGeneration (1)
ClusterJudge (54)
clustermq (1)
clusterprofielr (1)
clusterProfiler (13978)
clusterprofiler (1)
clusterRepro (1)
clusterSeq (28)
ClusterSignificance (52)
clusterSim (1)
clusterStab (70)
clusthaplo (1)
clustifyr (122)
clustree (1)
clv (0)
clValid (1)
CMA (103)
cmapR (309)
cmdstanr (1)
CMplot (1)
cmprsk (1)
CmsAnalytics (1)
cn.farms (47)
cn.mops (180)
CNAnorm (47)
cnanorm (0)
CNAqc (1)
CNEr (1962)
CNORdt (42)
CNORfeeder (45)
CNORfuzzy (43)
cNORM (1)
CNORode (66)
CNPBayes (2)
CNTools (85)
cntools (1)
CNVfilteR (46)
CNVgears (52)
cnvGSA (40)
CNViz (38)
CNVMetrics (34)
CNVPanelizer (51)
CNVRanger (73)
CNVrd2 (37)
CNVtools (3)
cnvtools (0)
cobalt (1)
cobindR (2)
cobs (1)
CoCiteStats (35)
COCOA (43)
coda (1)
codelink (52)
codetools (15)
CODEX (67)
coexnet (20)
CoGAPS (120)
cogena (77)
cogeqc (50)
Cogito (40)
coGPS (53)
COHCAP (61)
coin (1)
cola (121)
collapse (1)
collections (1)
CollessLike (1)
coloc (8)
colorfulVennPlot (1)
colorRamps (5)
colorspace (26)
colortools (0)
colourpicker (1)
colourvalues (1)
comapr (38)
combi (39)
coMET (68)
coMethDMR (38)
ComICS (1)
commentr (1)
common (1)
CommonJavaJars (1)
commonmark (66)
compareDF (0)
compareGroups (0)
compartmap (41)
COMPASS (59)
compcodeR (71)
compEpiTools (50)
CompGO (3)
compiler (1)
ComplexHeatmap (11740)
complexheatmap (1)
compositions (2)
CompoundDb (319)
CompQuadForm (1)
ComPrAn (51)
compSPOT (0)
conclus (20)
concordexR (24)
condcomp (1)
condiments (59)
conditionz (1)
CONFESS (41)
config (1)
confintr (1)
conflicted (6)
connectwidgets (1)
conquer (1)
consensus (54)
ConsensusClusterPlus (2678)
consensusDE (44)
consensusOV (55)
consensusSeekeR (87)
consICA (37)
consort (1)
ConsRank (0)
CONSTANd (54)
contfrac (1)
contiBAIT (39)
conumee (128)
convert (113)
copa (40)
COPDSexualDimorphism (1)
copula (1)
copynumber (306)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (87)
CopywriteR (41)
coRdon (116)
CoRegFlux (2)
CoRegNet (64)
CoreGx (183)
Cormotif (37)
CorMut (4)
coRNAi (3)
coro (1)
corpcor (1)
corral (61)
correlation (1)
CORREP (58)
corrplot (2)
corrr (1)
coseq (93)
CoSIA (22)
cosmiq (39)
cosmo (2)
cosmoGUI (2)
cosmosR (57)
COSNet (60)
COTAN (51)
CountClust (6)
countrycode (4)
countsimQC (80)
covEB (38)
coveffectsplot (0)
CoverageView (55)
covr (47)
covRNA (39)
CovSel (1)
cowplot (2)
coxphf (1)
cplm (1)
cpp11 (54)
cpvSNP (42)
cqn (212)
cranlogs (0)
crayon (48)
creatr (1)
credentials (1)
crew (1)
crew.cluster (0)
CRImage (55)
CRISPR.shinyapp (1)
crisprBase (77)
crisprBowtie (82)
crisprBwa (43)
crisprDesign (62)
crisprScore (88)
CRISPRseek (93)
crisprseekplus (36)
CrispRVariants (78)
crisprVerse (48)
crisprViz (53)
crlmm (118)
CrossICC (2)
crossmatch (1)
crossmeta (69)
crosstalk (41)
crrri (1)
crrry (1)
crul (3)
CSAR (72)
csaw (373)
csawBook (5)
csdR (41)
csSAM (1)
CSSP (58)
CSSQ (37)
csv (1)
ctc (262)
CTdata (18)
CTDquerier (41)
ctgGEM (7)
ctmle (1)
cTRAP (47)
ctree (1)
ctsGE (45)
CTSV (37)
cubature (1)
cubelyr (1)
Cubist (1)
cummeRbund (222)
cummerbund (1)
CuratedAtlasQueryR (2)
curatedMetagenomicData (1)
curl (98)
customCMPdb (40)
customProDB (57)
cvAUC (1)
CVE (2)
cvms (0)
CVST (1)
CVXR (1)
cxAnalysis (1)
cyanoFilter (34)
cycle (39)
cyclocomp (1)
cydar (67)
CytoDx (40)
cytofast (3)
cytofkit (18)
CyTOFpower (36)
cytofQC (13)
CytoGLMM (51)
cytoKernel (39)
cytolib (2280)
cytomapper (191)
cytoMEM (49)
CytoML (633)
CytoPipeline (17)
CytoPipelineGUI (0)
CytoTRACE (1)
CytoTree (30)
cytoviewer (21)

D

D0.db (1)
D2C (1)
d3Network (1)
d3r (1)
dada2 (2100)
dae (1)
dagitty (0)
dagLogo (51)
daMA (57)
DAMEfinder (41)
DaMiRseq (56)
DAPAR (90)
DART (61)
DASC (1)
DASiR (2)
dasnormalize.iomel (0)
dasper (40)
data.table (54)
data.tree (1)
DataEditR (1)
datamods (1)
DataOmnio (1)
datapipeline (1)
datasets (1)
datawizard (2)
DAVIDQuery (3)
dbarts (1)
DBChIP (5)
DBI (20)
DBItest (1)
dbplyr (56)
dbscan (1)
dcanr (81)
DCATS (3)
dce (47)
dcGSA (39)
DChIPRep (2)
ddalpha (1)
DDCompanion (0)
ddCt (80)
ddgraph (2)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (42)
deal (1)
dearseq (113)
debCAM (51)
debrowser (113)
debugme (1)
DECIPHER (2221)
deco (25)
DEComplexDisease (25)
decompTumor2Sig (69)
DeconRNASeq (179)
decontam (1243)
deconvR (49)
decor (1)
decoupleR (627)
DEDS (3)
DeepBlueR (47)
DeepPINCS (39)
deepSNV (95)
DEFormats (221)
DegNorm (48)
DEGraph (40)
degraph (1)
DEGreport (449)
DEGseq (164)
degseq (0)
DelayedArray (40046)
DelayedDataFrame (45)
DelayedMatrixStats (14226)
DelayedRandomArray (45)
DelayedTensor (38)
deldir (15)
DELocal (17)
deltaCaptureC (39)
deltaGseg (48)
DeMAND (54)
DeMixT (73)
demuxmix (102)
demuxSNP (5)
dendextend (43)
dendsort (1)
densEstBayes (2)
densityClust (1)
densvis (1739)
DEoptim (1)
DEoptimR (7)
DEP (431)
DepecheR (376)
DepInfeR (35)
DEqMS (198)
derfinder (465)
derfinderHelper (465)
derfinderPlot (85)
Deriv (1)
desc (47)
DEScan2 (41)
descr (1)
DescTools (2)
DESeq (310)
deseq (1)
DESeq2 (18790)
deseq2 (1)
DEsingle (255)
deSolve (40)
DESpace (15)
destiny (673)
DEsubs (44)
devtools (43)
DEWSeq (47)
DEXICA (0)
DExMA (51)
DEXSeq (1286)
dexus (3)
dfidx (1)
dfoptim (1)
DFP (35)
DHARMa (1)
diagram (1)
DiagrammeR (2)
DIAlignR (48)
dials (6)
DiceDesign (1)
DiceKriging (1)
diceR (1)
dichromat (1)
DiffBind (1032)
diffcoexp (69)
diffcyt (223)
diffdf (1)
DifferentialRegulation (41)
diffGeneAnalysis (46)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (92)
DiffLogo (68)
diffloop (47)
diffobj (1)
diffuStats (55)
diffUTR (36)
digest (110)
diggit (44)
dimRed (1)
Dino (42)
diptest (1)
dir.expiry (2563)
directlabels (1)
Director (48)
DirichletMultinomial (3000)
discordant (68)
DiscoRhythm (55)
DiscriMiner (1)
disk.frame (1)
distances (1)
distill (1)
distillery (1)
distinct (121)
distr (1)
distrEx (1)
distributional (6)
DistributionUtils (1)
dittodb (1)
dittoSeq (824)
divergence (35)
diveRsity (1)
djvdj (1)
dks (45)
dlookr (0)
dlstats (1)
dm (1)
DMCFB (37)
DMCHMM (39)
DMRcaller (66)
DMRcate (776)
DMRcatedata (0)
DMRforPairs (39)
DMRScan (37)
dmrseq (121)
DMwR (1)
DNABarcodeCompatibility (37)
DNABarcodes (142)
DNAcopy (4590)
dnacopy (1)
DNAfusion (33)
DNaseR (1)
DNAshapeR (67)
dndscv (1)
do (1)
DO.db (5)
doBy (1)
dockerfiler (1)
docopt (4)
DoEstRare (1)
doFuture (1)
domainsignatures (2)
doMC (1)
DominoEffect (37)
doParallel (22)
doppelgangR (47)
DOQTL (3)
doRNG (1)
dorothea (1)
Doscheda (37)
DOSE (13972)
Dose (1)
DoseFinding (1)
doseR (38)
doSNOW (1)
dotCall64 (1)
DoubletFinder (0)
doubletrouble (24)
downlit (8)
downloader (1)
downloadthis (1)
dparser (1)
DPClust (1)
dpclust3p (1)
dpeak (39)
dplyr (120)
dqrng (6)
dr (1)
drake (1)
drat (1)
drawProteins (142)
drc (1)
dream (1)
dreamerr (1)
dreamlet (0)
drgee (0)
DRIMSeq (336)
DriverNet (57)
DropletUtils (2370)
DRR (1)
drugTargetInteractions (51)
DrugVsDisease (46)
dSimer (2)
DSS (1055)
dStruct (34)
DT (77)
DTA (62)
dtangle (1)
dtplyr (40)
DTRreg (1)
dtw (1)
dtwclust (1)
dualKS (2)
duckdb (1)
dummies (1)
Dune (37)
DupChecker (2)
dupRadar (83)
dyebias (40)
dygraphs (1)
dynamicTreeCut (1)
DynDoc (1077)
dyndoc (0)
dynfeature (1)
dynplot (1)
dynpred (0)
dynwrap (1)

E

e1071 (7)
earth (1)
easier (88)
EasyABC (1)
EasyCellType (42)
easyENTIM (1)
easypar (1)
EasyqpcR (4)
easyreporting (51)
easyRNASeq (61)
easyrnaseq (0)
easystats (0)
EBarrays (130)
EBcoexpress (56)
EBImage (2343)
ebimage (0)
EBSEA (42)
EBSeq (359)
EBSeqHMM (55)
echarts4r (3)
ecodist (1)
ecolitk (40)
ECOSolveR (1)
EDASeq (1556)
edd (2)
EDDA (2)
edge (90)
edgeR (19752)
edger (1)
EDIRquery (14)
eds (171)
eegc (35)
effectsize (1)
EGAD (52)
egg (4)
EGSEA (144)
eha (1)
eiR (40)
eisa (4)
eisaR (85)
elasticsearchr (1)
ELBOW (3)
ellipse (40)
ellipsis (5)
elliptic (1)
ELMER (191)
emayili (1)
embed (1)
EMD (0)
emdbook (2)
EMDomics (59)
emmeans (47)
EMMREML (1)
EmpiricalBrownsMethod (82)
emulator (1)
enc (1)
ENCODExplorer (3)
encryptr (1)
engitomixmk2 (1)
english (1)
EnhancedVolcano (3583)
enhancedvolcano (1)
enhancerHomologSearch (43)
EnMCB (31)
ENmix (156)
EnrichedHeatmap (485)
EnrichmentBrowser (353)
enrichplot (14963)
enrichR (1)
enrichTF (61)
EnsDb.Hsapiens.v75 (4)
EnsDb.Hsapiens.v79 (3)
EnsDb.Hsapiens.v86 (5)
EnsDb.Mmusculus.v79 (1)
ensembldb (8253)
ensemblVEP (105)
entropy (1)
ENVISIONQuery (2)
EnvStats (1)
Epi (1)
epialleleR (43)
EpiCluster (0)
EpiCompare (48)
epidecodeR (35)
EpiDISH (360)
epigenomix (40)
epigraHMM (43)
epihet (20)
EpiMix (28)
epimutacions (42)
epiNEM (55)
epiR (2)
epistack (39)
epistasisGA (29)
EpiStats (1)
epitools (1)
EpiTxDb (48)
epivizr (51)
epivizrChart (41)
epivizrData (62)
epivizrServer (86)
epivizrStandalone (52)
erccdashboard (53)
ergm (1)
ergm.count (1)
erify (0)
erma (66)
ERSSA (41)
esATAC (79)
escape (212)
escheR (18)
esetVis (60)
esquisse (1)
estimability (6)
eudysbiome (35)
europepmc (1)
evaluate (102)
EValue (0)
evaluomeR (44)
evd (1)
EventPointer (49)
eventTrack (0)
EWCE (117)
Exact (1)
exact2x2 (0)
exactci (0)
exactRankTests (1)
ExCluster (36)
ExiMiR (42)
exomeCopy (205)
exomecopy (0)
ExomeDepth (1)
exomePeak (9)
exomePeak2 (92)
exonfindR (0)
exonmap (3)
ExperimentHub (5945)
ExperimentHubData (185)
ExperimentSubset (41)
explorase (4)
explore (1)
ExploreModelMatrix (114)
expm (1)
ExpressionAtlas (108)
ExpressionView (2)
exprExternal (1)
expsmooth (1)
expss (4)
externalVector (2)
extraChIPs (39)
extraDistr (4)
extrafont (1)
extrafontdb (1)
extraInserts (1)
extraTrees (1)
extRemes (1)

F

fabia (122)
facets (1)
facopy (1)
factDesign (41)
FactoMineR (39)
factR (37)
fail (1)
FamAgg (60)
famat (39)
fansi (57)
farms (58)
farver (5)
fastcluster (1)
fastDummies (6)
fastGHQuad (1)
fastICA (1)
fastLiquidAssociation (42)
fastmap (33)
fastmatch (2)
FastqCleaner (83)
fastreeR (62)
fastseg (661)
fastshap (1)
fasttime (1)
fastverse (0)
fauxpas (1)
fBasics (1)
fbat (1)
FCBF (67)
fCCAC (38)
fCI (53)
fcoex (51)
fcScan (38)
FD (1)
fda (6)
FDb.InfiniumMethylation.hg19 (5)
fdrame (55)
fdrtool (1)
fds (4)
FEAST (87)
feather (1)
FeatSeekR (20)
feature (2)
FedData (1)
fedup (37)
FELLA (118)
FEM (25)
ff (40)
ffbase (1)
FField (1)
ffpe (50)
fftw (1)
fftwtools (1)
fgga (38)
FGNet (73)
fgsea (14126)
fields (1)
filehash (1)
filelock (4)
filesstrings (1)
FilterFFPE (37)
finalfit (1)
FindIT2 (46)
FindMyFriends (4)
findpython (4)
fingerprint (1)
FISHalyseR (39)
fishHook (1)
fishMod (1)
fishpond (341)
fit.models (1)
fitdistrplus (5)
FitHiC (65)
fixest (1)
flagme (42)
flair (0)
FLAMES (50)
flashClust (1)
flexclust (1)
flexdashboard (1)
flexmix (1)
flexsurv (1)
flextable (8)
flipflop (2)
flock (1)
flowAI (456)
flowBeads (38)
flowBin (41)
flowcatchR (38)
flowCHIC (38)
flowCL (22)
flowClean (203)
flowClust (829)
flowclust (1)
flowCore (2212)
FlowCore (1)
flowcore (1)
flowCut (73)
flowCyBar (50)
flowDensity (175)
flower (1)
flowFit (4)
flowFlowJo (3)
flowFP (74)
flowGate (19)
flowGraph (49)
flowMap (53)
flowMatch (40)
flowMeans (93)
flowMerge (59)
flowPeaks (123)
flowPhyto (1)
flowPloidy (42)
flowPlots (42)
flowQ (2)
flowq (0)
flowQB (1)
FlowRepositoryR (5)
FlowSOM (904)
FlowSorted.Blood.EPIC (7)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (7)
flowSpecs (47)
flowSpy (2)
flowStats (650)
flowTime (42)
flowTrans (53)
flowType (3)
flowUtils (60)
flowViz (1009)
flowVS (80)
flowWorkspace (1166)
flowworkspace (0)
flowWorkspaceData (1)
flux (1)
fma (1)
fmcsR (181)
FME (1)
fmrs (83)
fmsb (1)
fmtr (1)
FNN (5)
fobitools (38)
focalCall (2)
foghorn (1)
FoldGO (40)
fontawesome (53)
fontBitstreamVera (0)
fontLiberation (0)
fontquiver (0)
forcats (11)
foreach (5)
forecast (1)
foreign (12)
forestplot (1)
fork (1)
formatR (12)
formattable (1)
formatters (1)
Formula (3)
formula.tools (1)
forrester.metadata (1)
fossil (1)
FourCSeq (4)
fpc (1)
fpp (1)
fracdiff (1)
FRASER (95)
frenchFISH (45)
fresh (4)
FRGEpistasis (49)
frma (95)
frmaTools (44)
fs (125)
FScanR (45)
fstcore (1)
FunChIP (43)
FunciSNP (3)
funtooNorm (37)
furrr (6)
FuseSOM (38)
futile.logger (1)
futile.options (1)
future (56)
future.apply (19)
future.batchtools (1)
future.callr (1)
fuzzyjoin (1)

G

g3viz (1)
GA (1)
GA4GHclient (44)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (36)
gada (1)
gaga (50)
gage (871)
gaggle (36)
gaia (40)
gam (1)
gamboostLSS (1)
gamlss (1)
gamlss.data (1)
gamlss.dist (1)
gamlss.tr (1)
gamm4 (1)
gap (1)
gap.datasets (1)
gapfill (1)
GAPGOM (7)
gapminder (0)
GAprediction (52)
garfield (57)
gargle (55)
GARS (39)
gaston (1)
GateFinder (41)
gaucho (1)
gbm (1)
gbRd (1)
GBScleanR (39)
gcapc (50)
gcatest (41)
gclus (1)
gCMAP (4)
gCMAPWeb (3)
gCrisprTools (44)
gcrma (1317)
GCS (1)
GCSConnection (4)
GCSFilesystem (9)
GCSscore (41)
gdata (4)
GDCRNATools (220)
gdistance (1)
gDR (3)
gDRcore (3)
gDRimport (4)
gDRstyle (4)
gDRutils (4)
GDSArray (73)
gdsfmt (1895)
gdtools (6)
gee (1)
geecc (2)
geepack (1)
geigen (1)
geiger (1)
GEM (55)
gemini (51)
gemma.R (40)
gemtc (1)
GenABEL (3)
GenABEL.data (3)
genArise (47)
genbankr (168)
GENE.E (3)
gene2pathway (2)
GeneAccord (21)
GeneAnswers (18)
geneAttribution (40)
GeneBreak (53)
geneClassifiers (38)
GeneExpressionSignature (47)
genefilter (15510)
genefu (336)
GeneGA (37)
GeneGeneInteR (40)
GeneGroupAnalysis (2)
geneLenDataBase (7)
GeneMeta (59)
GeneNet (1)
GeneNetworkBuilder (53)
GeneOverlap (275)
geneplast (68)
geneplotter (14028)
GeneR (2)
geneRecommender (39)
GeneRegionScan (42)
GeneRfold (1)
generics (9)
geneRxCluster (41)
GeneSelectMMD (51)
GeneSelector (3)
GENESIS (293)
genesis (1)
GeneSpring (2)
GeneStructureTools (59)
geNetClassifier (84)
genetics (0)
GeneticsBase (1)
GeneticsDesign (3)
GeneticsPed (96)
GeneTonic (118)
GeneTraffic (1)
GeneTS (1)
geneXtendeR (44)
GENIE3 (971)
genoCN (54)
GenoGAM (2)
genomation (556)
GenomAutomorphism (33)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (8)
GenomeInfoDb (48693)
genomeinfodb (0)
GenomeInfoDB (1)
GenomeInfoDbData (16)
genomeIntervals (110)
genomeintervals (0)
GenomelnfoDb (1)
genomes (61)
GenomicAlignments (20605)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (1134)
GenomicDistributions (77)
GenomicDistributionsData (0)
GenomicFeatures (16736)
genomicfeatures (1)
GenomicFiles (956)
genomicInstability (38)
GenomicInteractionNodes (36)
GenomicInteractions (249)
GenomicOZone (38)
GenomicPlot (0)
GenomicRanges (36279)
GenomicScores (444)
GenomicSuperSignature (46)
GenomicTools (1)
GenomicTuples (40)
Genominator (3)
genoset (12)
genotypeeval (27)
GenoView (1)
genphen (9)
GenProSeq (32)
GenRank (2)
GenSA (1)
GenVisR (368)
GeoDiff (71)
GEOexplorer (55)
GEOfastq (56)
geojsonio (1)
geojsonsf (0)
GEOmap (2)
GEOmetadb (177)
geometadb (0)
geometries (2)
geometry (1)
GeomxTools (261)
GEOquery (8261)
geoquery (1)
GEoquery (1)
geoR (1)
GEOsearch (2)
geosphere (6)
GEOsubmission (37)
GeoTcgaData (27)
gep2pep (44)
gert (11)
gespeR (54)
getDEE2 (49)
getip (0)
GetoptLong (1)
getPass (0)
getSVCNVperGene0.94 (1)
gettz (1)
geva (47)
GEWIST (48)
gff3Plotter (1)
gfonts (1)
ggalluvial (1)
GGally (1)
gganimate (1)
GGBase (8)
ggbeeswarm (2)
ggbio (1951)
ggbreak (1)
ggcorrplot (1)
ggcyto (923)
ggdag (1)
ggdendro (5)
ggdist (1)
gge (1)
ggeasy (1)
ggeffects (1)
ggExtra (1)
ggfittext (1)
ggforce (2)
ggforestplot (1)
ggformula (1)
ggfortify (1)
ggfun (10)
gggenes (1)
ggh4x (1)
gghalves (1)
gghighlight (1)
ggimage (0)
ggiraph (1)
ggkegg (0)
ggm (1)
ggmanh (67)
ggmap (37)
ggmosaic (0)
ggmsa (375)
ggnetwork (1)
ggnewscale (8)
ggnewscales (1)
GGPA (46)
ggpattern (1)
ggplot (1)
ggplot2 (70)
ggplotify (5)
ggpmisc (1)
ggPMX (1)
ggpointdensity (4)
ggpp (1)
ggpubr (8)
ggRandomForests (1)
ggraph (2)
ggrastr (5)
ggrepel (10)
ggridges (7)
ggsci (42)
ggseqlogo (4)
ggsignif (2)
ggspavis (74)
ggstance (1)
ggstatsplot (1)
ggsurvfir (1)
ggsurvfit (1)
ggtext (1)
ggthemes (4)
GGtools (6)
ggtree (17279)
ggtreeDendro (41)
ggtreeExtra (828)
ggvenn (1)
ggVennDiagram (1)
ggvis (1)
gh (42)
ghql (1)
gifski (1)
GIGSEA (52)
GillespieSSA (1)
Giotto (1)
girafe (76)
GISPA (43)
git2r (36)
gitcreds (7)
gitlabr (1)
GLAD (210)
GladiaTOX (39)
glasso (1)
glassoFast (0)
glca (0)
gld (1)
Glimma (1157)
gllvm (1)
glmGamPoi (2160)
glmmADMB (1)
glmmML (1)
glmmTMB (1)
glmnet (7)
glmnetUtils (1)
glmSparseNet (85)
GlobalAncova (710)
GlobalOptions (1)
globals (8)
globals, (1)
globalSeq (54)
globaltest (1467)
glpgStyle (1)
glpgTesteR (1)
glpkAPI (1)
glue (10)
gmailr (1)
gmapR (66)
gMCP (1)
GmicR (49)
gmm (1)
gmodels (1)
gmoviz (39)
gmp (6)
GMRP (37)
GNET2 (42)
gnm (1)
GO.db (12)
goCluster (1)
GOexpress (85)
goftest (1)
GOfuncR (210)
GOFunction (3)
golem (1)
gomms (1)
gongs (1)
googleAuthR (1)
googledrive (48)
GoogleGenomics (1)
googlesheets4 (52)
GOplot (1)
GOpro (52)
goProfiles (70)
goprofiles (0)
GOSemSim (13434)
gosemsim (0)
goseq (1168)
GOSim (122)
goSorensen (30)
goSTAG (44)
GOstats (1628)
gostats (1)
GOsummaries (58)
GOTHiC (61)
goTools (51)
gotools (0)
gower (6)
GPA (51)
GPArotation (37)
gpart (17)
GPfit (1)
gplots (2)
gpls (105)
gprege (8)
gpuMagic (42)
gQTLBase (5)
gQTLstats (5)
gramm4R (2)
GRaNIE (71)
granny (1)
granulator (124)
graper (54)
graph (17138)
GraphAlignment (58)
GraphAT (39)
graphat (1)
graphics (1)
graphite (2475)
graphlayouts (3)
GraphPAC (42)
graphql (1)
grDevices (1)
GRENITS (54)
GreyListChIP (809)
grf (1)
grid (1)
gridExtra (1)
gridGraphics (1)
gridpattern (1)
gridtext (1)
GRmetrics (72)
groHMM (52)
groupdata2 (0)
grpreg (1)
grr (1)
GRridge (32)
GSA (1)
gsalib (1)
GSALightning (57)
GSAR (102)
gsbDesign (0)
GSCA (43)
gscounts (1)
gscreend (42)
gsDesign (1)
GSEABase (7591)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (58)
GSEAlm (61)
GSEAmining (66)
gsean (44)
GSgalgoR (49)
gsl (1)
gsmoothr (4)
gson (2)
gsrc (1)
GSReg (41)
GSRI (42)
gss (1)
GSVA (4961)
GSVAdata (1)
gsw (1)
gt (2)
gtable (72)
gto (1)
gtools (9)
gtrellis (99)
gtsummary (2)
gtx (1)
gubraqsar (1)
GUIDEseq (50)
Guitar (119)
gupio (1)
gUtils (1)
GUTS (1)
Gviz (3216)
GWAS.BAYES (54)
gwascat (434)
GWASExactHW (4)
gwasrapidd (1)
GWASTools (606)
gwasurvivr (74)
GWENA (103)
gWidgets2tcltk (1)

H

h2o (1)
h5vc (58)
HAC (0)
HandTill2001 (1)
hapFabia (38)
HaploSim (1)
hardhat (41)
HardyWeinberg (0)
Harman (137)
HarmonizR (1)
harmony (1)
Harshlight (39)
harshlight (0)
hash (0)
haven (30)
hca (60)
HCABrowser (2)
HCAExplorer (1)
HCAMatrixBrowser (2)
HCsnip (1)
HDF5Array (10244)
hdf5r (1)
HDInterval (6)
hdm (1)
HDO.db (3)
hdrcde (4)
HDTD (54)
heatmap.plus (1)
heatmap3 (1)
heatmaply (7)
heatmaps (244)
Heatplus (335)
heemod (1)
HelloRanges (82)
HELP (39)
helperMut (1)
HEM (39)
here (1)
hermes (79)
HERON (1)
Herper (129)
hexbin (7)
hexSticker (0)
HGC (58)
hgu133a.db (1)
hgu133plus2.db (6)
hgu219.db (1)
hgu95a.db (1)
hgug4112a.db (1)
hiAnnotator (61)
HIBAG (107)
HiCBricks (72)
hicbricks (0)
HiCcompare (190)
HiCDCPlus (65)
HiCDOC (40)
HiCExperiment (34)
HiClimR (1)
HiContacts (65)
HiCool (22)
hicrep (8)
hicVennDiagram (1)
hierfstat (1)
hierGWAS (57)
hierinf (47)
highcharter (0)
highlight (1)
highr (45)
HilbertCurve (72)
HilbertVis (145)
HilbertVisGUI (24)
HiLDA (40)
hipathia (61)
HIPPO (37)
hiReadsProcessor (46)
HIREewas (53)
HiTC (123)
hmdbQuery (64)
Hmisc (8)
HMMcopy (277)
hms (77)
Homo.sapiens (5)
Hoover (1)
hopach (201)
HPAanalyze (111)
hpar (228)
HPAStainR (42)
HPiP (52)
HSAUR2 (1)
hsm (1)
HSMMSingleCell (1)
htmlTable (3)
htmltools (135)
htmlwidgets (118)
HTqPCR (134)
HTSanalyzeR (3)
HTSeqGenie (30)
htSeqTools (5)
htseqtools (0)
HTSFilter (171)
htslib (1)
httpcode (1)
httpgd (1)
httptest (1)
httpuv (58)
httr (118)
httr2 (33)
HubPub (92)
huge (1)
HumanTranscriptomeCompendium (45)
hummingbird (38)
hunspell (1)
huxtable (1)
hwriter (1)
HWxtest (1)
HybridMTest (71)
hypeR (85)
hyperdraw (54)
hypergeo (1)
hypergraph (72)
hyperSpec (1)

I

iASeq (49)
iasva (38)
iBBiG (88)
ibh (56)
iBMQ (29)
ica (1)
iCARE (88)
Icens (279)
icetea (37)
iCheck (34)
iChip (36)
ichorCNA (0)
iClusterPlus (301)
iCNV (40)
iCOBRA (139)
ideal (96)
ideogram (0)
IdeoViz (56)
idiogram (43)
IdMappingAnalysis (2)
IdMappingRetrieval (2)
IDPmisc (1)
idpr (51)
idr (1)
idr2d (45)
ids (1)
ieugwasr (1)
IFAA (26)
iFlow (2)
iGasso (1)
iGC (52)
IgGeneUsage (39)
igraph (29)
igvR (95)
igvShiny (0)
iheatmapr (1)
IHW (591)
Illumina450ProbeVariants.db (1)
IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19 (5)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (4)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b2.hg19 (4)
IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19 (4)
IlluminaHumanMethylationEPICmanifest (4)
illuminaio (2579)
ILoReg (42)
imageHTS (29)
imager (1)
imagerExtra (1)
IMAS (42)
imcRtools (123)
Imetagene (2)
iml (1)
IMMAN (45)
ImmuneSpaceR (53)
immunoClust (41)
immunotation (49)
IMPCdata (49)
ImpulseDE (2)
ImpulseDE2 (8)
impute (9651)
imputeTS (1)
INDEED (49)
ineq (1)
iNETgrate (9)
infer (6)
infercnv (1034)
inferCNV (1)
infinityFlow (46)
influenceR (3)
Informeasure (48)
infotheo (1)
ini (1)
InkblotAnalytics (16)
INLA (1)
inline (1)
InPAS (40)
INPower (54)
insight (2)
inSilicoDb (6)
inSilicoMerging (8)
insilicomerging (0)
INSPEcT (50)
INTACT (16)
InTAD (39)
intansv (46)
interacCircos (63)
InteractionSet (1456)
InteractiveComplexHeatmap (262)
interactiveDisplay (76)
interactiveDisplayBase (8447)
InterCellar (69)
IntEREst (44)
intergraph (1)
InterMineR (53)
interp (1)
interpretR (1)
intervals (1)
IntOMICS (17)
IntramiRExploreR (43)
inum (1)
inveRsion (10)
inversion (0)
invgamma (0)
IONiseR (53)
iontree (2)
iPAC (46)
ipaddress (1)
iPath (38)
ipcwswitch (0)
ipdDb (41)
IPDfromKM (0)
ipmisc (1)
IPO (125)
IPPD (4)
ipred (41)
irace (1)
IRanges (47025)
iranges (1)
IRdisplay (1)
IRISFGM (37)
IrisSpatialFeatures (1)
IRkernel (1)
irlba (8)
irr (1)
ISAnalytics (48)
iSEE (311)
iSEEde (0)
iSEEhex (74)
iSEEhub (31)
iSEEindex (3)
iSEEpathways (0)
iSEEu (84)
iSeq (52)
ISLET (35)
iSNetwork (1)
Iso (1)
isoband (26)
isobar (69)
ISOcodes (1)
IsoCorrectoR (61)
IsoCorrectoRGUI (41)
IsoformSwitchAnalyzeR (236)
IsoGeneGUI (7)
ISoLDE (52)
isomiRs (50)
iSPlot (1)
isva (5)
ISwR (1)
ITALICS (42)
iterativeBMA (45)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (51)
iterativebmasurv (1)
iterators (5)
iterClust (43)
iteremoval (6)
itertools (1)
IVAS (50)
ivpack (1)
ivygapSE (36)
IWTomics (38)

J

JADE (1)
jagsUI (0)
janeaustenr (1)
janitor (1)
JASPAR2016 (1)
JASPAR2018 (1)
JASPAR2020 (4)
JavaGD (1)
JBTools (1)
jiebaR (1)
jiebaRD (1)
JM (1)
JMbayes (0)
jmosaics (1)
joda (2)
joineRML (1)
jomo (1)
jose (0)
jpeg (2)
jquerylib (1)
jsonify (0)
jsonlite (112)
jsTreeR (1)
jtools (1)
juicyjuice (1)
JuliaCall (1)
JunctionSeq (9)

K

kableExtra (1)
karyoploteR (801)
KaryoploteR (0)
katdetectr (38)
KBoost (51)
KCsmart (40)
kebabs (97)
kedd (1)
KEGG.db (3)
KEGGgraph (5011)
kegggraph (1)
KEGGlincs (46)
keggorth (1)
keggorthology (72)
KEGGprofile (12)
KEGGREST (31678)
KEGGSOAP (2)
keras (1)
kernlab (1)
KernSmooth (13)
keyring (1)
kimod (2)
KinSwingR (43)
kissDE (36)
kit (0)
kknn (1)
klaR (1)
km.ci (1)
kmed (1)
kmknn (0)
kml (0)
kml3d (0)
KMsurv (1)
knitr (89)
knockoff (1)
KnowSeq (43)
KODAMA (1)
kohonen (1)
kpmt (1)
ks (1)
kSamples (1)
ktplots (1)

L

labdsv (1)
labeling (2)
labelled (2)
LACE (42)
laeken (1)
Lahman (1)
lambda.r (1)
lambdr (1)
LambertW (0)
lamW (0)
languageserver (1)
LaplacesDemon (1)
lapmix (37)
lasso2 (1)
later (96)
latex2exp (1)
lattice (22)
latticeExtra (3)
lava (6)
lavaan (43)
lazy (1)
lazyeval (25)
LBE (263)
lbfgs (1)
lbfgsb3c (1)
lda (1)
ldblock (50)
LDheatmap (1)
LDlinkR (1)
LEA (450)
leafcutter (1)
leafem (0)
leaflet (2)
leaflet.minicharts (1)
leaflet.providers (1)
leafpop (0)
leaps (1)
LearnBayes (1)
learnr (1)
LedPred (48)
lefser (338)
leiden (7)
leidenAlg (1)
leidenbase (6)
lemon (1)
les (57)
levi (46)
lfa (305)
lfe (1)
lgr (1)
lhs (6)
liana (1)
libcoin (1)
LiblineaR (6)
lifecycle (10)
lightgbm (1)
limma (32593)
limmaGUI (50)
limSolve (1)
LINC (2)
LineagePulse (39)
lineagespot (32)
LinkHD (38)
Linnorm (137)
linprog (1)
LinTInd (38)
lintr (10)
lionessR (47)
lipidr (113)
LiquidAssociation (42)
liquidSVM (1)
lisaClust (98)
listenv (7)
littler (1)
lixoftConnectors (1)
lixoftConnectors.1 (1)
lixoftConnectors.2 (1)
lle (1)
lm.beta (1)
lmdme (44)
lme4 (60)
lmerTest (1)
LMGene (3)
lmodel2 (0)
lmom (1)
lmomco (1)
Lmoments (1)
lmtest (2)
LOBSTAHS (48)
lobstr (1)
locfdr (1)
locfit (20)
loci2path (35)
log4r (1)
logcondens (1)
logging (1)
logicFS (79)
logistf (3)
logitT (39)
logitt (1)
Logolas (2)
logolas (1)
logr (0)
logspline (1)
lokern (1)
lol (2)
LOLA (172)
longitudinal (1)
longitudinalData (0)
longmemo (1)
loo (3)
LoomExperiment (433)
lotri (1)
LowMACA (23)
LowRankQP (1)
LPE (60)
LPEadj (37)
lpNet (46)
lpSolve (2)
lpSolveAPI (1)
lpsymphony (1204)
lqa (1)
LRBaseDbi (47)
LRcell (46)
lsa (5)
LSAF (1)
lsei (1)
lubridate (10)
lumi (1046)
LVSmiRNA (2)
lwgeom (1)
LymphoSeq (56)

M

M3C (963)
M3D (3)
M3Drop (444)
m6Aboost (34)
maanova (38)
Maaslin2 (621)
maboost (1)
Macarron (34)
macat (46)
maCorrPlot (50)
MACPET (10)
MACSQuantifyR (45)
MACSr (81)
maDB (3)
madb (0)
made4 (205)
madness (1)
MADSEQ (36)
maftools (2474)
MAGAR (48)
MAGeCKFlute (302)
magic (1)
magick (2)
magpie (13)
magrene (32)
magrittr (20)
MAI (41)
maic (1)
maicChecks (0)
maigesPack (44)
mailR (1)
MAIT (54)
makecdfenv (97)
makePlatformDesign (1)
maketools (1)
MALDIquant (2)
manipulateWidget (1)
MANOR (40)
manta (4)
MantelCorr (45)
mantelcorr (0)
maotai (1)
mapbayr (1)
mapdata (1)
mAPKL (26)
mapproj (1)
maPredictDSC (39)
maps (1)
mapscape (46)
maptools (9)
maptree (1)
mapview (0)
marginaleffects (0)
margins (0)
mariner (20)
Markdown (1)
markdown (58)
marr (35)
marray (1689)
martini (42)
maser (98)
maSigPro (229)
maskBAD (39)
MASS (102)
MassArray (53)
massarray (0)
massiR (41)
MassSpecWavelet (1508)
MAST (1772)
mastR (17)
matchBox (46)
Matching (1)
MatchIt (1)
matchprobes (1)
mathjaxr (4)
matlib (0)
Matrix (105)
Matrix.utils (1)
matrixcalc (1)
MatrixEQTL (0)
MatrixGenerics (34875)
MatrixModels (19)
MatrixQCvis (60)
MatrixRider (37)
matrixStats (37)
matter (131)
MaxContrastProjection (2)
maxLik (1)
maxstat (0)
MBA (2)
MBAmethyl (46)
MBASED (46)
MBCB (40)
MBECS (41)
mbkmeans (373)
mbOmic (32)
mboost (1)
mBPCR (42)
MBQN (39)
mbQTL (15)
MBttest (47)
mc2d (1)
mcaGUI (3)
MCbiclust (39)
mclogit (1)
mclust (1)
mclustcomp (0)
mcmc (1)
MCMCglmm (1)
MCMCpack (1)
MCPcounter (1)
MCRestimate (2)
mCSEA (77)
mda (1)
mdgsa (6)
mdp (55)
mdqc (59)
MDTS (43)
MEAL (67)
MeasurementError.cor (47)
MEAT (38)
MEB (35)
medflex (1)
mediation (1)
MEDIPS (95)
MEDME (41)
megadepth (110)
MEIGOR (54)
Melissa (38)
memes (160)
memisc (1)
memoise (10)
MergeMaid (5)
mergemaid (0)
Mergeomics (59)
MeSHDbi (175)
meshes (123)
meshr (82)
MeSHSim (1)
MesKit (61)
messina (52)
meta (1)
metaArray (3)
metaarray (0)
Metab (42)
metabaser (1)
metabCombiner (41)
metabinR (39)
metaBMA (1)
MetaboAnnotation (298)
MetaboCoreUtils (404)
metabolomicsWorkbenchR (55)
metabomxtr (40)
MetaboSignal (86)
metaCCA (138)
metacore (0)
MetaCyto (47)
metadat (1)
metafor (1)
metagene (50)
metagene2 (56)
metagenomeFeatures (2)
metagenomeSeq (1207)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (52)
metaMA (5)
metaMS (93)
MetaNeighbor (72)
metap (6)
MetaPhOR (29)
metaplus (1)
metapod (3674)
metapone (55)
metaR (0)
metaSeq (51)
metaseqR (5)
metaseqR2 (39)
MetaSKAT (1)
metatools (0)
MetaUtility (0)
metavizr (17)
MetaVolcanoR (72)
metaX (2)
MetCirc (42)
MethCP (19)
methimpute (51)
methInheritSim (45)
methods (1)
MethPed (38)
MethReg (57)
methrix (64)
MethTargetedNGS (38)
methVisual (3)
methyAnalysis (9)
MethylAid (51)
methylCC (58)
methylclock (114)
methylclockData (1)
methylGSA (99)
methylInheritance (51)
methylKit (542)
MethylMix (102)
methylMnM (40)
methylPipe (57)
methylscaper (33)
MethylSeekR (128)
methylSig (55)
methylumi (1302)
methyvim (2)
MetID (43)
MetNet (44)
metR (1)
mets (1)
mfa (75)
mFilter (1)
Mfuzz (900)
mfuzz (0)
mg14 (1)
mgcv (82)
MGFM (39)
MGFR (39)
mgm (0)
mgsa (104)
mi (1)
mia (1042)
miaSim (68)
miaViz (177)
mice (7)
MiChip (34)
microbenchmark (1)
microbiome (1535)
microbiomeDASim (38)
microbiomeExplorer (56)
microbiomeMarker (282)
MicrobiomeProfiler (75)
MicrobiotaProcess (370)
micromap (1)
microRNA (124)
Microsoft365R (0)
microSTASIS (19)
MICSQTL (3)
midasHLA (51)
MIGSA (23)
MIIVsem (1)
miloR (195)
mimager (38)
mime (32)
MIMOSA (40)
mina (46)
MineICA (51)
minerva (1)
minet (542)
minfi (1995)
MinimumDistance (39)
miniUI (1)
minpack.lm (1)
minqa (8)
MiPP (40)
miQC (99)
MIRA (60)
MiRaGE (40)
mirai (1)
miRBaseConverter (152)
miRcomp (37)
mirIntegrator (38)
miRLAB (43)
miRmine (34)
miRNAmeConverter (46)
miRNApath (58)
miRNAtap (99)
miRSM (35)
miRsponge (1)
miRspongeR (52)
Mirsynergy (2)
mirt (8)
mirTarRnaSeq (58)
misc3d (1)
miscTools (1)
missForest (0)
missMethyl (948)
missRanger (0)
missRows (42)
mistyR (82)
mitch (66)
mitml (1)
mitoClone2 (35)
mitoODE (2)
mitools (1)
mixOmics (2879)
mixsqp (9)
mixtools (1)
mlbench (3)
mlegp (1)
mlflow (1)
MLInterfaces (235)
mlm4omics (1)
MLmetrics (0)
mlmm.gwas (1)
mlogit (1)
MLP (68)
mlpack (0)
mlr (1)
mlr3 (1)
mlr3measures (1)
mlr3misc (1)
mlr3pipelines (1)
mlr3tuning (1)
MLSeq (101)
mltools (1)
MMAPPR2 (24)
MMDiff (2)
MMDiff2 (42)
mmgmos (1)
mmnet (1)
MmPalateMiRNA (2)
mmrm (1)
MMUPHin (85)
mnem (61)
mnormt (7)
MNP (1)
moanin (62)
MobilityTransformR (33)
mobster (1)
mockery (1)
mockr (1)
MODA (45)
ModCon (41)
modelbased (0)
modeldata (6)
modelenv (1)
ModelMetrics (1)
modelr (39)
modeltools (1)
Modstrings (82)
modules (3)
MOFA (7)
MOFA2 (326)
MOGAMUN (40)
mogsa (118)
MoleculeExperiment (18)
MOMA (53)
moments (0)
monaLisa (83)
monocle (2654)
MoonlightR (44)
MoPS (2)
morpheus (1)
Morpho (1)
mosaicCore (1)
mosaics (102)
mosbi (42)
MOSim (37)
Motif2Site (36)
motifbreakR (101)
motifcounter (45)
MotifDb (532)
motifmatchr (1067)
motifRG (4)
motifStack (600)
MotIV (30)
mouse4302.db (1)
MouseFM (37)
MPA (1)
mpath (1)
MPFE (46)
mpn.scorecard (0)
mppR (1)
mpra (42)
MPRAnalyze (52)
MQmetrics (46)
mQTL.NMR (1)
mrgda (1)
mrggsave (1)
mrgmisc (1)
mrgsolve (1)
mrgvalidate (1)
mrgvalprep (1)
msa (1313)
MSA2dist (68)
MsBackendMassbank (57)
MsBackendMgf (395)
MsBackendMsp (63)
MsBackendRawFileReader (39)
MsBackendSql (16)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (2747)
msdata (1)
MsDataHub (24)
MSEADbi (1)
MsExperiment (98)
MsFeatures (1236)
msgbsR (45)
MSGFgui (4)
MSGFplus (9)
msigdbr (1)
msImpute (52)
mslp (33)
msm (1)
msmsEDA (176)
msmsTests (166)
MSnbase (2730)
msnbase (0)
MSnID (149)
MSPrep (46)
msPurity (63)
msQC (0)
msqrob2 (94)
MsQuality (22)
MSstats (407)
MSstatsConvert (364)
MSstatsLiP (40)
MSstatsLOBD (45)
MSstatsPTM (113)
MSstatsQC (40)
MSstatsQCgui (36)
MSstatsSampleSize (37)
MSstatsShiny (61)
MSstatsTMT (209)
MSstatsTMTPTM (1)
MSstatsTMTs (1)
mstate (1)
mtbls2 (0)
MTseeker (1)
MuData (38)
muhaz (1)
Mulcom (65)
mulcom (0)
multcomp (2)
multcompView (36)
MultiAssayExperiment (3541)
MultiBaC (49)
multiClust (54)
multicrispr (42)
multicross (0)
MultiDataSet (798)
multidplyr (1)
multiGSEA (91)
multiHiCcompare (107)
MultiMed (54)
multiMiR (213)
MultimodalExperiment (17)
multinichenetr (1)
multinma (1)
multiOmicsViz (43)
multipanelfigure (1)
MultiRNAflow (0)
multiscan (37)
multiSight (35)
multiWGCNA (2)
multtest (10557)
MuMIn (1)
mumosa (55)
MungeSumstats (458)
munsell (1)
muscat (249)
muscData (1)
muscle (206)
musicatk (52)
MutationalPatterns (315)
MutationTimeR (1)
mutoss (6)
mutSigExtractor (1)
mvabund (1)
MVCClass (56)
mvGST (1)
mvna (0)
mvnfast (1)
mvtnorm (17)
MWASTools (84)
mygene (342)
myphd (1)
myvariant (60)
mzID (2505)
mzR (2744)

N

n1qn1 (1)
N2R (1)
nabor (1)
NADA (4)
NADfinder (34)
naniar (1)
NanoMethViz (63)
nanonext (1)
NanoStringDiff (88)
NanoStringNCTools (275)
NanoStringQCPro (68)
nanostringr (1)
nanotatoR (44)
nanotime (1)
NanoTube (62)
narray (1)
NarrowPeaks (3)
nasapower (1)
nat.util (0)
nat.utils (0)
natserv (1)
naturalsort (1)
NBAMSeq (40)
NbClust (0)
nbpMatching (0)
NBSplice (23)
ncappc (0)
ncar (0)
ncbit (1)
ncdf4 (1)
ncdf4.1 (1)
ncdfFlow (1117)
ncGTW (34)
NCIgraph (42)
ncRNAtools (40)
ndexr (61)
ndjson (1)
neaGUI (1)
nearBynding (35)
Nebulosa (798)
NeighborNet (31)
nem (8)
NEMO (1)
nempi (34)
NEONiso (0)
NetActivity (35)
netbenchmark (2)
netbiov (54)
netboost (34)
netboxr (23)
NetCRG (0)
netDx (41)
nethet (44)
netmeta (0)
netOmics (40)
NetPathMiner (61)
netprioR (48)
netReg (2)
netresponse (50)
NetSAM (45)
netSmooth (50)
network (1)
networkBMA (15)
networkDynamic (1)
netZooR (42)
NeuCA (33)
neuralnet (0)
NeuralNetTools (1)
neuRosim (1)
NewWave (45)
NGScopy (1)
ngsReports (69)
nhanesA (1)
nipals (1)
nleqslv (1)
nlme (86)
nlmixr2 (1)
nlmixr2data (1)
nlmixr2est (1)
nlmixr2extra (1)
nlmixr2lib (1)
nlmixr2plot (1)
nlmixr2rpt (0)
nloptr (47)
NLP (1)
NMcalc (1)
NMdata (1)
NMF (6)
NMproject (1)
nmrec (0)
nnet (55)
NNLM (1)
nnls (1)
nnNorm (39)
nnSVG (58)
NoiseFiltersR (1)
NOISeq (523)
NonCompart (1)
nondetects (60)
nonmem2rx (1)
nonmemica (1)
nonnest2 (1)
nor1mix (1)
NoRCE (47)
norm (1)
normalize450K (36)
NormalizerDE (0)
NormalyzerDE (106)
NormqPCR (190)
normr (124)
nortest (0)
Nozzle.R1 (0)
np (1)
NPARC (44)
npde (1)
npGSEA (47)
nphRCT (0)
npsurv (1)
NTW (48)
nucleoSim (43)
nucleR (57)
nucler (0)
nuCpos (50)
nudge (2)
nullranges (66)
numbat (3)
numbers (1)
numDeriv (1)
NuPoP (62)
NxtIRFcore (39)

O

occugene (44)
OceanView (1)
OCplus (71)
octad (32)
odbc (6)
oddsratio (1)
ODER (29)
odseq (56)
odyproteomicsValidator (1)
officedown (1)
officer (7)
OGRE (38)
OGSA (2)
oligo (1471)
oligoClasses (1478)
OLIN (43)
OLINgui (37)
omada (24)
OmaDB (100)
omicade4 (96)
OmicCircos (169)
omiccircos (0)
omicplotR (46)
omicRexposome (39)
omicsbase (1)
OmicsLonDA (36)
OmicsMarkeR (2)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (41)
omicsPrint (41)
omicsViewer (43)
Omixer (49)
OmnipathR (381)
ompBAM (62)
Onassis (2)
onbrand (1)
OncoBayes2 (1)
oncomix (36)
oncoscanR (31)
OncoScore (42)
OncoSimulR (50)
oneChannelGUI (3)
onechannelgui (0)
oneSENSE (23)
onlineFDR (50)
ontoCAT (4)
ontologyIndex (10)
ontoProc (106)
ontoTools (1)
oompaBase (1)
oompaData (1)
openCyto (751)
openPrimeR (89)
openPrimeRui (47)
openssl (136)
OpenStats (51)
openxlsx (13)
openxlsx2 (1)
OperaMate (1)
operator.tools (1)
oposSOM (55)
oppar (39)
oppti (33)
optextras (1)
optimalFlow (34)
optimParallel (1)
optimr (0)
optimx (4)
optmatch (1)
optparse (37)
OPWeight (38)
OrderedList (75)
ordinal (1)
ORFhunteR (40)
ORFik (161)
org.Ag.eg.db (0)
org.At.tair.db (1)
org.Bt.eg.db (1)
org.Ce.eg.db (1)
org.Cf.eg.db (1)
org.Dm.eg.db (1)
org.Dr.eg.db (1)
org.Gg.eg.db (1)
org.Hs.eg.db (12)
org.Hs.eg.db.html (1)
org.Mm.eg.db (9)
org.Mmu.eg.db (0)
org.Pt.eg.db (0)
org.Rn.eg.db (7)
org.Sc.sgd.db (1)
org.Ss.eg.db (1)
org.Xl.eg.db (0)
Organism.dplyr (340)
OrganismDbi (2870)
orientlib (1)
orthogene (216)
Orthology.eg.db (1)
orthos (2)
OSAT (58)
OSCA (6)
OSCA.advanced (19)
OSCA.basic (22)
OSCA.intro (116)
OSCA.multisample (17)
OSCA.workflows (32)
Oscope (52)
osmdata (27)
osqp (1)
OTUbase (38)
OutlierD (3)
OUTRIDER (145)
OutSplice (14)
overlapping (1)
OVESEG (36)

P

PAA (49)
packFinder (40)
packrat (16)
pacman (0)
padma (40)
PADOG (165)
padr (1)
pagedown (1)
pageRank (38)
pagoda2 (1)
PAIRADISE (75)
paircompviz (41)
pairedGSEA (11)
pairkat (33)
pairseqsim (1)
pairwiseComparisons (1)
pak (1)
paletteer (1)
Palimpsest (1)
palmerpenguins (1)
pals (1)
pammtools (1)
pamr (3)
PAN (0)
pan (1)
pandaR (86)
pander (1)
panelcn.mops (65)
panelr (1)
PAnnBuilder (2)
PanomiR (35)
panp (38)
PANR (40)
PanViz (41)
PanVizGenerator (4)
PAPi (4)
paradox (1)
parallel (1)
parallelly (54)
parameters (1)
ParamHelpers (1)
pareg (25)
parglms (39)
parody (58)
parsedate (1)
parsnip (7)
partCNV (4)
partitions (1)
party (1)
partykit (1)
PAST (40)
pastecs (1)
patchwork (9)
Path2PPI (57)
pathifier (142)
PathNet (58)
PathoStat (49)
pathprint (2)
pathRender (37)
pathVar (44)
pathview (4131)
pathwayPCA (89)
PathwaySplice (2)
PatientGeneSets (1)
paws (6)
paws.analytics (6)
paws.application.integration (6)
paws.common (7)
paws.compute (6)
paws.cost.management (6)
paws.customer.engagement (6)
paws.database (6)
paws.developer.tools (5)
paws.end.user.computing (5)
paws.machine.learning (6)
paws.management (6)
paws.networking (6)
paws.security.identity (6)
paws.storage (6)
paxtoolsr (88)
pbapply (16)
Pbase (1)
pbcmc (2)
pbdZMQ (1)
PBIR (1)
pbivnorm (1)
pbkrest (1)
pbkrtest (54)
pbmcapply (1)
pcaExplorer (364)
pcaGoPromoter (5)
pcalg (0)
pcaMethods (4514)
PCAN (45)
pcaPP (6)
PCAtools (1003)
pch (0)
pcot2 (4)
PCpheno (2)
pctGCdata (1)
pcxn (45)
pd.atdschip.tiling (1)
pd.hg.u133.plus.2 (1)
pd.mouse430.2 (1)
PDATK (43)
pdftools (1)
pdInfoBuilder (90)
pdmclass (2)
pdp (1)
PeacoQC (129)
peakPantheR (45)
peakPick (1)
pec (1)
PECA (46)
peco (32)
pedigree (1)
pegas (1)
pegboard (1)
PEIP (1)
penalized (1)
pengls (33)
peperr (1)
PepsNMR (74)
pepStat (41)
Peptides (1)
pepXMLTab (57)
PERFect (49)
performance (1)
PerformanceAnalytics (1)
periodicDNA (41)
perm (5)
permimp (1)
permute (1)
perturbatr (2)
PFAM.db (8)
pfamAnalyzeR (52)
PFIM (1)
PFP (32)
PGA (4)
pga (0)
pgca (48)
PGSEA (31)
pgUtils (2)
phangorn (1)
phantasus (74)
PharmacoGx (165)
pharmaRTF (0)
pharmaversesdtm (0)
pheatmap (1)
phemd (28)
phenoDist (2)
PhenoGeneRanker (45)
phenomis (37)
phenopath (81)
phenoTest (66)
PhenStat (41)
PheWAS (1)
philentropy (1)
philr (183)
PhIPData (50)
phosphonormalizer (42)
phosphoricons (1)
PhosR (86)
phyclust (1)
phylobase (1)
phylocanvas (1)
phylogram (1)
PhyloProfile (51)
phyloseq (4704)
phylotools (1)
phytools (1)
Pi (71)
piano (324)
pickgene (47)
PICS (70)
Pigengene (69)
pillar (110)
pim (1)
PING (40)
pingr (1)
pins (25)
pint (3)
pio (1)
pipeComp (40)
pipeFrame (112)
pipeR (0)
pixmap (1)
PK (0)
pkgbuild (50)
pkgcache (1)
pkgconfig (2)
pkgdepends (1)
pkgDepTools (34)
pkgdown (6)
pkgKitten (1)
pkgload (63)
pkgmaker (1)
pkgsearch (0)
PKI (1)
PKNCA (1)
PKPDmodels (1)
planet (124)
planttfhunter (17)
plateCore (2)
plethy (27)
plgem (58)
plier (107)
plm (1)
PloGO2 (53)
plogr (1)
plot3D (1)
plot3Drgl (1)
plotgardener (207)
plotGrouper (52)
plotly (31)
plotmm (1)
plotmo (1)
plotrix (1)
PLPE (39)
plrs (2)
pls (1)
plumber (1)
plw (2)
plyr (14)
plyranges (1016)
PMA (0)
pmartR (1)
PMCMRplus (1)
pmforest (1)
pmm (45)
pmp (104)
pmparams (0)
pmplots (1)
pmtables (1)
pmxTools (1)
png (11)
PoDCall (46)
podkat (47)
pogos (42)
pointblank (1)
PoissonSeq (1)
poLCA (0)
polspline (1)
Polychrome (1)
polyclip (7)
polycor (0)
polyester (111)
Polyfit (2)
polynom (2)
PolynomF (1)
polysat (1)
POMA (65)
pool (1)
poolfstat (1)
poorman (1)
PopED (0)
poppr (1)
PossibilityCurves (1)
POST (2)
posterior (7)
PoTRA (13)
PowerExplorer (2)
poweRlaw (4)
powerTCR (336)
PowerTOST (0)
POWSC (38)
ppcseq (37)
PPInfer (70)
ppiStats (7)
pqsfinder (66)
prabclus (0)
pracma (6)
prada (13)
praise (1)
pram (35)
prebs (41)
PreciseSums (1)
preciseTAD (35)
PrecisionTrialDrawer (7)
precommit (1)
PREDA (72)
prediction (0)
predictionet (3)
predint (0)
PReMiuM (1)
preprocessCore (13850)
preprocesscore (1)
PreprocessCore (1)
PresenceAbsence (1)
preseqR (1)
presto (1)
prettydoc (1)
prettyunits (11)
primirTSS (42)
PrInCE (41)
princurve (1)
prismatic (1)
Prize (2)
proActiv (51)
proBAMr (40)
proBatch (74)
pROC (21)
PROcess (81)
processCore (1)
processx (128)
procoil (39)
ProCoNA (1)
proDA (164)
prodlim (42)
productplots (0)
proffer (1)
proFIA (25)
profile (1)
profileModel (1)
profileplyr (190)
profileScoreDist (34)
profvis (14)
progeny (327)
progress (1)
progressr (12)
PROJ (1)
proj (1)
proj4 (2)
ProjecTILs (1)
projectR (55)
projpred (1)
pRoloc (197)
pRolocdata (7)
pRolocGUI (69)
PROMISE (42)
promises (50)
prompt (0)
PROPER (73)
propr (1)
PROPS (35)
Prostar (61)
prostar (0)
prot2D (2)
proteasy (34)
proteinProfiles (46)
ProteoDisco (38)
ProteomicsAnnotationHubData (2)
ProteoMM (58)
proteoQC (2)
protGear (35)
ProtGenerics (9988)
proto (1)
protolite (1)
protr (4)
proxy (1)
PRROC (4)
pryr (6)
ps (124)
PSCBS (5)
pscl (1)
PSEA (41)
psichomics (57)
PSICQUIC (12)
PSMatch (96)
PsNR (1)
pspline (1)
psych (40)
psygenet2r (43)
ptairMS (37)
Publish (1)
PubScore (7)
pulsar (1)
pulsedSilac (6)
puma (79)
PureCN (133)
purr (0)
purrr (66)
pvac (37)
pvca (212)
Pviz (53)
PWMEnrich (82)
pwOmics (44)
pwr (1)
pwrEWAS (45)
pxr (0)

Q

qap (5)
qckitfastq (53)
qcmetrics (45)
qcNvs (1)
qdapTools (1)
QDNAseq (310)
QDNAseq.hg19 (0)
QDNAseq.mm10 (0)
QFeatures (611)
qgam (1)
qgraph (1)
qlcMatrix (4)
qmtools (37)
qpcR (1)
qpcrNorm (40)
qpdf (1)
qpgraph (115)
qPLEXanalyzer (46)
qqconf (3)
qqman (0)
qqplotr (1)
qrnn (1)
qrqc (61)
qs (1)
qsea (56)
qsmooth (56)
QSutils (41)
qsvaR (37)
qtbase (0)
qtl (1)
qtl2 (1)
Qtlizer (36)
qtpaint (0)
quadprog (1)
QUALIFIER (2)
qualifier (0)
quantable (1)
quantiseqr (341)
quantmod (4)
quantreg (46)
quantro (243)
quantsmooth (652)
quarto (1)
QuartPAC (43)
QuasR (296)
QuaternaryProd (69)
QUBIC (113)
questionr (1)
QuickJSR (0)
qusage (336)
qvalue (14736)
qvcalc (1)

R

R.cache (1)
R.devices (6)
R.filesets (6)
R.huge (4)
R.matlab (1)
R.methodsS3 (2)
R.oo (2)
R.rsp (1)
R.utils (12)
r2d3 (1)
R2HTML (1)
R2jags (0)
R2OpenBUGS (0)
r2rtf (0)
R2WinBUGS (0)
R3CPET (38)
r3Cseq (76)
R453Plus1Toolbox (43)
R4RNA (547)
R6 (44)
rAccess (1)
radarchart (0)
radiator (1)
RadioGx (40)
ragg (7)
RaggedExperiment (875)
rain (71)
rainbow (5)
rama (37)
RamiGO (5)
ramigo (0)
ramr (42)
ramwas (67)
randomcoloR (4)
RandomFields (1)
RandomFieldsUtils (1)
randomForest (1)
randomForestSRC (1)
RandomWalkRestartMH (83)
randPack (40)
randRotation (45)
randtoolbox (1)
ranger (1)
RankAggreg (1)
RankProd (224)
RANN (1)
RApiDatetime (1)
rapidjsonr (1)
RApiSerialize (1)
rappdirs (2)
rapportools (0)
RAREsim (43)
RareVariantVis (39)
Rariant (2)
rARPACK (4)
Rarr (30)
raster (41)
ratelimitr (1)
RAthena (6)
rawrr (172)
RbcBook1 (90)
Rbec (39)
RBesT (1)
RBGL (9010)
rbgl (1)
rbibutils (1)
RBioFormats (29)
RBioinf (49)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (148)
rBLAST (1)
RBM (40)
rbmi (0)
Rbowtie (414)
Rbowtie2 (282)
rbsurv (48)
Rbwa (76)
Rcade (33)
rcartocolor (1)
RCAS (51)
RCASPAR (44)
rcdk (6)
RCdk (1)
rcdklibs (6)
rcellminer (55)
rCGH (63)
Rcgmin (1)
Rchemcpp (2)
Rchoice (1)
RchyOptimyx (2)
RCircos (1)
RcisTarget (925)
RClickhouse (0)
rclipboard (1)
RCM (39)
rcmdcheck (36)
Rcollectl (11)
RColorBrewer (6)
RConferoMapping (0)
Rcpi (106)
Rcpp (82)
RcppAnnoy (17)
RcppArmadillo (71)
RcppCCTZ (1)
RcppClassic (1)
RcppDate (1)
RcppDE (1)
RcppDist (1)
RcppEigen (9)
RcppGSL (1)
RcppHNSW (7)
RcppML (2)
RcppNumerical (1)
RcppParallel (8)
RcppProgress (1)
RcppRoll (1)
RcppSimdJson (0)
RcppSpdlog (1)
RcppThread (1)
RcppTOML (8)
RcppZiggurat (5)
Rcsdp (1)
RCSL (49)
RCurl (22)
RCurl.back (1)
Rcwl (44)
RcwlPipelines (39)
RCX (68)
RCy3 (642)
RCyjs (48)
RCytoscape (6)
Rd2roxygen (1)
rda (1)
RDAVIDWebService (33)
Rdbi (2)
RdbiPgSQL (1)
rDGIdb (76)
Rdimtools (0)
Rdisop (458)
Rdpack (1)
RDRToolbox (96)
Rdsdp (1)
reactable (1)
reactlog (1)
reactome.db (3)
ReactomeContentService4R (75)
ReactomeGraph4R (35)
ReactomeGSA (202)
ReactomePA (1995)
reactR (0)
readat (4)
readbitmap (1)
readODS (1)
ReadqPCR (201)
readr (42)
readxl (30)
reb (3)
REBayes (0)
REBET (37)
rebook (198)
receptLoss (33)
recipes (36)
recommenderlab (5)
reconsi (33)
recosystem (10)
recount (380)
recount3 (312)
recountmethylation (41)
recoup (40)
reda (1)
RedeR (231)
RedisParam (31)
REDseq (65)
RefManageR (1)
RefNet (1)
RefPlus (52)
RegEnrich (57)
RegionalST (1)
regioneR (1852)
regioneReloaded (29)
regionReport (94)
registry (1)
RegParallel (1)
regsplice (33)
regutools (43)
relaimpo (1)
reldist (4)
remaCor (2)
rematch (1)
rematch2 (1)
remotes (44)
REMP (52)
rentrez (1)
renv (89)
Repitools (300)
report (0)
reporter (1)
ReportingTools (692)
reposTools (1)
repr (1)
reprex (8)
repurrrsive (1)
RepViz (42)
ReQON (35)
reReg (0)
resample (1)
reshape (1)
reshape2 (5)
ResidualMatrix (2975)
RESOLVE (34)
Resourcerer (2)
restfulr (5)
restfulSE (63)
reticulate (16)
retrofit (14)
ReUseData (10)
revealgenomics (1)
RevGadgets (1)
review (1)
rex (37)
rexposome (69)
rfaRm (36)
Rfast (7)
Rfastp (124)
rfcdmin (1)
rflowcyt (2)
RFOC (2)
rfPred (44)
rGADEM (335)
RGalaxy (4)
rgbif (1)
RGCCA (1)
rgdal (1)
rGenomeTracks (35)
rgenoud (0)
rgeos (6)
rgexf (1)
Rgin (17)
rgl (2)
Rglpk (2)
RGMQL (26)
RgnTX (27)
RgoogleMaps (1)
rgoslin (57)
RGraph2js (37)
Rgraphviz (9100)
rgraphviz (1)
rGREAT (592)
RGSEA (57)
rgsepd (38)
rhandsontable (1)
rhdf5 (17220)
rhdf5client (59)
rhdf5filters (16800)
Rhdf5lib (18432)
rhino (2)
Rhisat2 (164)
RhpcBLASctl (1)
Rhtslib (20200)
rhub (1)
rHVDM (2)
RiboCrypt (35)
RiboDiPA (42)
RiboProfiling (58)
ribor (38)
riboSeq (0)
riboSeqR (34)
ribosomeProfilingQC (55)
RIdeogram (1)
rifi (27)
rifiComparative (13)
RImmPort (51)
Ringo (328)
RInside (1)
Rintact (1)
rintrojs (1)
rio (1)
RIPAT (34)
RIPSeeker (17)
Risa (47)
riskmetric (0)
riskRegression (1)
RITAN (45)
ritis (1)
RItools (1)
RIVER (34)
rj (1)
rj.gd (1)
rjags (1)
rJava (1)
RJDBC (1)
RJMCMCNucleosomes (37)
rjson (11)
RJSONIO (6)
Rlab (1)
rlang (102)
RLassoCox (57)
rle (1)
rlecuyer (1)
rlemon (1)
rlist (0)
RLMM (52)
RLSeq (37)
rly (1)
RMAGEML (1)
Rmagic (1)
Rmagpie (39)
RMAPPER (2)
RMariaDB (1)
rmarkdown (107)
RMassBank (73)
rMAT (4)
rmdformats (1)
rmelting (65)
rmeta (1)
rminer (0)
rmio (1)
RmiR (3)
rmir (0)
Rmisc (1)
Rmmquant (39)
Rmpfr (5)
Rmpi (1)
rms (1)
rmspc (42)
RMTstat (1)
rmutil (1)
RMySQL (1)
RNAAgeCalc (60)
RNAdecay (43)
rnaEditr (35)
RNAi (0)
RNAinteract (45)
RNAither (2)
rnaither (0)
RNAmodR (56)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (40)
RNAmodR.ML (33)
RNAmodR.RiboMethSeq (37)
RNAprobR (2)
RNAsense (34)
rnaseqcomp (60)
RnaSeqGeneEdgeRQL (1)
rnaSeqMap (3)
RNASeqPower (121)
RNASeqR (22)
RnaSeqSampleSize (84)
rnaturalearth (1)
RnBeads (194)
RnBeads.hg19 (1)
RnBeads.hg38 (1)
RnBeads.mm10 (1)
RnBeads.mm9 (1)
RnBeads.rn5 (1)
rncl (1)
RNeXML (1)
rngtools (1)
rngWELL (1)
Rnits (24)
roar (43)
roastgsa (0)
robfilter (1)
robust (2)
robustbase (5)
ROC (1024)
ROCpAI (35)
ROCR (1)
RODBC (1)
ROI (1)
ROI.plugin.lpsolve (1)
RolDE (35)
Roleswitch (3)
Rolexa (2)
rols (274)
roma (0)
ROntoTools (97)
Rook (1)
rootSolve (1)
ropls (799)
roptim (1)
ROracle (1)
ROSeq (34)
rosettR (1)
rotl (1)
ROTS (154)
roxygen (1)
roxygen2 (42)
RPA (37)
rpact (1)
rpart (44)
rpart.plot (1)
RPMG (2)
RPostgres (6)
RPostgreSQL (1)
rprimer (50)
rprojroot (41)
RProtoBufLib (2142)
rpsftm (0)
RpsiXML (12)
RPushbullet (1)
rpx (243)
Rqc (221)
rqt (38)
rqubic (58)
rrapply (1)
rrBLUP (1)
rrcov (6)
rRDP (44)
Rredland (1)
rredlist (1)
RRHO (100)
rrvgo (282)
rsample (7)
Rsamtools (20044)
rsamtools (0)
rsbml (82)
rsconnect (48)
rScudo (38)
RSEIS (2)
RSelenium (1)
rsemmed (45)
RSeqAn (69)
Rserve (1)
rSFFreader (2)
RSiena (1)
rslurm (1)
Rsmlx (1)
Rsmlx.1 (1)
Rsmlx.2 (1)
RSNNS (1)
RSNPper (1)
rsnps (0)
Rsolnp (4)
RSpectra (5)
RSQLite (72)
Rssa (1)
RsSimulx (1)
RsSimulx.1 (1)
rstan (6)
rstanarm (1)
rstantools (4)
rstatix (8)
rstpm2 (1)
rstudio (0)
rstudioapi (69)
Rsubread (2226)
rsvd (6)
rsvg (1)
RSVSim (45)
rSWeeP (46)
rtables (1)
rTANDEM (5)
RTCA (40)
RTCGA (502)
RTCGAToolbox (587)
rtf (0)
rticles (1)
rtkore (1)
RTN (112)
RTNduals (52)
RTNsurvival (52)
RTools4TB (1)
RTopper (36)
Rtpca (35)
rtracklayer (18016)
Rtreemix (42)
rTRM (50)
rTRMui (39)
Rtsne (2)
Rttf2pt1 (1)
Ruchardet (1)
rugarch (0)
runibic (63)
RUnit (1)
runjags (1)
runonce (1)
Runuran (1)
Ruuid (2)
ruv (1)
RUVcorr (47)
RUVnormalize (49)
RUVSeq (849)
RUVseq (1)
Rvcg (1)
rvcheck (1)
RVenn (1)
rversions (41)
rvest (9)
rvg (1)
Rvmmin (1)
RVS (37)
RVtests (1)
Rwave (2)
RWebServices (1)
RWiener (1)
rWikiPathways (319)
RxODE (0)
rxode2 (1)
rxode2et (1)
rxode2ll (1)
rxode2parse (1)
rxode2random (1)
rzmq (1)

S

s2 (32)
S4Arrays (8928)
S4Vectors (48699)
s4vectors (1)
saemix (1)
safe (435)
safetyData (0)
safetyexploreR (1)
safetyMarginCalculation (1)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (35)
SAGx (9)
SAIGEgds (54)
samExploreR (2)
sampleClassifier (42)
sampling (1)
samr (5)
SamSPECTRAL (88)
sandwich (2)
sangeranalyseR (148)
sangerseqR (535)
SANTA (57)
sapFinder (2)
saps (1)
SARC (1)
sarks (35)
sas7bdat (1)
sass (88)
satellite (0)
satuRn (140)
savR (56)
SBGNview (85)
SBGNview.data (1)
sbgr (1)
SBMLR (59)
SC3 (419)
sc3 (1)
Scale4C (38)
ScaledMatrix (10687)
scales (12)
scAlign (30)
scam (1)
SCAN.UPC (87)
scanMiR (41)
scanMiRApp (46)
scAnnotatR (70)
SCANVIS (53)
SCArray (43)
SCArray.sat (15)
SCATE (44)
scater (5609)
scatterD3 (1)
scatterHatch (42)
scattermore (11)
scatterpie (4)
scatterplot3d (39)
scBFA (39)
SCBN (62)
scBubbletree (32)
scCB2 (43)
scClassifR (3)
scClassify (67)
scclusteval (1)
sccomp (40)
sccore (1)
sccs (1)
scDataviz (59)
scDblFinder (943)
scDC (1)
scDD (132)
scDDboost (31)
scde (304)
scds (459)
SCFA (37)
scFeatureFilter (47)
scFeatures (18)
scfind (2)
scGate (1)
scGPS (44)
schex (124)
scHOT (54)
scico (1)
scidb (1)
scifer (29)
Scillus (1)
ScISI (3)
scistreer (3)
scLinear (1)
scMAGeCK (35)
scmap (354)
scMerge (351)
scMET (34)
scmeth (50)
SCnorm (85)
scone (85)
Sconify (33)
SCOPE (46)
scoreInvHap (35)
scp (88)
scPCA (70)
scPipe (72)
scran (4128)
scReClassify (36)
scRecover (45)
screenCounter (13)
ScreenR (28)
scRepertoire (284)
scrime (5)
scRNAseq (1)
scRNASeq.spatial (1)
scRNAseqApp (17)
scruff (48)
scry (155)
scrypt (1)
scs (1)
scShapes (35)
scsR (1)
scTensor (50)
scTGIF (46)
scTHI (34)
sctransform (9)
scTreeViz (39)
scuttle (8462)
scviewer (1)
scviR (14)
sda (1)
SDAMS (40)
SDMTools (1)
sechm (105)
see (0)
seewave (1)
segmented (2)
segmenter (34)
segmentSeq (46)
selectKSigs (33)
selectr (1)
SELEX (40)
sem (1)
SemDist (40)
semisup (44)
SemSim (1)
semsim (1)
sen2r (1)
sendmailR (1)
sensitivity (1)
sensobol (1)
SEPA (2)
SEPIRA (30)
seq.hotSPOT (11)
seq2pathway (48)
seqArchR (49)
seqArchRplus (14)
SeqArray (735)
seqbias (47)
seqCAT (38)
seqCNA (58)
seqcombo (47)
SeqGate (33)
SeqGSEA (63)
seqinr (1)
seqLogo (2389)
seqminer (6)
Seqnames (0)
seqPattern (561)
seqplots (7)
seqsetvis (50)
SeqSQC (51)
seqTools (97)
SeqVarTools (421)
seriation (10)
servr (1)
sesame (463)
sessioninfo (36)
SEtools (77)
setRNG (1)
sets (1)
Seurat (17)
seurat (1)
SeuratObject (12)
SeuratWrappers (1)
sevenbridges (53)
sevenC (38)
sf (42)
sfheaders (2)
sfsmisc (1)
SGCP (20)
SGSeq (239)
shadowtext (1)
shape (1)
shapefiles (1)
shapes (1)
shapr (1)
SharedObject (58)
ShatterSeek (1)
SHELF (0)
shiny (43)
shiny.react (1)
shiny.router (1)
shinyBS (6)
shinybusy (1)
shinycssloaders (1)
shinydashboard (2)
shinydashboardPlus (5)
shinydisconnect (1)
shinyepico (47)
shinyFeedback (1)
shinyfeedback (1)
shinyFiles (7)
shinyglide (1)
shinyhelper (4)
ShinyItemAnalysis (17)
shinyjqui (1)
shinyjs (2)
shinyloadtest (0)
shinymanager (1)
shinyMatrix (0)
shinyMethyl (74)
shinyMobile (1)
shinypanel (5)
shinyscreenshot (1)
shinySelect (1)
shinystan (1)
shinyTANDEM (2)
shinytest (2)
shinytest2 (1)
shinythemes (1)
shinyTree (1)
shinyvalidate (0)
shinyWidgets (10)
ShortRead (5611)
shortread (0)
showimage (0)
showtext (1)
showtextdb (0)
SIAMCAT (103)
SICtools (32)
SID (1)
sidap (0)
sigaR (4)
SigCheck (37)
sigclust (1)
sigFeature (157)
Sigfried (1)
SigFuge (37)
siggenes (2647)
sights (44)
Signac (6)
signal (1)
signature.tools.lib (1)
signature.tools.lib.back (1)
signature.tools.lib.v2.1 (1)
signature.tools.lib.v2.1.2 (1)
signatureSearch (80)
signeR (63)
signet (2)
signifinder (37)
SignifReg (1)
sigPathway (81)
sigpathway (1)
SigsPack (36)
sigsquared (38)
SIM (42)
SIMAT (36)
SimBindProfiles (38)
SimBu (37)
SIMD (35)
simex (0)
SimFFPE (38)
similaRpeak (56)
SIMLR (208)
simpar (1)
simpleaffy (120)
simpleSeg (41)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (399)
SimSeq (1)
simsurv (0)
simulatorAPMS (1)
simulatorZ (2)
sincell (55)
single (37)
SingleCellExperiment (13189)
SingleCelLExperiment (1)
SingleCellSignalR (147)
singleCellTK (192)
SingleMoleculeFootprinting (38)
SingleR (3059)
singleR (1)
SingleRBook (4)
singscore (972)
SiPSiC (15)
sirnakit (1)
siscreener (1)
SISPA (42)
sitadela (36)
sitePath (41)
sitmo (6)
sizepower (56)
SJava (2)
sjlabelled (1)
sjmisc (1)
sjPlot (1)
sjstats (1)
SKAT (5)
skewr (33)
skimr (1)
slackr (1)
slalom (43)
slam (2)
SLGI (3)
slickR (1)
slider (6)
slingshot (1084)
slinky (4)
sloop (0)
SLqPCR (55)
sm (1)
SMAD (45)
SMAP (50)
smartdata (1)
smfishHmrf (1)
SMITE (45)
smldesign (1)
smoother (1)
smoothHR (1)
SMVar (6)
sn (6)
sna (1)
SNAData (1)
SNAGEE (52)
snakecase (1)
SnapATAC (1)
snapCGH (51)
snapcount (51)
snifter (109)
snm (130)
snow (5)
SnowballC (1)
snowfall (1)
snpAssoc (0)
SNPchip (12)
SNPediaR (44)
SNPhood (37)
SNPlocs.Hsapiens.dbSNP151.GRCh38 (1)
snpMatrix (5)
snpmatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1362)
snpStats (1854)
SOAR (1)
sodium (1)
softImpute (1)
soGGi (283)
soilDB (1)
sojourner (20)
solrium (1)
som (1)
SomaDataIO (1)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (137)
SomaVarDB (1)
SOMbrero (1)
sommer (1)
SOMNiBUS (44)
sortable (1)
sos (1)
soundecology (1)
SoupX (1)
sourcetools (22)
sp (25)
SpacePAC (39)
spacetime (1)
SPACox (1)
spade (4)
spam (1)
spaMM (1)
Spaniel (64)
sparklyr (6)
SPARQL (1)
sparrow (100)
SparseArray (561)
sparsebn (1)
sparseDOSSA (50)
SparseM (1)
sparseMatrixStats (13214)
sparsenetgls (46)
SparseSignatures (47)
sparsesvd (10)
spaSim (30)
spatial (10)
SpatialCPie (69)
spatialDE (73)
SpatialDecon (138)
SpatialExperiment (934)
SpatialFeatureExperiment (86)
spatialHeatmap (52)
SpatialOmicsOverlay (18)
spatialreg (1)
spatstat (1)
spatstat.core (6)
spatstat.data (6)
spatstat.explore (5)
spatstat.geom (11)
spatstat.linnet (1)
spatstat.model (1)
spatstat.random (10)
spatstat.sparse (9)
spatstat.utils (10)
spatzie (35)
spData (2)
spdep (1)
speckle (35)
specL (57)
SpeCond (60)
spectacles (0)
Spectra (655)
SpectralTAD (73)
speedglm (1)
SPEI (1)
spelling (1)
SPEM (51)
spgs (1)
SPIA (477)
SPIAT (56)
spicyR (110)
SpidermiR (59)
spikeLI (44)
spiky (41)
spkTools (34)
splancs (2)
splatter (356)
splicegear (2)
spliceR (7)
spliceSites (3)
SpliceWiz (46)
SplicingFactory (36)
SplicingGraphs (65)
splines (1)
splines2 (1)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (59)
SPLINTER (35)
splots (132)
spls (1)
splus2R (0)
SPONGE (72)
SpotClean (57)
SPOTlight (155)
spotSegmentation (2)
spqn (42)
spsComps (1)
SPsimSeq (60)
SQLDataFrame (38)
SQUADD (45)
SQUAREM (1)
sRACIPE (46)
SRAdb (342)
sRAP (4)
SRGnet (1)
srnadiff (26)
sROC (1)
ssanv (0)
sscore (39)
sscu (37)
sSeq (123)
ssh.utils (1)
ssize (83)
sSNAPPY (51)
SSPA (72)
ssPATHS (33)
ssrch (53)
ssviz (47)
stabledist (1)
stabs (1)
stageR (178)
stam (1)
STAN (28)
standR (58)
StanHeaders (3)
staRank (35)
StarBioTrek (42)
stargazer (1)
Starr (3)
stars (1)
starter (1)
startupmsg (1)
STATegRa (45)
Statial (31)
statmod (1)
statnet (1)
statnet.common (1)
stats (1)
stats4 (1)
statsExpressions (1)
statTarget (91)
STdeconvolve (73)
stdReg (0)
stepNorm (37)
stepwiseCM (2)
stevedore (1)
sticky (1)
stinepack (1)
stJoincount (37)
stopwords (1)
storr (1)
strandCheckR (41)
Streamer (42)
strex (1)
string (0)
STRINGdb (865)
stringdist (6)
stringfish (1)
stringi (21)
stringr (26)
striprtf (1)
STROMA4 (34)
strucchange (1)
struct (99)
Structstrings (68)
structToolbox (72)
StructuralVariantAnnotation (146)
styler (11)
SubCellBarCode (42)
subplex (1)
subselect (1)
subSeq (57)
SUITOR (29)
SummarizedBenchmark (40)
SummarizedExperiment (34072)
summarytools (0)
Summix (44)
sunburstR (1)
superheat (1)
SuperLearner (1)
superpc (1)
supersigs (43)
SuppDists (1)
supraHex (345)
surfaltr (41)
survcomp (858)
survey (1)
survival (65)
survivalROC (1)
survminer (1)
survMisc (1)
survtype (47)
Sushi (92)
susieR (10)
sva (6275)
svaNUMT (35)
SVAPLSseq (2)
svaRetro (35)
svd (1)
svglite (6)
SVM2CRM (1)
SVMDO (18)
svUnit (1)
swagger (1)
SWATH2stats (49)
SwathXtend (62)
swfdr (48)
Swiffer (1)
SwimR (2)
swirl (0)
switchBox (92)
switchde (43)
sybil (1)
sybilGUROBI (1)
sybilSBML (1)
symengine (0)
symphony (1)
synapsis (34)
synapter (55)
synergyfinder (171)
SynExtend (43)
synlet (43)
SynMut (37)
syntenet (61)
sys (94)
sysfonts (1)
systemfit (1)
systemfonts (1)
systemPipeR (1108)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (62)
systemPipeTools (43)
syuzhet (0)

T

table1 (1)
tableHTML (1)
tableone (0)
tables (2)
TADCompare (63)
TailRank (1)
tanggle (50)
TAPseq (47)
tarchetypes (2)
target (38)
TargetDecoy (38)
targets (2)
TargetScore (56)
TargetSearch (60)
targetsearch (0)
TarSeqQC (26)
taxize (1)
TBSignatureProfiler (47)
TCC (195)
TCGAbiolinks (2910)
TCGAbiolinksGUI (65)
TCGAbiolinksGUI.data (1)
TCGAutils (711)
tcltk (1)
tclust (1)
TCseq (115)
TDARACNE (19)
tdaracne (0)
TDbasedUFE (23)
TDbasedUFEadv (25)
TeachingDemos (1)
TEKRABber (42)
templater (1)
tensor (1)
tensorA (1)
tensorflow (6)
TENxIO (33)
TENxPBMCData (1)
tenXplore (36)
TEQC (52)
tergm (1)
tern (0)
ternarynet (37)
terra (42)
terraTCGAdata (34)
testthat (129)
texreg (0)
textshaping (1)
TFARM (32)
tfautograph (1)
TFBSTools (1957)
tfbstools (1)
TFEA.ChIP (52)
TFHAZ (33)
TFisher (1)
TFMPvalue (5)
tfrmt (1)
tfruns (6)
TFutils (45)
tgp (1)
tgxWebservices (1)
TH.data (2)
thematic (1)
this.path (0)
threejs (1)
tibble (108)
tictoc (1)
tidybayes (1)
tidybulk (142)
tidycensus (8)
tidygraph (2)
tidyjson (1)
tidylog (0)
tidymodels (3)
tidyposterior (1)
tidyr (24)
tidyselect (14)
tidyseurat (1)
tidySingleCellExperiment (130)
tidySummarizedExperiment (191)
tidytext (1)
tidytlg (1)
tidytree (11)
tidyTree (0)
tidyverse (8)
tidyvpc (1)
tiff (1)
tiger (0)
tigre (44)
tigris (8)
tikzDevice (1)
TileDBArray (38)
tilingArray (68)
timechange (2)
timecourse (52)
timeDate (7)
timeOmics (56)
timereg (1)
TimerQuant (0)
timescape (74)
timeSeries (1)
TimeSeriesExperiment (12)
TimiRGeN (46)
TIN (41)
TINC (1)
tinkr (1)
tinytest (1)
tinytex (77)
TissueEnrich (91)
TitanCNA (61)
tkrgl (1)
tkrplot (1)
tkWidgets (1051)
tkwidgets (1)
tLOH (35)
tm (1)
TMB (1)
TMixClust (52)
tmle (1)
tmvnsim (1)
tmvtnorm (1)
TNBC.CMS (40)
TnT (40)
TOAST (261)
toastui (0)
tofsims (3)
tokenizers (1)
tolerance (0)
tomoda (32)
tomoseqr (32)
tools (1)
TOP (13)
ToPASeq (3)
topconfects (152)
topdownr (45)
topGO (2720)
topicmodels (1)
torch (1)
ToxicoGx (39)
Tplyr (1)
TPP (73)
TPP2D (42)
tracee (1)
tracktables (134)
trackViewer (328)
tradeSeq (386)
TrajectoryGeometry (41)
TrajectoryUtils (1288)
TraMineR (1)
transcriptogramer (50)
transcriptR (46)
transformGamPoi (43)
transformr (1)
transite (40)
tRanslatome (46)
transomics2cytoscape (34)
transport (1)
TransView (40)
TraRe (16)
traseR (39)
Travel (17)
traviz (38)
tree (1)
TreeAndLeaf (104)
treeio (17045)
treekoR (36)
treemap (1)
TreeSummarizedExperiment (1070)
TREG (38)
TReNA (1)
trena (44)
Trendy (48)
TRESS (44)
tricycle (102)
triebeard (1)
triform (2)
trigger (39)
trimcluster (1)
trio (78)
tripack (1)
triplex (41)
tripr (50)
tRNA (63)
tRNAdbImport (45)
tRNAscanImport (51)
TRONCO (55)
truncdist (1)
truncnorm (4)
trust (1)
TSCAN (430)
tscR (45)
tseries (1)
tseriesChaos (1)
tsfeatures (1)
tsna (1)
tsne (1)
TSP (11)
tspair (9)
TSRchitect (4)
TSSi (2)
ttdo (1)
ttgsea (54)
TTMap (34)
TTR (1)
ttservice (1)
tufte (1)
tune (6)
tuneR (1)
TurboNorm (37)
TVTB (36)
tweeDEseq (85)
tweedie (1)
tweenr (2)
twilight (84)
twoddpcr (39)
TwoSampleMR (1)
txcutr (34)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene (5)
TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene (1)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.ensGene (1)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene (5)
TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene (0)
tximeta (1039)
tximport (3179)
tximportData (1)
TxRegInfra (2)
txtq (1)
TypeInfo (47)
tzdb (39)

U

uatools (1)
UCell (765)
ucminf (1)
udunits2 (1)
Ularcirc (38)
umap (6)
UMI4Cats (41)
unbalanced (1)
uncoverappLib (34)
UNDO (51)
unifiedWMWqPCR (38)
UniProt.ws (333)
uniqueAtomMat (1)
Uniquorn (37)
units (31)
universalmotif (418)
updateObject (33)
UpSetR (1)
urca (1)
urlchecker (0)
urltools (1)
uroot (1)
usethis (46)
uSORT (39)
UTAR (0)
utf8 (55)
utils (1)
uuid (7)
uwot (18)

V

V8 (6)
VAExprs (35)
VanillaICE (71)
vaplot (1)
vapour (1)
VarCon (38)
variancePartition (611)
VariantAnnotation (7750)
VariantExperiment (44)
VariantFiltering (51)
VariantTools (93)
vars (1)
vasp (1)
VaSP (35)
vaultr (1)
vbmp (60)
vcd (1)
VCFArray (38)
vcfR (0)
vcr (1)
vctrs (124)
vdbR (1)
vdiffr (1)
VDJdive (31)
Vega (2)
VegaMC (41)
vegan (1)
vegawidget (1)
velociraptor (98)
veloviz (54)
vendormetadatahelpers (1)
venn (6)
VennDetail (183)
VennDiagram (1)
venneuler (1)
VERSO (46)
VGAM (4)
vhydeg (1)
VIBER (1)
vidger (89)
VIM (1)
vioplot (1)
vip (1)
viper (618)
vipor (1)
viridis (40)
viridisLite (59)
viridislite (1)
virtualArray (3)
visdat (1)
ViSEAGO (110)
visNetwork (1)
visR (1)
vissE (72)
Voyager (54)
vpc (1)
VplotR (50)
vroom (43)
vscDebugger (0)
vsclust (34)
vsn (4591)
vtpnet (38)
vulcan (38)

W

waddR (44)
waiter (4)
waldo (51)
warp (1)
wateRmelon (699)
wavClusteR (42)
waveslim (1)
waveTiling (2)
wdman (1)
weaver (56)
webbioc (43)
webchem (0)
webdriver (0)
webfakes (1)
WebGestaltR (0)
webmockr (1)
webshot (12)
webshot2 (0)
websocket (0)
webutils (1)
WeightIt (1)
weights (1)
WeightSVM (1)
weitrix (37)
WES.1KG.WUGSC (1)
wesanderson (0)
WGCNA (5)
WGScan (1)
WGSmapp (1)
whereami (1)
whisker (54)
widgetInvoke (1)
widgetTools (1073)
widgettools (1)
wiggleplotr (112)
WikidataQueryServiceR (1)
WikidataR (1)
WikipediR (1)
wikitaxa (1)
winboxr (0)
withr (28)
wk (46)
workflowr (1)
workflows (6)
workflowsets (3)
worrms (1)
wpm (44)
wppi (40)
Wrench (1188)
writexl (1)
WriteXLS (1)
WRS2 (1)

X

xaringan (1)
xaringanExtra (1)
xaringanthemer (1)
xbioc (1)
XBSeq (2)
XCIR (2)
xcms (1357)
xcore (38)
XDE (40)
xdg-utils (1)
Xeva (39)
xfun (130)
xgboost (4)
xgxr (1)
XINA (40)
XLConnect (1)
xlsx (1)
xlsxjars (1)
xmapbridge (46)
xmapcore (2)
XML (13)
xml2 (93)
xmlparsedata (1)
XNAString (42)
xopen (1)
xpose (1)
xpose.nlmixr2 (0)
xpose4 (0)
xps (5)
xslt (1)
xtable (2)
xts (2)
XVector (42293)
xvector (0)
XVectorb (0)

Y

y2hStat (1)
yaImpute (1)
yaml (64)
yamss (46)
YAPSA (60)
yaqcaffy (4)
yardstick (6)
yarn (90)
ymlthis (1)
yspec (1)
yulab.utils (9)

Z

zCompositions (5)
zeallot (1)
zellkonverter (747)
zenith (47)
zFPKM (100)
zinbwave (654)
zip (70)
Ziploc (1)
zlibbioc (43364)
zoo (11)
ZygosityPredictor (12)